Job Description P77619 Confidence 99.14% Date Thu Jan 5 12:31:10 GMT 2012 Rank 37 Aligned Residues 258 % Identity 13% Template d1xp4a2 SCOP info beta-lactamase/transpeptidase-like beta-lactamase/transpeptidase-like beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase Resolution 2.80

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		54	.	.	.	.	.	60	.	.	.			.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130
Predicted Secondary structure												.	.																																																																				.
Query SS confidence												.	.																																																																				.
Query Sequence		G	Y	P	S	V	N	L	L	I	I	.	.	K	D	N	Q	I	V	Y	R	K	A	W	G	A	A	K	K	Y	D	G	S	V	L	M	E	Q	P	V	K	A	T	T	G	T	L	Y	D	L	A	S	N	T	K	M	Y	A	T	N	F	A	L	Q	K	L	M	S	E	G	K	L	H	P	D	D	R	I	A	K	.
Query Conservation												.	.																																																																				.
Alig confidence												.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.																							.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Sequence		T	I	A	A	K	H	A	I	A	V	E	A	N	T	G	K	I	L	Y	E	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	T	Q	P	V	E	I	A	S	I	T	K	L	I	.	T	V	Y	L	V	Y	E	A	L	E	N	G	S	I	T	L	S	T	P	V	D	I	S
Template Known Secondary structure				S	B	S	S						T	T	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S	S					G	G	G	G				.												T	S	S		T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template SS confidence
		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.		.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
					131	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.		.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																																																																											.
Query SS confidence		.	.	.																																																																											.
Query Sequence		.	.	.	Y	I	P	G	F	A	D	S	P	N	D	T	I	K	G	K	N	T	L	R	I	S	D	L	L	H	H	S	G	G	F	P	A	D	P	Q	Y	P	N	K	A	V	A	G	A	L	Y	S	Q	D	K	G	Q	T	L	E	M	I	K	R	T	P	L	E	Y	Q	P	G	S	K	H	I	Y	S	.	D	V
Query Conservation		.	.	.																																																																											.
Alig confidence		.	.	.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	Y	P	Y	Q	L	T	T	N	S	E	A	S	N	I	P	X	E	A	R	N	Y	T	V	E	E	L	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	L	V	S	S	A	N	S
Template Known Secondary structure							T	T	T	S			S	S					T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	120	.	.
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.			230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.
Query SS confidence																									.	.
Query Sequence		D	Y	M	L	L	G	F	I	V	E	S	V	T	G	Q	P	L	D	R	Y	V	E	E	.	.	S	I	Y	R	P	L	G	L	T	H	T	V	F	N	P	L	L	K	G	F	K	P	Q	Q	I	A	A	T	E	L	N	G	N	T	R	D	G	V	I	H	F	P	N	I	R	T	S	T	L	W	G	Q	V	H	D
Query Conservation																									.	.
Alig confidence											.	.	.	.											.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	A	I	A	L	A	E	K	I	.	.	.	.	A	G	S	E	K	D	F	V	D	X	X	R	A	K	L	L	E	W	G	I	Q	D	A	T	V	V	N	T	T	G	L	N	N	E	T	L	G	D	N	I	Y	P	G	S	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											.	.	.	.		S	S															T	T			S		B				S	S				G	G	G	T	T	T		S		T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		123	.	.	.	.	.	.	130	.					.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	K	A	F	Y	S	M	G	G	V	S	G	H	A	G	L	F	S	N	T	G	D	I	A	V	L	M	Q	T	M	L	N	G	G	G	Y	G	D	V	Q	L	F	N	A	E	T	V	K	M	F	T	T	S	S	K	E	D	A	T	F	G	L	G	W	R	V	N	G	N	A	T	M	T	P	T	F	G	T	L	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	E	E	N	K	L	S	A	Y	D	V	A	I	V	A	R	N	L	I	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	Q	V	L	E	I	T	K	K	P	S	S	T	F	A	G	X	T	I	T	S	T	N	Y	X	L	E	G	X	P	A	Y	R	G	G	F	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T																					.	.	.	.	.	.	.	.	.		G	G	G					T		S					T	T						S		T	T	S	T	T	S	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
													177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.										.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.
Predicted Secondary structure																	.
Query SS confidence																	.
Query Sequence		S	P	Q	T	Y	G	H	T	G	W	T	G	T	V	T	.	V	I	D	P	V	N	H	M	T	I	V	M	L	S	N	K	P	H	S	P	V	A	D	P	Q	K	N	P	N	M	F	E	S	G	Q	L	P	I	A	T	Y	G	W	V	V	D	Q	V	Y	A	A	L
Query Conservation																	.
Alig confidence																	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	L	K	T	G	T	T	D	K	A	G	E	S	F	V	G	T	T	V	E	K	G	X	R	V	I	T	V	V	L	N	A	D	H	Q	D	N	N	P	Y	A	R	F	T	A	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	X	D	Y	I	S	S	T	F
Template Known Secondary structure									T	T	T											T	T													B	T	T	B	T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.												.	.	.	.	.	.	290	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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