Job Description P0AG80 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:28:23 GMT 2012 Rank 46 Aligned Residues 412 % Identity 12% Template c3ombA_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:extracellular solute-binding protein, family 1; PDBTitle: crystal structure of extracellular solute-binding protein from2 bifidobacterium longum subsp. infantis Resolution 2.10 Å

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		18	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.		.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.
Query SS confidence																					.
Query Sequence		M	G	N	A	Q	A	V	T	T	I	P	F	W	H	S	M	E	G	E	.	L	G	K	E	V	D	S	L	A	Q	R	F	N	A	E	N	P	D	Y	K	I	V	P	T	Y	K	G	N	Y	E	Q	N	L	S	A	G	I	A	A	F	R	T	G	N	A	P	A	I	L	Q	V	Y	E	V	G	T	A	T	M	M
Query Conservation																					.
Alig confidence																					.																.												.
Template Conservation																																					.												.
Template Sequence		T	T	T	A	D	G	K	P	I	V	T	V	L	V	K	K	N	A	N	Q	E	K	X	A	N	X	Q	W	A	K	D	L	E	A	D	.	C	D	C	K	I	E	W	Q	E	V	T	.	R	E	A	W	A	Q	Q	K	N	A	T	L	A	S	G	D	I	A	D	V	N	L	N	G	Y	G	A	V	E	A	Y	Q
Template Known Secondary structure			B		T	T			B										T	T	B			G	G	G											.		T	S									.															T				S				S	S			T
Template Predicted Secondary structure																																					.												.
Template SS confidence
		32	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.		.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.		.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.							.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	K	A	I	K	P	V	Y	D	V	F	K	E	A	G	I	Q	F	D	E	S	Q	F	V	P	T	V	S	G	Y	Y	S	D	S	K	T	G	H	L	L	S	Q	P	F	N	S	S	T	.	.	.	.	.	.	P	V	L	Y	Y	N	K	D	A	F	K	K	A	G	L	D	P	E	Q	P	P	K	T	W	Q
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.																																		.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template Conservation																	.																																																										.	.	.
Template Sequence		Y	P	G	X	F	E	D	L	S	K	D	L	D	K	L	.	P	N	V	K	A	F	F	K	Q	K	P	D	A	K	K	X	S	T	D	S	K	G	R	I	Y	A	I	A	D	G	R	G	K	A	Y	S	G	T	G	Q	H	X	L	I	N	K	A	W	L	D	K	L	G	L	Q	V	P	.	.	.	T	T	W	D
Template Known Secondary structure		S	T	T	S	B			G	G	G	G	G	G	G		.																				T	T	S			S	S							G	G	G		S		S														T					.	.	.		B
Template Predicted Secondary structure																	.																																																										.	.	.
Template SS confidence
		110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.		.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.				.	.	.	.
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.			.	.	.	.	.	230	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.
Query Sequence		D	L	A	D	Y	A	A	K	L	K	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	M	K	C	G	Y	A	S	G	W	Q	G	W	I	Q	L	E	N	F	S	A	W	N	G	L	P	F	A	S	K	N	N	G	F	D	G	T	D	A	V	L	E	.	.	F	N	K	P	E	Q	V	K
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	E	N	V	L	K	A	F	K	T	Q	D	P	N	G	N	G	Q	A	D	E	I	P	X	N	I	K	K	L	E	G	S	Y	F	T	W	Y	S	P	X	L	L	L	N	S	T	G	I	V	T	G	F	N	K	G	V	S	E	Y	G	F	Y	A	K	N	G	V	V	K	S	F	L	T	S	D	E	Y	K	E
Template Known Secondary structure													S		T	T		S	S	S	S												S	S	S			T	T		G	G	G	G	G	G	G	G	T					T	T	S	S	G	G	G	G	T					T	T					G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		186	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
		233	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.				.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.			.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.																				.	.
Query SS confidence																		.	.	.																				.	.
Query Sequence		H	I	A	M	L	E	E	M	N	K	K	G	D	F	S	Y	.	.	.	V	G	R	K	D	E	S	T	E	K	F	Y	N	G	D	C	A	M	T	.	.	T	A	S	S	G	S	L	A	N	I	R	E	Y	A	K	F	N	Y	G	V	G	M	M	P	Y	D	A	D	A	K	D	A	P	Q	N	A	I	I	G	G
Query Conservation																		.	.	.																				.	.
Alig confidence																		.	.	.																				.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	K	Y	Y	H	K	L	I	S	E	G	L	I	P	A	E	W	A	T	K	D	D	D	A	Y	N	A	D	Q	I	S	D	G	K	T	A	K	T	G	V	V	F	G	W	S	P	S	D	N	F	G	K	L	K	D	Q	Y	I	A	X	P	V	P	S	A	P	G	V	S	P	D	Q	T	V	W	D	G	S	S
Template Known Secondary structure												T	T	S	S		T	T	G	G	G												T	T	S	S	S									S							G	G	G	G	G	G								B		T	T			G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
		308	.	310				.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	L	.	.	.	W	V	M	Q	G	K	D	K	E	T	Y	T	G	V	A	K	F	L	D	F	L	A	K	P	E	N	A	A	E	W	H	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	T	G	Y	L	P	I	T	K	A	A	Y
Query Conservation					.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	E	L	S	P	A	G	L	S	I	S	S	H	A	A	N	K	D	A	A	L	K	L	A	N	L	L	Y	S	E	K	Y	S	V	Q	Q	F	L	G	S	F	G	K	A	I	T	K	T	G	E	H	E	Y	T	V	D	N	D	K	L	S	Q	L	T	G	D	N	Q	Y	P	G	L	S	E	L	L	V	G	W	I
Template Known Secondary structure		S	S									B	T	T		T	T												T	S											S	B	T	T	T						T	T															T	T		B	S	S		G	G	G			S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
		355	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	T	R	E	Q	G	F	Y	E	K	N	P	G	A	D	T	A	T	R	Q	M	L	N	K	P	P	L	P	F	T	K	G	L	R	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	M	P	Q	I	R	V	I	V	D	E	E	L	E	S	V	W	T	G	K	K	T	P	Q	Q
Query Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation																																																																													.
Template Sequence		P	D	E	A	T	I	K	G	D	T	H	A	D	E	L	I	E	V	N	K	V	Y	E	E	Q	R	S	H	F	D	P	V	K	D	Y	I	P	D	Y	V	N	X	D	N	X	D	P	S	D	A	T	K	L	N	T	N	N	A	E	I	F	N	T	T	X	Q	K	T	A	T	W	X	S	K	G	.	G	I	D	E
Template Known Secondary structure			T	T																								T	T	S		T	T	T	T	S			T	T		S	G	G	G	S																T	T	T													.
Template Predicted Secondary structure																																																																													.
Template SS confidence
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500		.	.	.	.
		417	.	.	420	.	.	.	.	.						.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.
Query Sequence		A	L	D	T	A	V	E	R	G	.	.	.	.	.	N	Q	L	L	R	R	F	E	K	S	T
Query Conservation											.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	W	D	A	Y	C	K	Q	L	D	S	I	G	L	Q	E	S	T	K	I	W	Q	K	W	Y
Template Known Secondary structure													T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.