Job Description P77619 Confidence 99.29% Date Thu Jan 5 12:31:10 GMT 2012 Rank 24 Aligned Residues 257 % Identity 14% Template d1m40a_ SCOP info beta-lactamase/transpeptidase-like beta-lactamase/transpeptidase-like beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase Resolution 0.85

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		37	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	E	R	L	N	Q	M	D	R	W	I	S	Q	Q	V	D	V	G	Y	P	S	V	N	L	L	I	I	K	D	N	Q	I	V	Y	R	K	A	W	G	A	A	K	K	Y	D	G	S	V	L	M	E	Q	P	V	K	A	T	T	G	T	L	Y	D	L	A	S	N	T	K	M	Y	A	T	N	F	A	L	Q	K	L
Query Conservation
Alig confidence																.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation																.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Sequence		P	E	T	L	V	K	V	K	D	A	E	D	Q	L	.	.	G	A	R	V	G	Y	I	E	L	D	L	N	S	G	K	I	L	E	S	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	P	E	E	R	F	P	M	M	S	T	F	K	V	L	.	L	C	G	A	V	L	S	R
Template Known Secondary structure																.	.	T	S									T	T	T								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T	S					G	G	G					.
Template Predicted Secondary structure																.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template SS confidence
		27	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40			.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.		.	.	.	.	80	.	.	.
		117	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	S	E	G	K	L	H	P	D	D	R	I	A	K	Y	I	P	G	F	A	D	S	P	N	D	T	I	K	G	K	N	T	L	R	I	S	D	L	L	H	H	S	G	G	F	P	A	D	P	Q	Y	P	N	K	A	V	A	G	A	L	Y	S	Q	D	K	G	Q	T	L	E	M	I	K	R	T	P	L	E	Y	Q
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.
Template Sequence		V	D	A	G	Q	E	Q	L	G	R	R	I	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	Q	N	D	L	V	E	Y	S	P	V	T	E	K	H	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	M	T	V	R	E	L	C	S	A	A	I	T	M	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	T	S			T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			G	G	G			S			T	T	G	G	G		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T														S	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.											.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220		.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.
Query SS confidence																										.
Query Sequence		P	G	S	K	H	I	Y	S	D	V	D	Y	M	L	L	G	F	I	V	E	S	V	T	G	.	Q	P	L	D	R	Y	V	E	E	S	I	Y	R	P	L	G	L	T	H	T	V	F	N	P	L	L	K	G	F	K	P	Q	Q	I	A	A	T	E	L	N	G	N	T	R	D	G	V	I	H	F	P	N	I	R	T
Query Conservation																										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																.										.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	N	T	A	A	N	L	L	L	T	T	I	G	G	P	K	E	L	T	A	F	L	H	N	.	.	.	.	.	M	G	D	H	V	T	R	L	D	R	W	E	P	E	L	N	E	A	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.														T	S											.	.	.	.	.	T	T		S	S							T	T	G	G	G				T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.						.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	T	L	W	G	Q	V	H	D	E	K	A	F	Y	S	M	G	G	V	S	G	H	A	G	L	F	S	N	T	G	D	I	A	V	L	M	Q	T	M	L	N	G	G	G	Y	G	D	V	Q	L	F	N	A	E	T	V	K	M	F	T	T	S	S	K	E	D	A	T	F	G	L	G	W	R	V	N	G	N	A	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	D	E	R	D	T	T	T	P	A	A	M	A	T	T	L	R	K	L	L	T	G	.	.	.	.	.	.	E	L	L	T	L	A	S	R	Q	Q	L	I	D	W	M	E	A	D	K	V	A	G	P	L	L	R	S	A	L	P	A	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T			T	T																	S	.	.	.	.	.	.	T	T	S																S	S		T	T	T	G	G	G	G			T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																						175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.							.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.
		356	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.			.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.
Query SS confidence																																	.	.
Query Sequence		M	T	P	T	F	G	T	L	A	S	P	Q	T	Y	G	H	T	G	W	T	G	T	V	T	V	I	D	P	V	N	H	.	.	M	T	I	V	M	L	S	N	K	P	H	S	P	V	A	D	P	Q	K	N	P	N	M	F	E	S	G	Q	L	P	I	A	T	Y	G	W	V	V	D	Q	V	Y	A
Query Conservation																																	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.											.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	F	I	A	D	K	S	G	A	G	E	R	G	S	R	G	.	.	.	.	.	I	I	A	A	L	G	P	D	G	K	P	S	R	I	V	V	I	Y	T	T	G	S	Q	A	T	M	D	E	R	N	R	Q	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	G	A	S	L	I	K
Template Known Secondary structure												S	T	T				.	.	.	.	.							S	T	T												S														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		229	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.						.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.														.	280	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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