Job Description P33590 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:52:15 GMT 2012 Rank 14 Aligned Residues 491 % Identity 19% Template c3ftoA_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: A: PDB Molecule:oligopeptide-binding protein oppa; PDBTitle: crystal structure of oppa in a open conformation Resolution 2.38 Å

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		22	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.		.	.	.	.	50	.	.	.						.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.									.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.									.	.	.	.	.
Query Sequence		A	A	A	P	D	E	I	T	T	A	W	P	V	N	V	G	P	L	N	P	H	L	Y	T	.	P	N	Q	M	F	A	Q	S	.	.	.	.	.	M	V	Y	E	P	L	V	K	Y	Q	A	D	G	S	V	I	P	W	L	A	K	S	W	T	H	S	E	D	G	K	T	W	T	F	T	L	R	D	D	V	K	F
Query Conservation																										.									.	.	.	.	.
Alig confidence																										.									.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	I	K	G	G	N	L	K	V	A	Y	Q	S	D	S	P	X	K	A	Q	W	L	S	G	L	S	N	D	A	T	F	A	T	X	S	G	P	G	G	G	Q	D	G	L	F	F	T	D	S	G	F	K	F	I	K	G	G	A	A	D	V	A	L	D	K	E	S	K	T	A	T	I	T	L	R	K	D	L	K	W
Template Known Secondary structure				S	S										S	S							S	T	T	T										T	G	G	G	T	T	T	T	B						T	T	S	B			S		S	S							T	T	T	T								T	T		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		29	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
		96	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.																.	.	130	.	.	.	.	.	.	.				.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Query SS confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Query Sequence		S	N	G	E	P	F	D	A	E	A	A	A	E	N	F	R	A	V	L	D	N	R	Q	R	H	A	W	L	E	L	A	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	I	V	D	V	K	A	L	S	K	.	.	.	T	E	L	Q	I	T	L	K	S	A	Y	Y	P	F	L	Q	E	L	A	L
Query Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Alig confidence																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	D	G	S	E	V	T	A	K	D	Y	E	F	T	Y	E	T	I	A	N	P	A	Y	G	S	D	R	W	T	D	S	L	A	N	I	V	G	L	S	D	Y	H	T	G	K	A	K	T	I	S	G	I	T	F	P	D	G	E	N	G	K	V	I	K	V	Q	F	K	E	X	K	P	G	X	T	Q	S	G	N	G
Template Known Secondary structure		T	T	S		B																G	G	G			S				G	G	G	G	G	B	T	T						T	T	S		S	S		T	T				T	T		T	T	S	S						B	S	S			G	G	G	G	B	T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.							.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	R	P	F	R	F	I	A	P	S	Q	F	K	N	H	E	.	.	.	.	.	.	T	M	N	G	I	K	A	P	I	G	T	G	P	W	I	L	Q	E	S	K	L	N	Q	Y	D	V	F	V	R	N	E	N	Y	W	G	E	K	P	A	I	K	K	I	T	F	N	V	I	P	D	P	T	T	R	A	V	A	F
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.																																																			.
Template Conservation																																																																										.
Template Sequence		Y	F	L	E	T	V	A	P	Y	Q	Y	L	K	D	V	A	P	K	D	L	A	S	S	P	K	T	T	T	K	P	L	V	T	G	P	F	K	P	E	N	V	V	A	G	E	S	I	K	Y	V	P	N	P	Y	Y	W	G	E	K	P	K	L	N	S	I	T	Y	E	V	V	S	T	.	A	K	S	V	A	A	L
Template Known Secondary structure		S	S			B								T	T	S		G	G	G	T	T	T	S	G	G	G	T	T	S					S	S								T	T	T								T	T		S	S				S		S										.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.
Template SS confidence
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260		.	.	.	.	.	.	.
		232	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.														.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	T	G	D	I	D	L	L	Y	G	N	E	G	L	L	P	L	D	T	F	A	R	F	S	Q	N	P	A	Y	H	T	Q	L	S	Q	P	I	E	T	V	M	L	A	L	N	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	A	P	T	N	E	L	A	V	R	E	A	L	N	Y	A	V	N	K	K
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.
