Job Description P76335 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:21:55 GMT 2012 Rank 8 Aligned Residues 274 % Identity 20% Template d3prna_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Porin Resolution 1.90

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		32	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.					.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.
Query Sequence		L	D	L	Y	G	K	V	V	G	L	H	Y	F	S	D	D	S	G	S	D	G	D	M	.	.	.	.	S	Y	A	R	I	G	F	K	G	E	T	Q	I	A	D	Q	F	T	G	Y	G	Q	W	E	F	N	I	G	A	N	G	P	E	S	D	K	G	N	T	A	T	R	L	A	F	A	G	L	G	F	G	Q	N
Query Conservation																									.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.																																.	.	.																		.
Template Conservation																																																												.	.	.																		.
Template Sequence		I	S	L	N	G	Y	G	R	F	G	L	Q	Y	V	E	D	R	G	V	G	L	E	D	T	I	I	S	S	R	L	R	I	N	I	V	G	T	T	E	T	D	Q	G	V	T	F	G	A	K	L	R	M	Q	W	D	D	G	D	.	.	.	A	F	A	G	T	A	G	N	A	A	Q	F	W	T	S	Y	N	.	G
Template Known Secondary structure																T	T		S	T	T			S																		T	T	S													T	T		.	.	.	G	G	G				B										T	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.	.																		.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.				60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.		.
		108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.											.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	T	F	D	Y	G	R	N	Y	G	V	V	Y	D	V	E	A	W	T	D	M	L	P	E	F	G	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	A	G	A	D	N	F	M	N	G	R	A	N	G	V	A	T	Y	R	N	N	G	F	F	G	L	V	D	G	L	N	F	A	L	Q	Y	Q	G	N	N	E
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	T	V	S	V	G	N	V	D	T	A	F	D	S	V	A	L	T	Y	D	S	E	M	G	Y	E	W	S	S	F	G	D	A	Q	S	S	F	F	A	Y	N	S	K	Y	D	A	S	G	A	L	D	N	Y	N	G	I	A	V	T	Y	S	I	S	G	V	N	L	Y	L	S	Y	V	D	P	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S								S	S	S	T	T	T	T		B	T	T	T	T	B		T	T	S			S								S			T	T	S	T	T	T	T											S	S										T	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
		178	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	G	G	P	F	G	Q	E	G	S	G	S	G	D	G	R	S	L	S	K	E	N	G	D	G	F	G	M	S	T	S	Y	D	F	D	F	G	L	S	L	G	A	A	Y	X	N	S	D	R	S	D	R	Q	V	G	V	G	L	N	D	R	N	H	S	N	R	N	A	G	G	E	T	A	E	A	W	T	V	G	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Q	T	V	D	S	S	L	V	T	E	E	F	G	I	A	A	D	W	S	N	D	.	M	I	S	L	A	A	A	Y	T	T	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	I	V	D	N	D	I	A	F	V	G	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T	S		G	G	G	S													S	.	S										S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
															152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.		.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
		258	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	Y	D	A	N	N	V	Y	L	A	A	M	Y	A	E	T	R	N	M	T	P	Y	G	G	G	E	F	D	N	G	E	S	R	S	A	I	A	N	K	T	Q	N	F	E	V	V	A	Q	Y	Q	F	D	F	G	L	R	P	S	I	A	Y	L	Q	S	K	G	K	D	L	G	G	W	A	H	D	G	N	G	D	P
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	Y	K	F	N	D	A	G	T	V	G	L	N	W	Y	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	S	T	A	G	D	Q	V	T	L	Y	G	N	Y	A	F	G	A	.	T	T	V	R	A	Y	V	S	D	I	D	R	A	G	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						S	S	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	T	T		S											T	T	.												S	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.		.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	Y	T	N	K	D	L	V	K	Y	V	D	I	G	A	T	Y	Y	F	N	K	N	M	S	T	Y	V	D	Y	K	I	N	L	L	D	N	D	D	D	F	Y	E	A	N	G	I	A	T	D	D	I	V	A	V	G	L	V	Y	Q	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	Y	G	I	G	A	D	Y	Q	F	A	E	G	V	K	V	S	G	S	V	Q	S	G	F	A	N	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	V	A	D	V	G	V	R	F	D	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.													T	T											T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.														.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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