Job Description P33225 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:51:24 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 697 % Identity 20% Template c1ogyA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:periplasmic nitrate reductase; PDBTitle: crystal structure of the heterodimeric nitrate reductase2 from rhodobacter sphaeroides Resolution 3.2 Å

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		48	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.					.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.
Query Sequence		I	S	K	E	G	I	L	T	G	S	H	W	G	A	I	R	A	T	V	K	D	G	R	F	V	A	A	K	P	F	E	L	D	K	Y	P	.	.	.	.	S	K	M	I	A	G	L	P	D	H	V	H	N	A	A	R	I	R	Y	P	M	V	R	V	D	W	L	R	K	R	H	L	S	D	T	S	Q	R	G	D
Query Conservation																																						.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	S	K	A	P	C	R	F	C	G	T	G	C	G	V	M	V	G	T	R	D	G	Q	V	V	A	T	H	G	D	T	Q	A	E	V	N	R	G	L	N	C	V	K	G	Y	F	L	S	K	I	M	Y	G	E	D	R	L	T	T	P	L	L	R	M	K	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	V	Y	H	K	E
Template Known Secondary structure								S	S		S	S										T	T									T	T		T	T	T	S	S								G	G	G	G	S	T	T		T	T				S				S		S	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		14	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.									.	80	.	.	.	.	.
		124	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.			.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
Predicted Secondary structure																																																																.	.
Query SS confidence																																																																.	.
Query Sequence		N	R	F	V	R	V	S	W	D	E	A	L	D	M	F	Y	E	E	L	E	R	V	Q	K	T	H	G	P	S	A	L	L	T	A	S	G	W	Q	S	T	G	M	F	H	N	A	S	G	M	L	A	K	A	I	A	L	H	G	N	S	V	G	.	.	T	G	G	D	Y	S	T	G	A	A	Q	V	I	L	P	R
Query Conservation																																																																.	.
Alig confidence																																										.	.	.																				.	.
Template Conservation																																										.	.	.
Template Sequence		G	E	F	A	P	V	S	W	D	E	A	F	D	V	M	A	A	Q	A	K	L	V	L	K	E	K	A	P	E	A	V	G	M	F	G	S	G	Q	W	T	.	.	.	I	W	E	G	Y	A	A	S	K	L	M	R	A	G	F	R	S	N	N	L	D	P	N	A	R	H	C	M	A	S	A	A	T	A	F	M	R
Template Known Secondary structure																											T		G	G	G							T	T	S		.	.	.													T	T	S								T					T
Template Predicted Secondary structure																																										.	.	.
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.				.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	G	S	M	E	V	Y	E	Q	Q	T	S	W	P	L	V	L	Q	N	S	K	T	I	V	L	W	G	S	D	L	L	K	N	Q	Q	A	N	W	W	C	P	D	H	D	V	Y	E	Y	Y	A	Q	L	K	A	K	V	A	A	G	E	I	E	V	I	S	I	D	P	V	V	T	S	T	H	E	Y	L	G	R
Query Conservation
Alig confidence						.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template Sequence		T	F	G	M	.	.	.	.	D	E	P	M	G	C	Y	D	D	F	E	A	A	D	A	F	V	L	W	G	S	N	M	A	E	M	H	P	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	S	R	L	T	D	R	R	L	S	H	E	H	V	R	V	A	V	L	S	T	F	T	H	R	S	.	.	.	.	S	D
Template Known Secondary structure				S	S	.	.	.	.		S		S	S		T	T						S						S							S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S	T	T								S	S	B		G	G	.	.	.	.	G	G
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.	.
Template SS confidence
		163	.	.	.					.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.											.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.					.	.
