Job Description P46890 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:04:38 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 436 % Identity 11% Template c2d5wA_ PDB info PDB header:peptide binding protein Chain: A: PDB Molecule:peptide abc transporter, peptide-binding protein; PDBTitle: the crystal structure of oligopeptide binding protein from thermus2 thermophilus hb8 complexed with pentapeptide Resolution 1.30 Å

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		121	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.					.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.														.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	T	L	R	I	P	Y	Y	R	P	L	E	P	L	Q	P	G	.	.	.	.	F	L	P	G	R	A	E	Q	H	L	A	G	Q	I	F	S	G	L	T	R	F	D	N	N	T	Q	R	P	I	G	D	L	A	H	H	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	T	S	T	D	G	L	R	W	D
Query Conservation																			.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.																									.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.
Template Sequence		N	S	L	V	I	G	A	S	Q	E	P	R	V	L	A	G	D	F	L	R	V	I	S	N	Q	A	I	K	S	E	I	E	Q	Y	L	F	A	P	F	I	G	F	N	A	D	.	S	Q	N	F	P	V	L	A	T	E	V	P	T	L	E	N	G	R	L	R	V	T	D	I	G	G	G	K	K	R	L	E	M	D
Template Known Secondary structure		T							S				S	S		S	S		T	T		S	S	B																S					T	T	.	S					S	S	B	S	S				T	T	T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure																																															.
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50		.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.			.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.
Predicted Secondary structure																																		.	.
Query SS confidence																																		.	.
Query Sequence		F	Y	L	R	S	T	L	H	W	H	N	G	D	A	V	K	A	S	H	L	H	Q	R	L	L	M	L	L	Q	L	P	A	.	.	L	D	Q	L	F	I	S	V	K	R	I	E	V	T	H	P	Q	C	L	T	F	F	L	H	R	P	D	Y	W	L	A	H	R	L	A	S	Y	C	S	H	L	A	H	P	Q	F
Query Conservation																																		.	.
Alig confidence																																		.	.																														.	.	.
Template Conservation																																																																	.	.	.
Template Sequence		I	T	I	R	P	D	A	K	W	S	D	G	R	P	I	T	T	E	D	V	A	F	Y	F	E	V	G	K	A	K	G	M	P	V	L	N	P	D	F	W	E	R	V	N	V	R	I	K	D	A	R	N	F	T	L	I	F	E	P	A	Y	Y	Y	.	.	.	D	T	Y	G	P	I	N	T	Y	A	P	K	H	I
Template Known Secondary structure				B		T	T		B		T	T	S		B															S	T	T				S														S	S	S							S	S			T	T	.	.	.	T	T		S		B
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.				.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
																																														262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.		.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.						.	290	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.												.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.												.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	I	G	T	G	P	F	R	L	T	Q	F	T	A	E	.	L	V	R	L	E	S	H	D	Y	Y	H	.	.	.	.	.	L	R	H
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.												.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.												.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	G	P	E	W	E	R	V	K	A	A	A	R	G	L	D	P	D	K	D	A	E	K	L	N	E	L	Y	R	N	F	F	L	K	F	A	T	P	Q	A	L	N	R	G	A	M	V	Y	S	G	P	F	K	L	K	R	W	V	P	G	N	S	I	E	M	E	R	N	P	N	F	P	I	K	P	E	G	G	E	S
Template Known Secondary structure														T	T			T	T	T	T														T	T	T	S						T	T						S	S								T	T	T								T	T						T	T		G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
		292	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.												.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.										350	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	L	K	A	V	E	Y	W	I	T	P	P	L	F	E	K	D	L	G	T	S	C	R	H	P	V	Q	I	T	I	G	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	E	L	Q	R	V	S	Q	V	S	S	G	I	S	L	G	F	C	Y	L	T	L	R	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	P
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	Y	V	Q	K	V	V	Y	R	F	I	Q	N	T	N	S	L	L	V	A	V	I	G	G	S	I	D	A	T	S	S	V	S	L	T	F	D	Q	G	R	S	P	Q	L	V	R	R	A	P	G	R	F	D	I	W	F	V	P	G	A	I	W	E	H	I	D	I	N	K	F	E	N	C	Q	V	V	K	D	L	G
Template Known Secondary structure		G	S		S								S	S											T			S				S	S	S							T						T	T		T	T	T																				T	T	S							T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.			.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	L	S	L	W	Q	A	R	K	V	I	S	I	I	H	Q	S	G	L	L	Q	T	L	E	V	G	E	N	L	I	T	A	S	H	.	.	A	L	L	P	G	W	T	I	P	H	W	Q	V	P	D	E	V	K	L	P	K	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																				.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																				.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	N	D	K	R	T	R	Q	A	I	L	H	A	L	N	R	E	G	L	V	K	A	F	F	D	G	L	Q	P	V	A	H	T	W	I	A	P	V	N	P	L	F	N	P	N	V	K	K	Y	E	F	D	L	K	K	A	E	A	L	L	A	E	M	G	W	R	K	G	P	D	G	I	L	Q	R	T	V	N	G	R
Template Known Secondary structure		T	T	S										T	S											T	T	S	S		B		S	S	S	S		T	T	S	T	T			T	T	S																	T	T					T	T	S							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
									409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450							.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	T	L	V	Y	H	L	P	I	E	L	H	T	M	A	E	R	L	Q	A	T	L	A	A	E	G	C	E	L	T	I	I	F	H	N	A	K	N	W	D	D	T	T	.	.	.	.	.	.	L	Q	A	H	A	D	L	M	M	G	D	R	L	I	G	E	A	P	E	Y	T	L	E	Q	W
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	V	R	F	E	I	E	Y	V	T	T	A	G	N	V	V	R	E	R	T	Q	Q	F	F	A	E	D	L	K	K	I	G	I	A	V	K	I	N	N	A	P	S	A	V	V	F	A	D	E	F	I	Q	R	A	S	E	C	K	W	T	G	M	F	E	F	A	W	V	S	N	L	Q	E	D	G	S	L	F	Q	Y
Template Known Secondary structure												B	T	T																		T	T								B						T	B					T		G	G	G	T	S	S		S										S					G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
		476	.	.	.	480	.	.	.	.												.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	R	C	D	P	L	W	P	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	F	D	A	P	A	Y	A	H	L	Q	S	T	L	D	A	V	Q	I	M	P	D	E	E	N	R	F	N	A	L	K	A	V	F	S	Q	L	M	T	D	A	T	L	T	P	L	F	N	Y	H	Y	R	I	S	A	P	P	G	V	N
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	N	L	N	T	G	A	I	M	V	P	T	K	E	N	N	Y	Q	G	Q	N	I	G	G	W	R	N	D	E	F	D	R	L	T	S	Q	A	V	L	E	F	D	P	E	R	R	K	Q	L	F	W	R	A	Q	E	I	W	A	E	E	L	P	A	L	P	L	Y	F	R	A	N	P	Y	V	V	R	K	G	L	V
Template Known Secondary structure		B		T	T	T			B		S		S	G	G	G	T	T		S	S		T	T															T	T			S																				S															T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.
		545	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	V	R	L	T	P	R	G	W	F	E	F	T	E	A	W
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	Y	V	A	S	A	Y	S	G	G	Y	G	Y	P	G	W
Template Known Secondary structure		S					S	S	T	T	T	T	T		S		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		562	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.