Job Description P46890 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:04:38 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 436 % Identity 14% Template c3ftoA_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: A: PDB Molecule:oligopeptide-binding protein oppa; PDBTitle: crystal structure of oppa in a open conformation Resolution 2.38 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.						150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.
Query Sequence		T	L	R	I	P	Y	Y	R	P	L	E	P	L	Q	P	G	F	L	P	G	R	A	E	Q	H	L	A	G	.	.	.	.	.	Q	I	F	S	G	L	T	R	F	D	N	N	T	Q	R	P	I	G	D	L	A	H	H	W	E	T	S	T	D	G	L	R	W	D	F	Y	L	R	S	T	L	H	W	H	N	G	D
Query Conservation																														.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.													.
Template Conservation																																															.
Template Sequence		N	L	K	V	A	Y	Q	S	D	S	P	X	K	A	Q	W	L	S	G	L	S	N	D	A	T	F	A	T	X	S	G	P	G	G	G	Q	D	G	L	F	F	T	D	S	G	.	F	K	F	I	K	G	G	A	A	D	V	A	L	D	K	E	S	K	T	A	T	I	T	L	R	K	D	L	K	W	S	D	G	S
Template Known Secondary structure										S	S							S	T	T	T										T	G	G	G	T	T	T	T	B						T	T	.	S	B			S		S	S							T	T	T	T								T	T		B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																															.
Template SS confidence
		34	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.		.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	230	.				.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Query Sequence		A	V	K	A	S	H	L	H	Q	R	L	L	M	L	L	Q	L	P	A	L	D	Q	L	F	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	K	R	I	E	V	T	H	P	.	.	.	Q	C	L	T	F	F	L	H	R	P	D	Y	W	L	A	H	R	L	A	S	Y	C	S	H
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	V	T	A	K	D	Y	E	F	T	Y	E	T	I	A	N	P	A	Y	G	S	D	R	W	T	D	S	L	A	N	I	V	G	L	S	D	Y	H	T	G	K	A	K	T	I	S	G	I	T	F	P	D	G	E	N	G	K	V	I	K	V	Q	F	K	E	X	K	P	G	X	T	Q	S	G	N	G	Y	F	L	E
Template Known Secondary structure		B																G	G	G			S				G	G	G	G	G	B	T	T						T	T	S		S	S		T	T				T	T		T	T	S	S						B	S	S			G	G	G	G	B	T	T		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		113	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
		256	.	.	.	260	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.		.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Query Sequence		L	A	H	P	Q	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	I	G	T	G	P	F	R	L	T	Q	F	T	A	E	.	L	V	R	L	E	S	H	D	Y	Y	H	L	R	H	P	L	L	K	A	V	E	Y	W	I	T	P	P	L	F	E	K	D	L	G	T	S	C	R	H
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.																												.
Template Conservation																																																																						.
Template Sequence		T	V	A	P	Y	Q	Y	L	K	D	V	A	P	K	D	L	A	S	S	P	K	T	T	T	K	P	L	V	T	G	P	F	K	P	E	N	V	V	A	G	E	S	I	K	Y	V	P	N	P	Y	Y	W	G	E	K	P	K	L	N	S	I	T	Y	E	V	V	S	T	.	A	K	S	V	A	A	L	S	S	S	K
Template Known Secondary structure		B								T	T	S		G	G	G	T	T	T	S	G	G	G	T	T	S					S	S								T	T	T								T	T		S	S				S		S										.									T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																						.
Template SS confidence
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260		.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.								.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.														.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	V	Q	I	T	I	G	K	P	E	E	L	Q	R	V	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	V	S	S	G	I	S	L	G	F	C	Y	L	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	K	S	P	R	L	S	L	W	Q	A	R	K	V	I	S	I	I	H	Q	S	G	L	L	Q	T	L	E	V
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	D	I	I	N	G	X	V	S	S	Q	Y	K	Q	V	K	N	L	K	G	Y	K	V	L	G	Q	Q	A	X	Y	I	S	L	X	Y	Y	N	L	G	H	Y	D	A	K	N	S	I	N	V	Q	D	R	K	T	P	L	Q	D	Q	N	V	R	Q	A	I	G	Y	A	R	N	V	A	E	V	D	N	K	F	S	N
Template Known Secondary structure			S							G	G	G						T		T	T									S														T	T	T	T									G	G	G	S																					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	N	L	I	T	A	S	H	A	L	L	P	G	W	T	I	P	H	W	Q	V	P	D	E	V	K	L	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	T	L	T	L	V	Y	H	L	P	I	E	L	H	T	M	A	E	R	L
Query Conservation																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.	.
Template Sequence		G	L	S	T	.	.	P	A	N	S	L	I	P	P	I	F	K	Q	F	T	S	S	S	V	K	G	Y	E	K	Q	D	L	D	K	A	N	K	L	L	D	E	D	G	W	K	L	N	K	S	T	G	Y	R	E	K	D	G	K	E	L	S	L	V	Y	A	A	R	V	G	D	A	N	A	E	T	I	A	Q	N	Y
Template Known Secondary structure		T	S			.	.			S	S	S	S		T	T	S	T	T	S			T	T				S	S	S												T	T	T					S	S	S	S	S				T	T										B	S		S	T	T
Template Predicted Secondary structure						.	.
Template SS confidence
		352	.	.	.			.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		426	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450								.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	A	T	L	A	A	E	G	C	E	L	T	I	I	F	H	N	A	K	N	W	D	D	T	T	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	A	H	A	D	L	M	M	G	D	R	L	I	G	E	A	P	E	Y	T	L	E	Q	W	L	R	C	D	P	L	W	P	H	V	F	D	A	P	A	Y	A	H	L	Q	S	T	L
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.
Template Sequence		I	Q	Q	W	K	K	I	G	V	K	V	S	L	Y	N	G	K	L	X	E	F	N	S	W	V	D	H	X	T	T	P	P	G	A	N	D	W	D	I	T	D	G	S	W	S	L	A	S	E	P	S	Q	Q	D	L	F	.	.	.	.	S	A	A	A	P	Y	N	F	G	H	F	N	D	S	E	I	T	K	D	L
Template Known Secondary structure								T	T						G	G	G	S		B											S	T	T			S	S		S										S	S								.	.	.	.	S	T	T		T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.
Template SS confidence
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.					.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
		499	500	.	.	.			.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.
Query SS confidence							.	.
Query Sequence		D	A	V	Q	I	.	.	M	P	D	E	E	N	R	F	N	A	L	K	A	V	F	S	Q	L	M	T	D	A	T	L	T	P	L	F	N	Y	H	Y	R	I	S	A	P	P	G	V	N	G	V	R	L	T	P	R	G	W	F	E	F	T	E	A	W	L	P	A	P	S
Query Conservation							.	.
Alig confidence							.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	D	I	D	S	A	K	S	E	N	P	T	Y	R	K	A	A	F	V	K	Y	Q	E	D	X	N	K	K	A	Y	V	I	P	T	N	F	X	L	N	Y	T	P	V	N	K	R	V	V	G	X	T	L	D	Y	G	A	X	N	T	W	S	E	I	G	V	S	S	A	K
Template Known Secondary structure					T	S	G	G	G	G	S																				S															T	T			S		B			T	T		S									S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		506	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.