Job Description P07395 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:00:19 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 335 % Identity 19% Template c2cxiA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:phenylalanyl-trna synthetase beta chain; PDBTitle: crystal structure of an n-terminal fragment of the phenylalanyl-trna2 synthetase beta-subunit from pyrococcus horikoshii Resolution 1.94 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	F	S	E	L	W	L	R	E	W	V	N	P	A	I	D	S	D	A	L	A	N	Q	I	T	M	A	G	L	E	V	D	G	V	E	P	V	A	G	S	F	H	G	V	V	V	G	E	V	V	E	C	A	Q	H	P	N	A	D	K	L	R	V	T	K	V	N	V	G	G	D	R	L	L	D	I	V	C	G	A
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	V	S	K	S	D	L	E	R	L	I	G	R	S	F	S	I	E	E	W	E	D	L	V	L	Y	A	K	C	E	L	D	D	V	W	E	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													T	S														T	T										T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	N	C	R	Q	G	L	R	V	A	V	A	T	I	G	A	V	L	P	G	D	F	K	I	K	A	A	K	L	R	G	E	P	S	E	G	M	L	C	S	F	S	E	L	G	I	S	D	D	H	S	G	I	I	E	L	P	A	D	A	P	I	G	T	D	I	R	E	Y	L	K	L	D	D	N	T	I	E	I	S
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	V	Y	F	K	L	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																										43	.	.	.	.	.	.	50
		162	.		.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure				.
Query SS confidence				.
Query Sequence		V	T	.	P	N	R	A	D	C	L	G	I	I	G	V	A	R	D	V	A	V	L	N	Q	L	P	L	V	Q	P	E	I	V	P	V	G	A	T	I	D	D	T	L	P	I	T	V	E	A	P	E	A	C	P	R	Y	L	G	R	V	V	K	G	I	N	V	K	A	P	T	P	L	W	M	K	E	K	L	R	R
Query Conservation				.
Alig confidence				.																																			.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	K	D	T	N	R	P	D	L	W	S	A	E	G	V	A	R	Q	I	K	W	A	L	G	I	E	K	G	L	P	K	Y	E	V	K	K	S	.	.	N	V	T	V	Y	V	D	E	K	L	K	D	I	R	P	Y	G	V	Y	A	I	V	E	G	L	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T	T		G	G	G	S	S												T	T	S	S		S	S									.	.								G	G	G	T	T	T	S										S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		51	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.			.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.						.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.
Query Sequence		C	G	I	R	S	I	D	A	V	V	D	V	T	N	Y	V	L	L	E	L	G	Q	.	.	.	.	.	P	M	H	A	F	D	K	D	R	I	E	G	G	I	V	V	R	M	A	K	E	G	E	T	L	V	L	L	D	G	T	E	A	K	L	N	A	D	T	L	V	I	A	D	H	N	K	A	L	A	M	G	G
Query Conservation																								.	.	.	.	.
Alig confidence		.																						.	.	.	.	.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	D	E	D	S	L	S	Q	X	I	Q	L	Q	E	K	I	A	L	T	F	G	R	R	R	R	E	V	A	I	G	I	F	D	F	D	K	I	K	P	P	I	Y	Y	K	A	A	E	K	T	E	K	F	A	P	L	G	Y	K	E	E	X	T	L	E	E	I	L	E	K	H	E	K	G	R	E	Y	G	H	L	I
Template Known Secondary structure		.																		T	T	T	T	T	T	T	S								G	G	G	S		S	S								T	T					B	T	T		S	S											S							G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			115	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
		316	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	F	G	G	E	H	S	G	V	N	D	E	T	Q	N	V	L	L	E	C	A	F	F	S	P	L	S	I	T	G	R	A	R	R	H	G	L	H	T	D	A	S	H	R	Y	E	R	G	V	D	P	A	L	Q	H	K	A	M	E	R	A	T	R	L	L	I	D	I	C	G	G	E	A	G	P	V	I	D	I	T
Query Conservation
Alig confidence																						.	.	.	.
Template Conservation																						.	.	.	.
Template Sequence		K	D	K	Q	F	Y	P	L	L	I	D	S	E	G	N	V	L	S	X	P	.	.	.	.	P	I	I	N	S	E	F	T	G	R	V	T	T	D	T	K	N	V	F	I	D	V	T	G	W	K	L	E	K	V	X	L	A	L	N	V	X	V	T	A	L	A	E	R	G	G	K	I	R	S	V	R	V	V	Y	K
Template Known Secondary structure		T	T	S	S	S							T	T	S						T	.	.	.	.	T	T			B	S	S	S	S				T	T			S								S																		T	T	T											S
Template Predicted Secondary structure																						.	.	.	.
Template SS confidence
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.					.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
					396	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	N	E	A	T	L	P	K	R	A	T	I	T	L	R	R	S	K	L	D	R	L	I	G	H	H	I	A	D	E	Q	V	T	D	I	L	R	R	L	G	C	E	V	T	E	G	K	D	E	W	Q	A	V	A	P	S	W	R	F	D	M	E	I	E	E	D	L	V	E	E	V	A	R	V	Y	G	Y
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	F	E	I	E	T	P	D	L	T	P	K	E	F	E	V	E	L	D	Y	I	R	K	L	S	G	L	E	L	N	D	G	E	I	K	E	L	L	E	K	X	X	Y	E	V	E	I	S	R	G	R	A	K	L	K	Y	P	A	F	R	D	D	I	X	H	A	R	D	I	L	E	D	V	L	I	A	Y	G	Y
Template Known Secondary structure		S																									T															T	T							T	T								T	T						S													T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.