Job Description P33590 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:15 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 493 % Identity 18% Template d1vr5a1 SCOP info Periplasmic binding protein-like II Periplasmic binding protein-like II Phosphate binding protein-like Resolution 1.73

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		25	.	.	.	.	30			.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.		.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
Predicted Secondary structure								.	.																																			.
Query SS confidence								.	.																																			.
Query Sequence		P	D	E	I	T	T	.	.	A	W	P	V	N	V	G	P	L	N	P	H	L	Y	T	P	N	Q	M	F	A	Q	S	M	V	Y	E	P	L	V	K	Y	Q	A	.	D	G	S	V	I	P	W	L	A	K	S	W	T	H	S	E	D	G	K	T	W	T	F	T	L	R	D	D	V	K	F	S	N	G	E	P	F
Query Conservation								.	.																																			.
Alig confidence								.	.																																			.																			.
Template Conservation																																																															.
Template Sequence		N	K	T	L	Y	W	G	G	A	L	W	S	P	P	S	N	W	N	P	F	T	P	W	N	A	V	A	G	T	I	G	L	V	Y	E	P	L	F	L	Y	D	P	L	N	D	K	F	E	P	W	L	A	E	K	G	E	W	V	S	N	N	.	E	Y	V	L	T	L	R	K	G	L	R	W	Q	D	G	V	P	L
Template Known Secondary structure		G	G						S	S			S							T	T		T	T	T	S		T	T	T	B	T	T	T	B			S					T	T	T	T					S	S									T	T	.								S	S		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																																																															.
Template SS confidence
		25	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.		.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.					.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.	.
Query Sequence		D	A	E	A	A	A	E	N	F	R	A	V	L	D	N	R	Q	R	H	A	W	L	E	L	A	N	Q	I	V	D	V	K	A	L	S	K	T	E	L	Q	I	T	L	K	S	A	Y	Y	P	F	L	Q	E	L	A	L	P	R	P	F	R	F	I	A	P	S	Q	F	K	N	H	E	.	.	.	.	T	M	N	G
Query Conservation																																																																										.	.	.	.
Alig confidence																	.																																										.	.														.	.	.	.
Template Conservation																	.																																										.	.
Template Sequence		T	A	D	D	V	V	F	T	F	E	I	A	K	K	Y	.	T	G	I	S	Y	S	P	V	W	N	W	L	G	R	I	E	R	V	D	E	R	T	L	K	F	V	F	S	D	P	R	Y	Q	E	W	K	Q	X	L	I	N	.	.	T	P	I	V	P	K	H	I	W	E	N	K	T	E	E	E	V	L	Q	A	A
Template Known Secondary structure																	.	T	T	S	T	T	G	G	G	G	G	T									T	T							S	S													.	.										T	T
Template Predicted Secondary structure																	.																																										.	.
Template SS confidence
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.		.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.			160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210						.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.
Query Sequence		I	K	A	P	I	G	T	G	P	W	I	L	Q	E	S	K	L	N	Q	Y	D	V	F	V	R	N	E	N	Y	W	G	E	K	.	.	.	.	.	P	A	I	K	K	I	T	F	N	V	I	P	D	P	T	T	R	A	V	A	F	E	T	G	D	I	D	L	L	Y	G	N	E	G	L	L	P	L	D	T	F	A
Query Conservation																																			.	.	.	.	.
Alig confidence																				.															.	.	.	.	.
Template Conservation																				.
Template Sequence		N	E	N	P	V	G	S	G	P	Y	Y	V	E	S	W	A	D	D	.	R	C	V	F	K	K	N	G	N	W	W	G	I	R	E	L	G	Y	D	P	K	P	E	R	I	V	E	L	R	V	L	S	N	N	V	A	V	G	X	L	X	K	G	E	L	D	W	S	N	F	F	L	P	G	V	P	V	L	K	K	A
Template Known Secondary structure			S	S				S	S	S								T	T	.								T	T														S								S												T	S						S			T	T
Template Predicted Secondary structure																				.
Template SS confidence
		181	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.		.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.	.	.
Query SS confidence																																																																														.	.	.	.
