Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 38 Aligned Residues 424 % Identity 17% Template c3m07A_ PDB info PDB header:unknown function Chain: A: PDB Molecule:putative alpha amylase; PDBTitle: 1.4 angstrom resolution crystal structure of putative alpha2 amylase from salmonella typhimurium. Resolution 1.40 Å

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		26	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.			.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.
Query SS confidence																																																																						.	.
Query Sequence		V	T	R	L	E	S	A	K	R	L	I	T	Q	R	R	K	K	H	W	D	E	S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	N	D	L	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	Y	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	.	.	S	D	D	G	F	S	V	I	D	Y
Query Conservation																																																																						.	.
Alig confidence																					.																	.	.																															.	.
Template Conservation																					.																	.	.
Template Sequence		V	V	D	P	G	S	Y	T	W	R	N	T	G	W	K	G	S	R	W	.	E	Q	A	V	V	Y	E	M	H	T	G	T	F	T	P	E	.	.	G	T	F	R	A	A	I	A	K	L	P	Y	L	A	E	L	G	V	T	V	I	E	V	M	P	V	A	Q	F	G	G	E	R	G	W	G	Y	D	G	V	L	L
Template Known Secondary structure					T	T	S	S			S		T	T						G	.	G	G												S	S	S	.	.		S						T	T								T													S	S	S				S	T	T
Template Predicted Secondary structure																					.																	.	.
Template SS confidence
		92	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110		.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.			.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.
Query Sequence		H	Q	V	A	S	E	A	G	E	W	Q	D	I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	H	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P
Query Conservation																							.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	A	P	H	S	A	Y	G	T	P	D	D	F	K	A	F	I	D	A	A	H	G	Y	G	L	S	V	V	L	D	I	V	L	N	H	F	G	P	E	G	N	Y	L	P	L	.	.	.	.	.	.	.	L	A	P	A	F	F	H	K	E	R	M	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T	T																T	T										S				S	S	S						.	.	.	.	.	.	.			G	G	G								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.								.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.
Query SS confidence																																											.
Query Sequence		F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	C	Y	L	.	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E	P	G	T	S	C	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S
Query Conservation																																											.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	W	G	N	G	I	A	Y	D	V	D	A	V	R	R	Y	I	I	E	A	P	L	Y	W	L	T	E	Y	H	L	D	G	L	R	F	D	A	I	D	Q	I	E	D	S	S	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	V	L	V	E	I	A	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T						T	T	S																		T	T		S					T	T	G	G	G					S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		226	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.										.	.	.	.	.	.	.	280
		258	.	260	.	.	.	.	.			.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.		.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.												.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.																							.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.																							.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	I	D	N	V	A	P	G	.	.	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	.	D	E	A	H	M	V	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	N	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	L	C	A	W	A	Q	N	L	T	L
Query Conservation										.	.																							.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.																							.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	I	R	E	D	I	T	D	R	P	I	H	L	T	T	E	D	S	R	N	I	I	S	L	H	P	R	D	Q	D	G	N	A	P	L	F	T	A	E	W	N	D	D	F	H	N	A	V	H	V	F	A	T	G	E	T	Q	A	Y	Y	N	D	F	A	D	A	P	E	K	H	L	A	R	A	L	A	E	G	F	A
Template Known Secondary structure									S	S									S	S				T	T	S				T	T	S			S	S		S																				S	G	G	G	G	G	G		S													S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360
		324																			.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N	N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	Q	G	E	I	S	P	Q	T	G	E	P	R	G	V	K	S	T	G	Q	P	P	V	A	F	V	D	F	I	Q	N	H	D	Q	V	G	N	R	A	Q	G	D	R	L	I	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			S	S		B		T	T	T	S	S	B						T	T	S		G	G	G					S								T	S	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		361	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.																												.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	G	V	P	A	I	Y	I	Q	S	I	L	G	S	R	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	A	G	V	E	K
Query Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	G	A	E	R	T	K	V	L	L	A	T	L	L	L	S	P	H	I	P	L	L	F	M	G	E	E	Y	G	E	S	R	P	F	L	F	F	T	D	F	H	G	D	L	A	R	A	V	R	E	G	R	A	K	E	F	A	D	H	A	G	E	N	V	P	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	S	S	S						T	T	G	G	G	T			S																							T	T	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
															407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.
		439	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.					.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.
Query Sequence		L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	.	.	.	.	P	D	N	N	F	T	I	D	T	I	N	S	S	V	M	R	I	P	R	S	N	A	D	G	N	C	L
Query Conservation																																																			.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.																						.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.																																																			.
Template Sequence		P	N	A	P	E	T	F	Q	R	S	K	L	N	W	K	Q	Q	H	.	.	.	.	.	.	S	E	E	G	K	A	W	L	A	F	T	R	E	L	L	L	L	R	Q	K	H	I	V	P	L	L	S	A	A	R	E	S	S	G	T	V	L	Q	T	A	P	G	F	I	A	V	S	W	R	F	.	P	G	G	T	L
Template Known Secondary structure		T	T	S						T	T	S								.	.	.	.	.	.	S																					T					T	T			S										T	T									.	T	T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.																																																			.
Template SS confidence
		474	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.							.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.		.	.	.	.	.
		515	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I	T	N	L	H	G	R	D	L	I	S	E	V	D	I	L	G	N	E	I	T	L	R	P	W	Q	V	M	W	I
Query Conservation
Alig confidence																														.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.
Template Sequence		S	L	A	L	N	I	S	A	T	T	V	L	L	P	D	L	P	G	K	T	L	F	A	W	P	N	E	S	.	.	.	.	T	G	S	L	S	Q	H	S	L	I	V	R
Template Known Secondary structure								S	S	S									S							S				.	.	.	.	S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.
Template SS confidence
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.					.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.