Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 62 Aligned Residues 392 % Identity 16% Template c3dhuC_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: C: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: crystal structure of an alpha-amylase from lactobacillus2 plantarum Resolution 2.00 Å

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		45	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.								.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	E	S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	N	D	L	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	Y	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	S	.	.	.	.	.	.	.	D	D	G	F	S	V	I	D	Y	H	Q	V	A	S	E	A	G	E	W	Q	D	I	Q
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.																															.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.
Template Sequence		L	R	N	E	M	I	Y	S	V	F	V	R	N	Y	S	E	A	G	.	.	N	F	A	G	V	T	A	D	L	Q	R	I	K	D	L	G	T	D	I	L	W	L	L	P	I	N	P	I	G	E	V	N	R	K	G	T	L	G	S	P	Y	A	I	K	D	Y	R	G	I	N	P	E	Y	G	T	L	A	D	F	K
Template Known Secondary structure		G	G	G												S	S	S		.	.	S						T	T								T		S								S		B			T	T			T	T	T			T	T	S	B	S		T	T	S			G	G	G
Template Predicted Secondary structure																				.	.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.			.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
		118	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	H	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P	F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	T	T
Query Conservation									.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	L	T	D	R	A	H	E	L	G	M	K	V	M	L	D	I	V	Y	N	H	T	S	P	D	S	V	L	A	T	E	.	.	.	.	.	.	.	H	P	E	W	F	Y	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	D	G	Q	L	T	N	K	V	G
Template Known Secondary structure										T	T										S				T	T	S						.	.	.	.	.	.	.		G	G	G	B		B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S		B			S		T
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.								.	.	120	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	C	Y	L	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E	P	G	T	S	C	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	N	V	A	P	G	T	V	I	I	T	E	T
Query Conservation
Alig confidence																														.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	W	S	D	V	K	D	L	D	Y	G	H	H	E	L	W	Q	Y	Q	I	D	T	L	L	Y	W	S	Q	.	F	V	D	G	Y	R	C	D	V	A	P	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	D	F	W	L	E	A	R	K	Q	V	N	A	K	Y	P	E	T	L	W	L	A	E	S
Template Known Secondary structure		T		T	T				B		T	T		T														T	T	.	T		S					T	T	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	T
Template Predicted Secondary structure																														.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.		.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.														.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.									.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.			310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Query Sequence		N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	E	A	H	M	V	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	.	.	N	V	E	A	L	C	A	W	A	Q	N	L	T	L	P	S	S	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	S	G	F	I	E	E	L	R	S	Q	G	Y	T	G	L	S	D	S	E	L	Y	Q	A	F	D	M	T	Y	D	Y	D	V	F	G	D	F	K	D	Y	W	Q	G	R	S	T	V	E	R	Y	V	D	L	L	Q	R	Q	D	A	T	F	P	G	N	Y	V	K	M	R	F	L	E	N	H	D	N	A	R	M
Template Known Secondary structure													T	T										T	T	T		S				G	G	G	T									T	T	S	S																S		T	T							S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N	N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	G	V	P	A	I	Y
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	S	L	M	H	S	K	A	E	A	V	N	N	L	T	W	I	F	M	Q	R	G	I	P	L	I	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						S														S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																							282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	T	I	N	S	S	V	M
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.
Template Sequence		N	G	Q	E	F	L	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	Q	P	S	L	F	D	R	D	T	M	V	A	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	H	G	D	V	T	P	L	I	Q	K	L	V	T	I	K	Q	.	L	P	L	L	R	A	A	D	Y	Q	L	A	V	V	E	.	E	G	I	V
Template Known Secondary structure		T	T	G	G	G	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	S				S	S	S					T	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	.	S	G	G	G	G		S								G	.	G	G
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.																.
Template SS confidence
		309	310	.	.	.	.	.	.										.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330												.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.		.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.		.	.	.	.
		503	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530			.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.			.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.												.	.
Query SS confidence																														.	.												.	.
Query Sequence		R	I	P	R	S	N	A	D	G	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I	T	.	.	N	L	H	G	R	D	L	I	S	E	V	.	.	D	I	L	G	N	E	I	T	L	R	P	W	Q	V	M	W	I	K
Query Conservation																														.	.												.	.
Alig confidence								.																						.	.												.	.
Template Conservation								.
Template Sequence		K	I	T	Y	R	A	.	A	G	E	A	L	T	A	W	I	P	L	K	G	Q	V	T	A	V	A	T	K	L	A	A	G	S	Y	Q	N	L	L	T	D	G	P	T	E	V	V	D	G	K	L	T	V	D	G	Q	P	V	L	I	K	Y
Template Known Secondary structure								.	T	T									T	T												S						T	T	T	T							T	T						S	S
Template Predicted Secondary structure								.
Template SS confidence
		367	.	.	370	.	.		.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.