Job Description P0ACB7 Confidence 99.97% Date Thu Jan 5 11:17:50 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 306 % Identity 10% Template c3fp4A_ PDB info PDB header:transport protein Chain: A: PDB Molecule:tpr repeat-containing protein yhr117w; PDBTitle: crystal structure of tom71 complexed with ssa1 c-terminal2 fragment Resolution 2.14 Å

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		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	R	R	R	A	R	K	Q	T	E	Q	A	L	L	K	L	A	E	G	D	Y	Q	Q	V	E	K	L	M	A	K	N	A	D	H	A	E	Q	P	V	V	N	Y	L	L	A	A	E	A	A	Q	Q	R	G	D	E	A	R	A	N	Q	H	L	E	R	A	A	E	L	A	G	N	D	T	I	P	V	E	I	T	R
Query Conservation
Alig confidence																																																																												.
Template Conservation																																																																												.
Template Sequence		R	Q	A	Y	A	V	Q	L	K	N	R	G	N	H	F	F	T	A	K	N	F	N	E	A	I	K	Y	Y	Q	Y	A	I	E	L	D	P	N	E	P	V	F	Y	S	N	I	S	A	C	Y	I	S	T	G	D	L	E	K	V	I	E	F	T	T	K	A	L	E	I	K	P	D	H	S	K	.	A	L	L	R	R
Template Known Secondary structure																			T	T														T	T		T	T														T	T	T																	T	T				.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.
Template SS confidence
		123	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.		.	.	.	200	.
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	R	L	Q	L	A	R	N	E	N	H	A	A	R	H	G	V	D	K	L	L	E	V	T	P	R	H	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	S	A	N	E	S	L	G	N	F	T	D	A	M	F	D	L	S	V	L	S	P	M	L	E	R	N	L	N	K	Q	A	M	K	V	L	N	E	N	L	V	L	P	S	N	T	S	L	A	S	F	F	G	I	F	D	S	H	L	E	V	S	S	V	N	T	S	S	N	Y	D	T	A	Y	A	L	L	S	D	A
Template Known Secondary structure								T	T																																													T	T	S								T	S					S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
																																																																													188	.	190	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	V	L	R	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	Q	R	L	Y	S	A	T	D	E	G	Y	L	V	A	N	D	L	L	T	K	S	T	D	M	Y	H	S	L	L	S	T	V	D	D	P	L	R	E	N	A	A	L	A	L	C	Y	T	G	I	F	H	F	L	K	N	N	L	L	D	A	Q	V	L	L	Q	E	S	I	N	L	H	P	T	P	N	S	Y	I	F
Template Known Secondary structure							T		S																																															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	Q	A	Y	I	R	T	G	A	W	S	S	L	L	D	I	I	P	S	M	A	K	A	H	V	G	D	E	E	H	R	A	M	L	E	Q	Q	A	W	I	G	L	M	D	Q	A	R	A	D	N	G	S	E	G	L	R	N	W	W	K	N	Q	S	R	K	T	R	H	Q	V	A	L	Q	V	A	M	A	E	H
Query Conservation
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	L	T	L	A	D	K	E	N	S	Q	E	F	F	K	F	F	Q	K	A	V	D	L	N	P	E	Y	P	P	T	Y	Y	H	R	.	.	.	.	.	.	.	.	G	Q	M	Y	F	I	L	Q	D	Y	K	N	A	K	E	D	F	Q	K	A	Q	S	L	N	P	E	N	V	Y	P	Y	I	Q	L	A	C	L
Template Known Secondary structure						T			T	T																	T	T									.	.	.	.	.	.	.	.							T	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.									.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.				.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.												.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	I	E	C	D	D	H	D	T	A	Q	Q	I	I	I	D	G	L	K	R	Q	Y	D	D	.	.	.	R	L	L	L	P	I	P	R	L	K	T	N	N	P	E	Q	L	E	K	V	L	R	Q	Q	I	K	N	V	G	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	L	W	S	T	L	G	Q	S	L
Query Conservation																										.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	Y	K	Q	G	K	F	T	E	S	E	A	F	F	N	E	T	K	L	K	F	P	T	L	P	E	V	P	T	F	F	A	E	I	L	T	D	R	G	D	F	D	T	A	I	K	Q	Y	D	I	A	K	R	L	E	E	V	Q	E	K	I	H	V	G	I	G	P	L	I	G	K	A	T	I	L	A	R	Q	S	S
Template Known Secondary structure					T	T																	T	T		T													T	T																				S	S		S	S	T	T														T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		456	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.		360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.
Query SS confidence																							.
Query Sequence		M	K	H	G	E	W	Q	E	A	S	L	A	F	R	A	A	L	K	Q	R	P	.	D	A	Y	D	Y	A	W	L	A	D	A	L	D	R	L	H	K	P	E	E	A	A	A	M	R	R	D	G	L	M	L	T	L	Q	N
Query Conservation																							.
Alig confidence																							.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	E	E	K	F	N	A	A	I	K	L	L	T	K	A	C	E	L	D	P	R	S	E	Q	A	K	I	G	L	A	Q	L	K	L	Q	M	E	K	I	D	E	A	I	E	L	F	E	D	S	A	I	L	A	R	T	M
Template Known Secondary structure																						T	T															T	T																		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		541	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.