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320																																			.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	H	V	K	H	I	A	V	N	P	Q	T	D	V	P	L	Q	L	A	L	A	H	T	L	Y	S	E	N	L	Y	D	K	N	F	L	A	N	Y	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	G	F	E	Q	F	L
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	S	D	T	P	I	I	F	R	P	G	T	D	R	A	I	L	N	Y	I	A	H	H	I	I	S	T	G	R	V	N	R	D	F	V	D	R	H	T	N	F	A	L	G	A	T	D	I	G	Y	G	L	R	P	E	H	Q	L	Q	L	A	A	K	G	A	A	D	A	G	A	M	T	P	T	D	F	E	T	F	A
Template Known Secondary structure		S		S							T	T	T															T	T																		S	S			T	T			T	T	S					S		T	T		S	S		S				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.			.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.
Query SS confidence																																									.	.
Query Sequence		P	Y	L	L	G	E	K	D	G	Q	P	K	D	A	A	W	A	E	K	L	T	G	I	D	A	E	T	I	R	G	L	A	R	Q	M	A	A	N	R	.	.	T	Q	I	I	A	G	W	C	V	Q	R	M	Q	H	G	E	Q	W	A	W	M	I	V	V	L	A	A	M	L	G	Q	I	G	L	P	G	G	G	F
Query Conservation																																									.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.																															.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	L	V	.	.	.	.	.	.	S	E	Y	T	L	E	K	A	A	E	I	S	G	V	E	P	A	L	L	E	E	L	A	E	L	Y	A	D	P	D	R	K	W	M	S	L	W	T	M	G	F	N	Q	H	V	R	G	V	W	A	N	H	M	V	Y	N	L	H	L	L	T	G	K	I	S	E	P	G	N	S	P
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.		T	S																							T	T	S	T	T	S							S					S	S	T	T																T			S	B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		305	.	.							.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.		.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.
Query SS confidence													.
Query Sequence		G	F	G	W	H	Y	N	G	A	G	T	.	P	G	R	K	G	V	I	L	S	G	F	S	G	S	T	S	I	P	P	V	H	D	N	S	D	Y	K	G	Y	S	S	T	I	P	I	A	R	F	I	D	A	I	L	E	P	G	K	V	I	N	W	N	G	K	S	V	K	L	P	P	L	K	M	C	I	F	A	G
Query Conservation													.
Alig confidence													.																																					.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.
Template Sequence		F	S	L	T	G	Q	P	F	A	C	G	T	A	R	E	V	G	T	F	A	H	R	L	P	A	D	M	V	V	T	N	P	E	H	R	A	H	A	E	E	I	W	K	L	P	A	G	L	.	.	.	.	L	P	D	W	V	G	A	H	A	V	E	Q	D	R	K	L	H	D	G	E	I	N	F	Y	W	V	Q	V
Template Known Secondary structure							S	T	T	T	T	T	T					T		S	T	T			T	T	T			S	S												T	T			T	T		.	.	.	.	S			S															T	S								S
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.
Template SS confidence
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.					.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
		485	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.			.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.
Predicted Secondary structure														.	.
Query SS confidence														.	.
Query Sequence		T	N	P	F	H	R	H	Q	Q	I	N	R	.	.	I	I	E	G	L	R	K	L	E	T	V	I	A	I	D	N	Q	W	T	S	T	C	R	F	A	D	I	V	L	P	A	T	T	Q	F	E	R	N	D	L	D	Q	Y	G	N	H	S	N	R	G	I	I	A	M	K	Q	V	V	P	P	Q	F	E	A	R	N
Query Conservation														.	.
Alig confidence														.	.																																							.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.
Template Sequence		N	N	N	M	Q	A	A	P	N	I	D	Q	E	T	Y	P	G	Y	R	N	P	E	N	F	I	V	V	S	D	A	Y	P	T	V	T	G	R	A	A	D	L	V	L	P	A	A	M	W	V	E	K	E	.	.	.	G	A	Y	G	N	A	E	R	R	T	H	F	W	H	Q	L	V	E	A	P	G	E	A	R	S
Template Known Secondary structure								S	T	T												T	T								S	S							T	S	S					B			G	G	G	S		.	.	.						T	T	S							B		S			S	T	T		B
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.
