Job Description P77619 Confidence 99.39% Date Thu Jan 5 12:31:10 GMT 2012 Rank 22 Aligned Residues 250 % Identity 20% Template d1buea_ SCOP info beta-lactamase/transpeptidase-like beta-lactamase/transpeptidase-like beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase Resolution 1.64

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		36	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	V	E	R	L	N	Q	M	D	R	W	I	S	Q	Q	V	D	V	G	Y	P	S	V	N	L	L	I	I	K	D	N	Q	I	V	Y	R	K	A	W	G	A	A	K	K	Y	D	G	S	V	L	M	E	Q	P	V	K	A	T	T	G	T	L	Y	D	L	A	S	N	T	K	M	Y	A	T	N	F	A	L	Q	K
Query Conservation
Alig confidence																	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation																	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Sequence		N	T	K	G	I	D	E	I	K	N	L	E	T	D	F	.	.	N	G	R	I	G	V	Y	A	L	D	T	G	S	G	K	S	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	R	A	N	E	R	F	P	L	C	S	S	F	K	G	F	.	L	A	A	A	V	L	K
Template Known Secondary structure				T	T												.	.	T	S									T	T	T					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	T	T	S					G	G	G	G				.
Template Predicted Secondary structure																	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template SS confidence
		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40			.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.		.	.	.	.	.	80	.
		116	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.														.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	M	S	E	G	K	L	H	P	D	D	R	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	Y	I	P	G	F	A	D	S	P	N	D	T	I	K	G	K	N	T	L	R	I	S	D	L	L	H	H	S	G	G	F	P	A	D	P	Q	Y	P	N	K	A	V	A	G	A	L	Y	S	Q	D	K	G
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	S	Q	D	N	R	L	N	L	N	Q	I	V	N	Y	N	T	R	S	L	E	F	H	S	P	I	T	T	K	Y	K	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	G	M	S	L	G	D	M	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T	T	S	S		T	T						T	T	S				S	S							T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.													.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	T	L	E	M	I	K	R	T	P	L	E	Y	Q	P	G	S	K	H	I	Y	S	D	V	D	Y	M	L	L	G	F	I	V	E	S	V	T	G	Q	P	L	D	R	Y	V	E	E	S	I	Y	R	P	L	G	L	T	H	T	V	F	N	P	L	L	K	G	F	K	P	Q	Q	I	A	A	T	E	L	N	G	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.							.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.							.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	L	Q	Y	S	D	N	G	A	T	N	I	I	.	.	.	L	E	R	Y	I	G	.	.	.	G	P	E	G	M	T	K	F	M	R	S	I	G	D	E	D	F	R	L	D	R	W	E	L	D	L	N	T	A	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S										.	.	.				T	T		.	.	.												T	T		S	S		B			S		T	T	G	G	G				T	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.							.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.				.	140	.	.	.	.				.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	R	D	G	V	I	H	F	P	N	I	R	T	S	T	L	W	G	Q	V	H	D	E	K	A	F	Y	S	M	G	G	V	S	G	H	A	G	L	F	S	N	T	G	D	I	A	V	L	M	Q	T	M	L	N	G	G	G	Y	G	D	V	Q	L	F	N	A	E	T	V	K	M	F	T	T	S	S	K	E	D	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	E	R	D	T	S	T	P	A	A	V	A	K	S	L	K	T	L	A	L	G	.	.	.	.	.	.	N	I	L	S	E	H	E	K	E	T	Y	Q	T	W	L	K	G	N	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T			T	T																	S	.	.	.	.	.	.	S	S	S														T		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																			175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.							.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.			.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
Predicted Secondary structure																																														.	.
Query SS confidence																																														.	.
Query Sequence		T	F	G	L	G	W	R	V	N	G	N	A	T	M	T	P	T	F	G	T	L	A	S	P	Q	T	Y	G	H	T	G	W	T	G	T	V	T	V	I	D	P	V	N	H	.	.	M	T	I	V	M	L	S	N	K	P	H	S	P	V	A	D	P	Q	K	N	P	N	M	F	E	S	G	Q	L	P	I	A	T	Y
Query Conservation																																														.	.
Alig confidence																						.	.	.	.																					.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	G	A	A	R	I	R	A	S	V	P	S	D	W	V	V	G	D	K	T	.	.	.	.	G	S	C	G	A	Y	G	T	A	N	D	Y	A	V	V	W	P	K	N	R	A	P	L	I	I	S	V	Y	T	T	K	N	E	K	E	A	K	H	E	D	K	V	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S		T	T	T	G	G	G	G	S		T	T	S							.	.	.	.				S	S	T	T											T	T	S												S		T	T										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.					.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		421	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	W	V	V	D	Q	V	Y	A	A	L	K
Query Conservation
Alig confidence		.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	E	A	S	R	I	A	I	D	N	L	K
Template Known Secondary structure		.									T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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