Job Description P76335 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:21:55 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 305 % Identity 17% Template d2fgqx1 SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Porin Resolution 1.45

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		31	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.									50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	L	D	L	Y	G	K	V	V	G	L	H	Y	F	S	D	D	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	G	D	M	S	Y	A	R	I	G	F	K	G	E	T	Q	I	A	D	Q	F	T	G	Y	G	Q	W	E	F	N	I	G	A	N	G	P	E	S	D	K	G	N	T	A	T	R	L	A	F	A	G	L
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.																																							.
Template Conservation																																																																			.
Template Sequence		S	V	T	L	F	G	I	V	D	T	N	V	A	Y	V	N	K	D	A	A	G	D	S	R	Y	G	L	G	T	S	G	A	S	T	S	R	L	G	L	R	G	T	E	D	L	G	G	G	L	K	A	G	F	W	L	E	G	E	I	F	G	D	D	G	N	.	A	S	G	F	N	F	K	R	R	S	T	V	S	L
Template Known Secondary structure																	S			T	T	S										S	S	S														T	T													T	T	T	T	S	.	T	T						S
Template Predicted Secondary structure																																																																			.
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.		.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
		103	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.									.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	F	G	Q	N	G	T	F	D	Y	G	R	N	Y	G	V	V	Y	D	V	E	A	W	T	D	M	L	P	E	F	G	G	D	T	Y	A	G	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	N	F	M	N	G	R	A	N	G	V	A	T	Y	R	N	N	G	F	F	G	L	V	D	G	L	N	F	A	L	Q	Y	Q	G
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.																																				.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.
Template Conservation					.																																																																									.	.	.	.
Template Sequence		S	G	N	.	F	G	E	V	R	L	G	R	D	L	V	P	T	S	Q	K	L	T	S	Y	D	L	F	S	A	T	G	I	G	P	F	M	G	F	R	N	W	A	A	G	Q	G	A	D	D	N	G	I	R	A	N	N	L	I	S	Y	Y	T	P	N	F	G	G	F	N	A	G	F	G	Y	A	F	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	.	T						S	S										G	G	G		T	T	T	T		S	S	S	S				S	S		T	T				S	T	T	T	T	S	S			S	S									B	T	T										.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.																																																																									.	.	.	.
Template SS confidence
		82	.	.		.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	N	E	S	G	G	P	F	G	Q	E	G	S	G	S	G	D	G	R	S	L	S	K	E	N	G	D	G	F	G	M	S	T	S	Y	D	F	D	F	G	L	S	L	G	A	A	Y	X	N	S	D	R	S	D	R	Q	V	G	V	G	L	N	D	R	N	H	S	N	R	N	A	G	G	E	T	A	E	A	W	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	K	Q	T	I	G	T	A	D	S	V	G	R	Y	I	G	G	Y	V	A	Y	D	N	G	.	P	L	S	A	S	L	G	L	A	Q	Q	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	A	V	G	G	L	A	T	D	R	D	E	I	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T			B	T	T	B	S	S	T	T												S	.	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
															157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.		.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.																.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	A	K	Y	D	A	N	N	V	Y	L	A	A	M	Y	A	E	T	R	N	M	T	P	Y	G	G	G	E	F	D	N	G	E	S	R	S	A	I	A	N	K	T	Q	N	F	E	V	V	A	Q	Y	Q	F	D	F	G	L	R	P	S	I	A	Y	L	Q	S	K	G	K	D	L	G	G	W	A	H	D	G	N
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	G	A	S	Y	N	F	G	V	A	K	L	S	G	L	L	Q	Q	T	K	F	K	R	D	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	D	I	K	T	N	S	Y	M	L	G	A	S	A	P	V	G	G	V	G	E	V	K	L	Q	Y	A	L	Y	D	Q	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									S	S															T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S																	T	T	T													G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.													.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
		335	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.										.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	D	P	R	Y	T	N	K	D	L	V	K	Y	V	D	I	G	A	T	Y	Y	F	N	K	N	M	S	T	Y	V	D	Y	K	I	N	L	L	D	N	D	D	D	F	Y	E	A	N	G	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	D	D	I	V	A	V	G	L	V	Y	Q	F
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	A	I	D	S	K	A	H	Q	I	T	L	G	Y	V	H	N	L	S	K	R	T	A	L	Y	G	N	L	A	F	L	K	N	K	D	A	S	T	L	G	L	Q	A	K	G	V	Y	A	G	G	V	Q	A	G	E	S	Q	T	G	V	Q	V	G	I	R	H	A	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	G	G	T														S	S	S	S														T	T							B	T	T	T	B		S				T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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