Template SS confidence
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.				.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
		563	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	F	D	I	F	R	E	L	C	R	R	F	N	R	E	E	A	F	T	E	G	L	D	E	M	G	W	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	R	I	W	Q	E	G	V	Q	Q	G
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	W	Q	L	M	E	F	S	K	R	F	T	T	D	E	V	W	P	E	E	I	L	S	A	A	P	A	Y	R	G	K	T	L	F	E	V	L	F	A	N	G	S	V	D	R	F	P	A	S	D	V	N	P	D	H	A	N	H	E	A	A	L	F	G	F	Y	P	Q	K	G	L	F	E	E	Y	A	A	F	G
Template Known Secondary structure											T	T							S									S	S	S	S	S			T	T	T	T	T	T		S	S	S	S	S		S	B	S	S	S	S		S	S	S	B						S	S	S	B												T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		532	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.
		602	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	G	R	G	V	H	L	P	A	F	D	D	F	W	N	N	K	E	Y	V	E	F	D	H	P	Q	M	F	V	R	H	Q	A	F	R	E	D	P	D	L	E	P	L	G	T	P	S	G	L	I	E	I	Y	S	K	T	I	A	D	M	N	Y	D	D	C	Q	G	H	P	M	W	F	E	K	I	E	R	S	H	G
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	G	H	G	H	D	L	A	P	F	D	T	Y	H	E	V	R	G	L	H	.	.	.	W	P	V	V	E	G	E	E	T	R	W	R	Y	R	E	G	F	D	P	Y	V	K	P	G	E	G	L	R	F	Y	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	D	G	R	A	V	I	L	G	V	P	Y	E	P	P	A
Template Known Secondary structure		S	S	S	S						T	T					S	S				.	.	.	S			B	T	T	B			S	S	S	S	B	B	T	T	B	T	T	S		S	S		S	B			T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S														S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		612	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.				.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.										.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		682	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.			.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.			.
Predicted Secondary structure																											.	.																																																			.	.
Query SS confidence																											.	.																																																			.	.
Query Sequence		G	P	G	S	Q	K	Y	P	L	H	L	Q	S	V	H	P	D	F	R	L	H	S	Q	L	C	.	.	E	S	E	T	L	R	Q	Q	Y	T	V	A	G	K	E	P	V	F	I	N	P	Q	D	A	S	A	R	G	I	R	N	G	D	V	V	R	V	F	N	A	R	G	Q	V	L	A	G	A	V	V	.	.	S
Query Conservation																											.	.																																																			.	.
Alig confidence																											.	.								.	.	.																																									.	.
Template Conservation																																				.	.	.
Template Sequence		E	S	P	D	E	E	F	G	F	W	L	V	T	G	R	V	L	E	H	W	H	S	G	S	M	T	L	R	W	P	E	L	Y	K	.	.	.	A	F	P	G	A	V	C	F	M	H	P	E	D	A	R	S	R	G	L	N	R	G	S	E	V	R	V	I	S	R	R	G	E	I	R	T	R	L	E	T	R	G	R
Template Known Secondary structure		S				S	S	S									B	T	T	B		T	T		T	T	G	G	G	S						.	.	.		S		S													T	T			T	T								S	S									S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.
Template SS confidence
		680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.				.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.
		758	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	R	Y	A	P	G	V	A	R	I	H	E	G	A	W	Y	D	P	D	K	G	G	E	P	G	A	L	C	K	Y	G	N	P	N	V	L	T	I	D	I	G	T	S	Q	L	A	Q	A	T	S	A	H	T	T	L	V	E	I	E
Query Conservation
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template Sequence		N	R	M	P	R	G	V	V	F	V	P	W	F	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	L	I	N	K	V	T	L	D	A	.	N	D	P	I	S	R	Q	T	D	F	K	K	C	A	V	K	I	E
Template Known Secondary structure		S	B			T	T									S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S		G	G	G	T	S				.	B		T	T	T			B			S
Template Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												.
Template SS confidence
		757	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.															.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.		.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800