Template Sequence		S	S	S	K	Y	D	I	I	N	G	.	.	.	.	X	V	S	S	Q	Y	K	Q	V	K	N	L	K	G	Y	K	V	L	G	Q	Q	A	X	Y	I	S	L	X	Y	Y	N	L	G	H	Y	D	A	K	N	S	I	N	V	Q	D	R	K	T	P	L	Q	D	Q	N	V	R	Q	A	I	G	Y	A	R	N	V	A
Template Known Secondary structure			T	T			S					.	.	.	.			G	G	G						T		T	T									S														T	T	T	T									G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.
Template SS confidence
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.					.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
		299	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.			330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.
Query SS confidence																																	.	.
Query Sequence		S	L	I	D	N	A	L	Y	G	T	Q	Q	V	A	D	T	L	F	A	P	S	V	P	Y	A	N	L	G	L	K	P	.	.	S	Q	Y	D	P	Q	K	A	K	A	L	L	E	K	A	G	W	T	L	P	A	G	K	D	I	R	E	K	N	G	Q	P	L	R	I	E	L	S	F	I	G	T	D	A	L	S	K
Query Conservation																																	.	.
Alig confidence																																	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	V	D	N	K	F	S	N	G	L	S	T	P	A	N	S	L	I	P	P	I	F	K	Q	F	T	S	S	S	V	K	G	Y	E	K	Q	D	L	D	K	A	N	K	L	L	D	E	D	G	W	K	L	N	K	S	T	G	Y	R	E	K	D	G	K	E	L	S	L	V	Y	A	A	R	V	G	D	A	N	A	E
Template Known Secondary structure								T	T	T	S					S	S	S	S		T	T	S	T	T	S			T	T				S	S	S												T	T	T					S	S	S	S	S				T	T										B	S		S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.								.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	M	A	E	I	I	Q	A	D	M	R	Q	I	G	A	D	V	S	L	I	G	E	E	E	S	S	I	Y	A	R	Q	.	.	.	.	.	.	.	R	D	G	R	F	G	M	I	F	H	R	T	W	G	A	P	Y	D	P	H	A	F	L	S	S	M	R	V	P	S	H	A	D	F	Q	A	Q	Q	G	L	A	D
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	I	A	Q	N	Y	I	Q	Q	W	K	K	I	G	V	K	V	S	L	Y	N	G	K	L	X	E	F	N	S	W	V	D	H	X	T	T	P	P	G	A	N	D	W	D	I	T	D	G	S	W	S	L	A	S	E	P	S	Q	Q	D	L	F	.	.	.	.	.	.	S	A	A	A	P	Y	N	F	G	H	F	N
Template Known Secondary structure														T	T						G	G	G	S		B											S	T	T			S	S		S										S	S								.	.	.	.	.	.	S	T	T		T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.							.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.
		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.			.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.
Query SS confidence															.	.
Query Sequence		K	P	L	I	D	K	E	I	G	E	V	L	A	.	.	T	H	D	E	T	Q	R	Q	A	L	Y	R	D	I	L	T	R	L	H	D	E	A	V	Y	L	P	I	S	Y	I	S	M	M	V	V	S	K	P	E	L	G	N	I	P	Y	A	P	I	A	T	E	I	P	F	E	Q	I	K	P	V	K	P
Query Conservation															.	.
Alig confidence															.	.																																																			.
Template Conservation																																																																			.
Template Sequence		D	S	E	I	T	K	D	L	N	D	I	D	S	A	K	S	E	N	P	T	Y	R	K	A	A	F	V	K	Y	Q	E	D	X	N	K	K	A	Y	V	I	P	T	N	F	X	L	N	Y	T	P	V	N	K	R	V	V	G	X	T	L	D	Y	G	A	X	.	N	T	W	S	E	I	G	V	S	S	A
Template Known Secondary structure													T	S	G	G	G	G	S																				S															T	T			S		B			T	T		S	.									S		S
Template Predicted Secondary structure																																																																			.
Template SS confidence
		498	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.		.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.