Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 80 Aligned Residues 435 % Identity 14% Template c3blpX_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: X: PDB Molecule:alpha-amylase 1; PDBTitle: role of aromatic residues in human salivary alpha-amylase Resolution 1.60 Å

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		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.		.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.									.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	N	D	L	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	Y	.	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	F	S	V	I	D	Y	H	Q	V	A	S	E	A	G	E	W	Q	D	I	Q
Query Conservation																													.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.										.																							.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.
Template Sequence		R	T	S	I	V	H	L	F	E	W	.	.	.	.	.	.	.	.	R	W	V	D	I	A	L	E	C	E	R	Y	L	A	P	K	G	F	G	G	V	Q	V	S	P	P	N	E	N	V	A	I	H	N	P	F	R	P	W	W	E	R	Y	Q	P	V	S	Y	.	K	L	C	T	R	S	G	N	E	D	E	F	R
Template Known Secondary structure									T	T		.	.	.	.	.	.	.	.												T	T	T	T	T	T										S		B	B			T	T	T	T	S		G	G	G	G	G	S	B	S		S	.		S		B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.									20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.		.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		118	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	H	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P	F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	T	T
Query Conservation									.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	M	V	T	R	C	N	N	V	G	V	R	I	Y	V	D	A	V	I	N	H	M	C	G	N	A	V	S	A	G	T	S	S	T	C	G	S	Y	F	N	P	G	S	R	D	F	P	A	V	P	Y	S	G	W	D	F	N	D	G	K	C	K	T	G	S	G	D	I	E	N	Y	N	D	A	T	Q	V	R	D	C
Template Known Secondary structure										T	T										S					T	T	S		S	B	S		B	T	T				B	B	G	G	G	T	B	B	T	T	T	T	B		G	G	G	B	S	T	T	T			S	S	S	S	B				T	T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
		193	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.								.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	C	Y	L	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E	P	G	T	S	C	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	N	V	A	P	.	.	.	.	.	.	.	G
Query Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	L	S	G	L	L	D	L	A	L	G	K	D	Y	V	R	S	K	I	A	E	Y	M	N	H	L	I	D	I	G	V	A	G	F	R	I	D	A	S	K	H	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	P	G	D	I	K	A	I	L	D	K	L	H	N	L	N	S	N	W	F	P	E	G	S	K
Template Known Secondary structure		B	B	T	T				B		T	T	S																		T							T	T	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										T	T						T	T	T	S		T	T
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.														.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.			.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.
Query SS confidence																																																							.	.
Query Sequence		T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	A	H	M	V	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	N	V	E	A	L	C	A	W	A	.	.	Q	N	L	T	L	P	S	S	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N
Query Conservation																																																							.	.
Alig confidence																								.	.																														.	.
Template Conservation																								.	.
Template Sequence		P	F	I	Y	Q	E	V	I	D	L	G	G	E	P	I	K	S	S	D	Y	F	G	.	.	N	G	R	V	T	E	F	K	Y	G	A	K	L	G	T	V	I	R	K	W	N	G	E	K	M	S	Y	L	K	N	W	G	E	G	W	G	F	M	P	S	D	R	A	L	V	F	V	D	N	H	D	N	Q	R	G	H
Template Known Secondary structure												S	S	S	S			G	G	G	G	T	T	.	.	T	S																	T		T	T			G	G	G	G	G	G	T	T	G	G	G	T				T	T	T					S			T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.
Template SS confidence
		228	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.			250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.		.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.
Query SS confidence																																																																											.
Query Sequence		P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N	N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	.	G	V	P	A	I	Y
Query Conservation																																																																											.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	A	G	G	A	S	I	L	T	F	W	D	A	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Y	K	M	A	V	G	F	M	L	A	H	P	Y	G	F	T	R	V	M
Template Known Secondary structure		T	T			T	T				G	G	G			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												S		S	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		306	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.		.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.
Predicted Secondary structure																																													.
Query SS confidence																																													.
Query Sequence		I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	.	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	T	I	N	S	S	V
Query Conservation																																													.
Alig confidence																																													.																													.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.
Template Sequence		S	S	Y	R	W	P	R	Y	F	E	N	G	K	D	V	N	D	W	V	G	P	P	N	D	N	G	V	T	K	E	V	T	I	N	P	D	T	T	C	G	N	D	W	V	C	E	H	R	A	R	Q	I	R	N	M	V	N	F	R	N	V	V	D	G	Q	P	F	T	N	W	Y	D	.	.	.	N	G	S	N	Q
Template Known Secondary structure				B								T	T			T	T	T	T			S	S			T	T							B		T	T	S		B		T	T	B			G	G	G	S													T	T	T									.	.	.		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.
Template SS confidence
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.				.	.	.	.	.
		502	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.					.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.					.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.																.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.																.	.	.	.
Query Sequence		M	R	I	P	R	S	N	A	D	G	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	.	.	.	.	I	T	N	L	H	G	R	D	L	I	S	E	V	D	I	.	.	.	.	L	G	N	E	I	T	L	R	P	W	Q	V	M	W	I
Query Conservation																													.	.	.	.																.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.																			.	.	.	.																.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.
Template Sequence		V	A	F	G	R	.	.	.	.	G	N	R	G	F	I	V	F	N	N	D	D	W	T	F	S	L	T	L	Q	T	G	L	P	A	G	T	Y	C	D	V	I	S	G	D	K	I	N	G	N	C	T	G	I	K	I	Y	V	S	D	D	G	K	A	H	F
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	T	T	T								S	S	S												S						T	T	T					T	T			S	S							T	T	S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.
Template SS confidence
		417	.	.	420	.					.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.