Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 87 Aligned Residues 382 % Identity 19% Template c3bc9A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase, catalytic region; PDBTitle: alpha-amylase b in complex with acarbose Resolution 1.35 Å

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		42	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.									.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.				.	.	.	.	.	100	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.											.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.											.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	H	W	D	E	S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	.	.	.	.	.	.	.	.	H	S	N	D	L	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	Y	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	S	.	.	.	D	D	G	F	S	V	I	D	Y	H	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.											.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.											.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	D	Q	E	V	N	H	T	I	L	Q	A	F	Y	W	E	M	N	T	G	E	Y	A	T	E	H	P	E	E	A	N	L	W	N	L	L	A	E	R	A	P	E	L	A	E	A	G	F	T	A	V	W	L	P	P	A	N	K	G	M	A	G	I	H	D	V	G	Y	G	T	Y	D	L	W	D	L	G	E	F	D
Template Known Secondary structure			G	G	G											T	T	T	T	S								G	G	G	G	G																T										S			T	T	G	G	G			S		S				T	T		S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		117	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
					105	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.			.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.		.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.						.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																					.	.	.	.	.												.	.													.												.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																					.	.	.	.	.												.	.													.												.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	Q	V	A	S	E	A	G	E	W	Q	D	I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	.	.	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	.	H	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	.	.	.	.	.	D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T
Query Conservation		.	.	.																					.	.	.	.	.												.	.													.												.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																					.	.	.	.	.												.	.													.												.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	K	G	T	V	R	T	K	Y	G	T	K	G	E	L	E	N	A	I	D	A	L	H	N	N	D	I	K	V	Y	F	D	A	V	L	N	H	R	M	G	A	D	Y	A	E	T	V	L	L	D	E	N	S	R	D	K	P	G	Q	Y	I	K	A	W	T	G	F	N	F	P	G	R	N	G	E	Y	S	N	F	T
Template Known Secondary structure		B	T	T	B	S	S	B	T	T	B															T	T										S				S		S							B		T	T		S	S	S	T	T									B			T	T	T	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190													.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Query Sequence		R	P	R	A	L	P	L	L	T	P	F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	C	Y	L	.	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.																.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		W	N	G	Q	C	F	D	G	T	D	W	D	D	Y	S	K	E	S	G	K	Y	L	F	D	E	K	S	W	D	W	T	Y	N	W	D	E	D	Y	L	M	G	A	D	V	D	Y	E	N	E	A	V	Q	N	D	V	I	D	W	G	Q	W	I	I	N	N	I	D	F	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	.
Template Known Secondary structure		B		G	G	G								T	T	T	T							B	T	T							S	S	T	T		S			S	S					T	T																		T	T								T	T	G	G	G	S	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260		.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.		290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.																														.
Query SS confidence																											.																														.
Query Sequence		K	E	P	G	T	S	C	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	.	N	V	A	P	G	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	.	A	H	M	V	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	N	V	E	A
Query Conservation																											.																														.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.																														.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	R	F	I	D	K	W	M	S	A	V	Q	N	S	S	N	R	D	V	F	F	V	G	E	A	W	V	E	D	V	D	D	L	K	G	F	L	D	T	V	G	N	P	D	L	R	V	F	D	F	P	L	R	S	F	F	V	D	M	L	N	G	A	Y	M	A	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T		S	S												S														T	T																T	T				G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														356	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	C	A	W	A	Q	N	L	T	L	P	S	S	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N	N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R
Query Conservation
Alig confidence					.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	N	.	A	G	L	V	N	S	P	G	Y	E	N	R	A	V	T	F	V	D	N	H	D	T	D	R	D	E	G	S	Y	T	V	S	I	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	S	.		S	G	G	G	S	T	T	T	G	G	G					S			T	T	T	S		S	S	S		S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure					.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		424	.	.		.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460
		394	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.		.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.
Predicted Secondary structure																									.
Query SS confidence																									.
Query Sequence		R	E	S	S	D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	.	G	V	P	A	I	Y	I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E
Query Conservation																									.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.															.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	R	K	Y	Q	A	Y	A	Y	I	L	T	R	A	E	G	V	P	T	V	Y	W	K	D	Y	Y	I	W	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	K	E	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S												S	S	S											T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											461	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							490	.	.	.
		473	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510				.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.	.	.
Query SS confidence																																								.	.	.
Query Sequence		L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	T	I	N	S	S	V	M	R	I	P	R	S	N	A	D	.	.	.	G	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I
Query Conservation																																								.	.	.
Alig confidence												.	.	.																										.	.	.
Template Conservation												.	.	.
Template Sequence		L	D	K	L	L	T	A	R	R	Y	.	.	.	Y	A	Y	G	P	G	Y	E	V	D	N	N	D	A	D	I	Y	S	Y	V	R	S	G	F	P	D	V	A	G	D	G	L	V	L	M	I	S	D	G	T	S	G	N	V	A	G	K
Template Known Secondary structure												.	.	.	T			S						S				S	S										T	T	S	T	T												S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.
Template SS confidence
		494	.	.	.	.	.	500	.	.	.				.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550