Job Description P71237 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:12:28 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 373 % Identity 16% Template c3s29C_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:sucrose synthase 1; PDBTitle: the crystal structure of sucrose synthase-1 from arabidopsis thaliana2 and its functional implications. Resolution 2.85 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10												.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.													.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.									.	.	50
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	I	L	Q	F	N	V	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	G	G	A	A	G	V	A	L	D	L	H	Q	R	A	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	L	A	S	H	F	V	Y	G	Y	G	K	G	G	K	E	S	V	.	.	.	.	.	.	.	.	S	H	Q
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	V	V	I	L	S	P	H	G	Y	F	A	Q	D	N	V	L	G	Y	P	D	T	G	G	Q	V	V	Y	I	L	D	Q	V	R	A	L	E	I	E	M	L	Q	R	I	K	Q	Q	G	L	N	I	K	P	R	I	L	I	L	T	R	L	L	P	D	A	V	G	T	T	C	G	E	R	L	E	R	V	Y	D	S
Template Known Secondary structure									S	S				S	S	S		T	T	S	T	T		S																								T	T															T	T			S	S	S	T	T	S	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		51	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.				.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.		.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.																												.
Query SS confidence																.	.	.																												.
Query Sequence		N	Y	P	Q	V	I	K	H	T	P	R	M	T	A	.	.	.	M	A	N	I	A	L	F	R	L	F	N	R	D	L	F	G	N	F	N	E	L	Y	R	T	I	T	R	.	T	A	G	P	V	V	L	H	F	H	V	L	H	S	Y	W	L	N	L	K	S	V	V	R	F	C	E	K	V	K	N	H	K	P	D
Query Conservation																.	.	.																												.
Alig confidence																.	.	.																												.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	Y	C	D	I	L	R	V	P	F	R	T	E	K	G	I	V	R	K	W	I	S	R	F	E	V	W	P	Y	L	E	T	Y	T	E	D	A	A	V	E	L	S	K	E	L	N	G	K	P	D	L	I	I	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	D	G	N	L	V	A	S	L	L	A	H	K	L	G
Template Known Secondary structure		S	S											T	T					S				G	G	G		G	G	G																	S	S			S						.	.	.	.	.	.	.	.	.																T
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.										.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
		127	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	T	L	V	W	T	L	H	D	H	W	S	V	T	G	R	C	A	F	T	D	G	C	E	G	W	K	T	G	C	Q	K	C	P	T	L	N	N	Y	P	P	V	K	I	D	R	A	H	Q	L	V	A	G	K	R	Q	L	F	R	E	M	L	A	L	G	C	Q	F	I	S	P	S	Q	H	V	A	D	A	F	N
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	T	Q	C	T	I	A	H	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	K	T	K	Y	P	D	S	D	I	Y	W	K	K	L	D	D	K	Y	H	F	S	C	Q	F	T	A	D	I	F	A	M	N	H	T	D	F	I	I	T	S	T	F	Q	E	I	A	G	S	K
Template Known Secondary structure									S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S	T	T	T	T	T	T																								S	S					S		S							S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
		207	.	.	210																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	240	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	L	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	R	C	R	I	I	N	N	G	I	D	M	A	T	E	A	I	L	A	D	L	P	P	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	E	T	Q	G	K
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	T	V	G	Q	Y	E	S	H	T	A	F	T	L	P	G	L	Y	R	V	V	H	G	I	D	V	F	D	P	K	F	N	I	V	S	P	G	A	D	M	S	I	Y	F	P	Y	T	E	E	K	R	R	L	T	K	F	H	S	E	I	E	E	L	L	Y	S	D	V	E	N	K	E	H	L	C	V	L	K	D	K
Template Known Secondary structure		S	S			T	T	G	G	G	S	S				T	T	T									T	T		T	T										T	T	T				T	T		T	T	T	S		G	G	G											S			S	S	S			S		B	S		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		491	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.				.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	K	I	A	V	V	A	H	D	L	R	Y	D	G	K	T	N	Q	Q	L	V	R	E	M	.	.	.	M	A	L	G	D	K	I	E	L	H	T	F	G	K	F	S	P	F	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	V	V	N	H	G	F	E	T	D
Query Conservation																										.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	K	P	I	L	F	T	M	A	R	L	D	R	V	K	N	L	S	G	L	V	E	W	Y	G	K	N	T	R	L	R	E	L	A	N	L	V	V	V	G	G	D	R	R	K	E	S	K	D	N	E	E	K	A	E	M	K	K	M	Y	D	L	I	E	E	Y	K	L	N	G	Q	F	R	W	I	S	S	Q	M	D
Template Known Secondary structure		T	S										S	T	T	T	T																											T	T	S																					T	T		T	B	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		571	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.					.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.		.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.																																										.																						.	.
Query SS confidence													.	.	.	.																																										.																						.	.
Query Sequence		K	R	K	L	M	S	A	L	N	Q	M	.	.	.	.	D	A	L	V	F	S	S	R	V	D	N	Y	P	L	I	L	C	E	A	L	S	I	G	V	P	V	I	A	T	H	S	D	A	A	R	E	V	L	Q	K	S	.	G	G	K	T	V	S	E	E	E	V	L	Q	L	V	Q	L	S	K	P	E	I	.	.
Query Conservation													.	.	.	.																																										.																						.	.
Alig confidence													.	.	.	.																																										.																						.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	V	R	N	G	E	L	Y	R	Y	I	C	D	T	K	G	A	F	V	Q	P	A	L	Y	E	A	F	G	L	T	V	V	E	A	M	T	C	G	L	P	T	F	A	T	C	K	G	G	P	A	E	I	I	V	H	G	K	S	G	F	H	I	D	P	Y	H	G	D	Q	A	A	D	T	L	A	D	F	F	T	K
Template Known Secondary structure															T	T								S		B	S	S											T							S	S	B	T							B	T	T	T	B					T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		651	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730
				370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.		.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																.
Query SS confidence		.	.																.
Query Sequence		.	.	A	Q	A	I	F	G	T	T	L	A	E	F	S	Q	R	.	S	R	A	A	Y	S	G	Q	Q	M	L	E	E	Y	V	N	F	Y	Q
Query Conservation		.	.																.
Alig confidence		.	.																.
Template Conservation
Template Sequence		C	K	E	D	P	S	H	W	D	E	I	S	K	G	G	L	Q	R	I	E	E	K	Y	T	W	Q	I	Y	S	Q	R	L	L	T	L	T	G
Template Known Secondary structure						T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		731	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.