Query Sequence		R	F	S	Q	N	P	A	Y	H	T	Q	L	S	Q	P	I	E	T	V	M	L	A	L	N	T	A	K	A	P	T	N	E	L	A	V	R	E	A	L	N	Y	A	V	N	K	K	S	L	I	D	N	A	L	Y	G	T	Q	Q	V	A	D	T	L	F	A	P	S	V	P	Y	A	N	L	G	L	K	.	.	.	.
Query Conservation																																																																														.	.	.	.
Alig confidence																																																																														.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	I	V	T	W	Y	E	N	A	P	Y	X	L	P	A	N	T	A	G	I	Y	I	N	V	N	K	Y	P	L	S	I	P	E	F	R	R	A	X	A	Y	A	I	N	P	E	K	I	V	T	R	A	Y	E	N	X	V	T	A	A	N	P	A	G	I	L	P	L	P	G	Y	X	K	Y	Y	P	K	E	V	V
Template Known Secondary structure		T			B		S	S	S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T																					T	T	T	T	S	S					T	T				S	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
					329	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.		.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																												.
Query SS confidence		.	.	.																												.
Query Sequence		.	.	.	P	S	Q	Y	D	P	Q	K	A	K	A	L	L	E	K	A	G	W	T	L	P	A	G	K	D	I	R	.	E	K	N	G	Q	P	L	R	I	E	L	S	F	I	G	T	D	A	L	S	K	S	M	A	E	I	I	Q	A	D	M	R	Q	I	G	A	D	V	S	L	I	G	E	E	E	S	S	I	Y
Query Conservation		.	.	.																												.
Alig confidence		.	.	.																												.
Template Conservation
Template Sequence		D	K	Y	G	F	K	Y	D	P	E	X	A	K	K	I	L	D	E	L	G	F	K	D	V	N	K	D	G	F	R	E	D	P	N	G	K	P	F	K	L	T	I	E	C	P	Y	G	W	T	D	W	X	V	S	I	Q	S	I	A	E	D	L	V	K	V	G	I	N	V	E	P	K	Y	P	D	Y	S	K	Y	A
Template Known Secondary structure								S												T	T		B			S	S	S	S	S		B		T	T	S											T	T																	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.		.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.					.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.															.	.	.	.
Query SS confidence																					.															.	.	.	.
Query Sequence		A	R	Q	R	D	G	R	F	G	M	I	F	H	R	T	W	G	A	P	.	Y	D	P	H	A	F	L	S	S	M	R	V	P	S	.	.	.	.	H	A	D	F	Q	A	Q	Q	G	L	A	D	K	P	L	I	D	K	E	I	G	E	V	L	A	T	H	D	E	T	Q	R	Q	A	L	Y	R	D	I	L	T	R
Query Conservation																					.															.	.	.	.
Alig confidence																					.															.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	D	L	Y	G	G	K	F	D	L	I	L	N	N	F	T	T	G	V	S	A	T	I	W	S	Y	F	N	G	V	F	Y	P	D	A	V	E	S	E	Y	S	Y	S	G	N	F	G	K	Y	A	N	P	E	V	E	T	L	L	D	E	L	N	R	S	N	D	D	A	K	I	K	E	V	V	A	K	L	S	E	I
Template Known Secondary structure							T			S						S	S		B			S												G	G	G	G	T	S	S	S		S	S	S		T	T																T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.								.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	H	D	E	A	V	Y	L	P	I	S	Y	I	S	M	M	V	V	S	K	P	E	L	.	.	.	.	.	.	.	G	N	I	P	Y	A	P	I	A	T	E	I	P	F	E	Q	I	K	P	V	K
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation																																												.
Template Sequence		L	L	K	D	L	P	F	I	P	L	W	Y	N	G	A	W	F	Q	A	S	E	A	V	W	T	N	W	P	T	E	K	N	P	Y	A	V	P	I	G	W	N	G	.	W	W	Q	L	T	G	I	K
Template Known Secondary structure							S																S	S						B	T	T	B		S	S					S	T	T	.	T	G	G	G	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																												.
Template SS confidence
		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.		.	.	.	.	.	.	.	.