Job Description P46890 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:04:38 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 437 % Identity 14% Template d1vr5a1 SCOP info Periplasmic binding protein-like II Periplasmic binding protein-like II Phosphate binding protein-like Resolution 1.73

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		121	.	.	.	.			.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.
Query SS confidence							.	.
Query Sequence		P	T	L	R	I	.	.	P	Y	Y	R	P	L	E	P	L	Q	P	G	F	L	P	G	R	A	E	Q	H	L	A	G	Q	I	F	S	G	L	T	R	F	D	N	N	T	Q	R	P	I	G	D	L	A	H	H	W	E	T	S	T	D	G	L	R	W	D	F	Y	L	R	S	T	L	H	W	H	N	G	D	A	V
Query Conservation							.	.
Alig confidence							.	.																				.																																			.
Template Conservation																												.																																			.
Template Sequence		K	T	L	Y	W	G	G	A	L	W	S	P	P	S	N	W	N	P	F	T	P	W	N	A	V	A	.	G	T	I	G	L	V	Y	E	P	L	F	L	Y	D	P	L	N	D	K	F	E	P	W	L	A	E	K	G	E	W	V	S	N	N	.	E	Y	V	L	T	L	R	K	G	L	R	W	Q	D	G	V	P	L
Template Known Secondary structure		G						S	S			S							T	T		T	T	T	S		T	.	T	T	B	T	T	T	B			S					T	T	T	T					S	S									T	T	.								S	S		B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure																												.																																			.
Template SS confidence
		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.		.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.		.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
		199	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.			.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure																			.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	A	S	H	L	H	Q	R	L	L	M	L	L	Q	L	P	A	.	.	L	D	Q	L	F	I	S	V	K	R	I	E	V	T	H	P	Q	C	L	T	F	F	L	H	R	P	D	Y	W	L	A	H	R	L	A	S	Y	C	S	H	L	A	H	P	Q	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.																																					.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.
Template Sequence		T	A	D	D	V	V	F	T	F	E	I	A	K	K	Y	T	G	I	S	Y	S	P	V	W	N	W	L	G	R	I	E	R	V	D	E	R	T	L	K	F	V	F	S	D	P	R	Y	Q	E	W	K	Q	X	L	I	.	N	T	P	I	V	P	K	H	I	W	E	N	K	T	E	E	E	V	L	Q	A	A	N	E
Template Known Secondary structure																	T	T	S	T	T	G	G	G	G	G	T									T	T							S	S												.											T	T												S
Template Predicted Secondary structure																																																									.
Template SS confidence
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.		.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
		262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.						.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	I	G	T	G	P	F	R	L	T	Q	F	T	A	E	L	V	R	L	E	S	H	D	Y	Y	H	L	R	H	.	.	.	.	.	P	L	L	K	A	V	E	Y	W	I	T	P	P	L	F	E	K	D	L	G	T	S	C	R	H	P	V	Q	I	T	I	G	K	P	E	E	L	Q	R	V	S	Q	V	S	S
Query Conservation																																.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	P	V	G	S	G	P	Y	Y	V	E	S	W	A	D	D	R	C	V	F	K	K	N	G	N	W	W	G	I	R	E	L	G	Y	D	P	K	P	E	R	I	V	E	L	R	V	L	S	N	N	V	A	V	G	X	L	X	K	G	E	L	D	W	S	N	F	F	L	P	G	V	P	V	L	K	K	A	Y	G	I
Template Known Secondary structure		S				S	S	S								T	T								T	T														S								S												T	S						S			T	T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
		337	.												.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	G	F	C	Y	L	T	L	R	K	S	P	R	L	S	L	W	Q	A	R	K	V	I	S	I	I	H	Q	S	G	L	L	Q	T	L	E	V	G	E	N	L	I	T	A	S	H	A	L	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	T	W	Y	E	N	A	P	Y	X	L	P	A	N	T	A	G	I	Y	I	N	V	N	K	Y	P	L	S	I	P	E	F	R	R	A	X	A	Y	A	I	N	P	E	K	I	V	T	R	A	Y	E	N	X	V	T	A	A	N	P	A	G	I	L	P	L	P	G	Y	X	K	Y	Y	P	K	E	V	V	D	K	Y
Template Known Secondary structure		B		S	S	S	S	T	T		S												T	T	S	T	T	T	T																					T	T	T	T	S	S					T	T				S	S					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
																					390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	T	I	P	H	W	Q	V	P	D	E	V	K	L	P	K	T	L	T	L	V	Y	H	L	P	I	E	L	H	T	M	A	E	R	L	Q	A	T	L	A	A	E	G	C	E	L	T	I	I	F	H	N	A	K	N	W	D	D	T	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	F	K	Y	D	P	E	X	A	K	K	I	L	D	E	L	G	F	K	D	V	N	K	D	G	F	R	E	D	P	N	G	K	P	F	K	L	T	I	E	C	P	Y	G	W	T	D	W	X	V	S	I	Q	S	I	A	E	D	L	V	K	V	G	I	N	V	E	P	K	Y	P	D	Y	S	K	Y	A	D	D	L
Template Known Secondary structure					S												T	T		B			S	S	S	S	S		B		T	T	S											T	T																	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
		451	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.		.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.							.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.													.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.													.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Q	A	H	A	D	L	M	M	G	D	R	L	I	G	E	.	A	P	E	Y	T	L	E	Q	W	L	R	C	.	.	.	.	.	.	D	P	L	W	P	H	V	F	D	A	P	A	Y	A	H	L	Q	S	T	L	D	A	V	Q	I	M	P	D	E	E	N	R	F	N	A	L	K	A	V	F	S	Q	L	M	T
Query Conservation																		.													.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.													.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	G	K	F	D	L	I	L	N	N	F	T	T	G	V	S	A	T	I	W	S	Y	F	N	G	V	F	Y	P	D	A	V	E	S	E	Y	S	Y	S	G	N	F	G	K	Y	A	N	P	E	V	E	T	L	L	D	E	L	N	R	S	N	D	D	A	K	I	K	E	V	V	A	K	L	S	E	I	L	L	K
Template Known Secondary structure				T			S						S	S		B			S												G	G	G	G	T	S	S	S		S	S	S		T	T																T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.
		524	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.								.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	T	L	T	P	L	F	N	Y	H	Y	R	I	S	A	P	P	G	V	.	.	.	.	.	.	.	N	G	V	R	L	T	P	R	G	W	F	E	F	T	E	A	W
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	P	F	I	P	L	W	Y	N	G	A	W	F	Q	A	S	E	A	V	W	T	N	W	P	T	E	K	N	P	Y	A	V	P	I	G	W	N	G	W	W	Q	L	T
Template Known Secondary structure				S																S	S						B	T	T	B		S	S					S	T	T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		503	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.