Job Description P0ACB7 Confidence 99.92% Date Thu Jan 5 11:17:50 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 312 % Identity 11% Template d2ooea1 SCOP info alpha-alpha superhelix TPR-like HAT/Suf repeat Resolution 3.00

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		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	Q	T	E	Q	A	L	L	K	L	A	E	G	D	Y	Q	Q	V	E	K	L	M	A	K	N	A	D	H	A	E	Q	P	V	V	N	Y	L	L	A	A	E	A	A	Q	Q	R	G	D	E	A	R	A	N	Q	H	L	E	R	A	A	E	L	A	G	N	D	T	I	P	V	E	I	T	R	V	R	L	Q	L	A
Query Conservation
Alig confidence																																																																						.
Template Conservation																																																																						.
Template Sequence		D	A	W	S	I	L	I	R	E	A	Q	N	Q	P	I	D	K	A	R	K	T	Y	E	R	L	V	A	Q	F	P	S	S	G	R	F	W	K	L	Y	I	E	A	E	I	K	A	K	N	Y	D	K	V	E	K	L	F	Q	R	C	L	M	K	V	L	H	I	D	L	.	W	K	C	Y	L	S	Y	V	R	E	T
Template Known Secondary structure													S	S														T	T		T	T															T	T													T	T	T							.
Template Predicted Secondary structure																																																																						.
Template SS confidence
		33	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100		.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Query SS confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Query Sequence		R	N	E	N	H	A	A	R	H	G	V	D	K	L	L	E	V	T	P	R	H	P	E	V	L	R	L	A	E	Q	A	Y	I	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	W	S	S	L	L	D	I	I	P	S	M	A	K	A	H	V	G	D	E	E	H	R	A	M	L	.	.
Query Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	K	L	P	S	Y	K	E	K	M	A	Q	A	Y	D	F	A	L	D	K	I	G	M	E	I	M	S	Y	Q	I	W	V	D	Y	I	N	F	L	K	G	V	E	A	V	G	S	Y	A	E	N	Q	R	I	T	A	V	R	R	V	Y	Q	R	G	C	V	N	P	M	I	N	I	E	Q	L	W	R	D	Y	N
Template Known Secondary structure		T	T	T	S	T	T																T	T	T	S	T	T															S				S	S	T	T																T	T	S			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		112	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	Y	E	E	G	I	N	I	H	L	A	K	K	M	I	E	D	R	S	R	D	Y	M	N	A	R	R	V	A	K	E	Y	E	T	V	M	K	G	L	D	R	N	A	P	S	V	P	P	Q	P	Q	E	A	Q	Q	V	D	M	W	K	K	Y	I	Q	W	E	K	S	N	P	L	R	T	E	D	Q	T	L	I	T
Template Known Secondary structure																		T	T																							S	S	S																											S	S			S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
																																228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	Q	Q	A	W	I	G	L	M	D	Q	A	R	A	D	N	G	S	E	G	L	R	N	W	W	K	N	Q	S	R	K	T	.	R	H	Q	V	A	L	Q	V	A	M	A	E	H	L	I	E	C
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Conservation
Template Sequence		K	R	V	M	F	A	Y	E	Q	C	L	L	V	L	G	H	H	P	D	I	W	Y	E	A	A	Q	Y	L	E	Q	S	S	K	L	L	A	E	K	G	D	M	N	N	A	K	L	F	S	D	E	A	A	N	I	Y	E	R	A	I	S	T	L	L	K	K	N	M	L	L	Y	F	A	Y	A	D	Y	E	E	S	R
Template Known Secondary structure																T	T																					T	T	T																				T	T	T	T		S	S															T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.					.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.		.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.																																										.
Query SS confidence																						.	.	.	.																																										.
Query Sequence		D	D	H	D	T	A	Q	Q	I	I	I	D	G	L	K	R	Q	Y	D	D	.	.	.	.	R	L	L	L	P	I	P	R	L	K	T	N	N	P	E	Q	L	E	K	V	L	R	Q	Q	I	K	N	V	G	D	R	P	L	L	W	S	T	L	G	Q	S	.	L	M	K	H	G	E	W	Q	E	A	S	L	A	F
Query Conservation																						.	.	.	.																																										.
Alig confidence																						.	.	.	.																																										.
Template Conservation
Template Sequence		M	K	Y	E	K	V	H	S	I	Y	N	R	L	L	A	I	E	D	I	D	P	T	L	V	Y	I	Q	Y	M	K	F	A	R	R	A	E	G	I	K	S	G	R	M	I	F	K	K	A	R	E	D	A	R	T	R	H	H	V	Y	V	T	A	A	L	M	E	Y	Y	C	S	K	D	K	S	V	A	F	K	I	F
Template Known Secondary structure		T															S	S	S	S																															T		T	T			T														T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
		352	.	.	.	.	.	.	.		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.
Query SS confidence										.
Query Sequence		R	A	A	L	K	Q	R	P	.	D	A	Y	D	Y	A	W	L	A	D	A	L	D	R	L	H	K	P	E	E	A	A	A	M	R	R	D	G	L	M	L	T	L	Q	N	N	P	P	Q
Query Conservation										.
Alig confidence										.
Template Conservation
Template Sequence		E	L	G	L	K	K	Y	G	D	I	P	E	Y	V	L	A	Y	I	D	Y	L	S	H	L	N	E	D	N	N	T	R	V	L	F	E	R	V	L	T	S	G	S	L	P	P	E	K	S
Template Known Secondary structure									T	T													T	T	T	T															S			S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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