Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 42 Aligned Residues 461 % Identity 14% Template c3amkA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:os06g0726400 protein; PDBTitle: structure of the starch branching enzyme i (bei) from oryza sativa l Resolution 1.90 Å

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		28	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60		.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.		.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.			.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.													.																						.	.
Query SS confidence																																			.													.																						.	.
Query Sequence		R	L	E	S	A	K	R	L	I	T	Q	R	R	K	K	H	W	D	E	S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	.	N	D	L	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	.	Y	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	.	.	S	D	D	G	F	S	V	I	D	Y
Query Conservation																																			.													.																						.	.
Alig confidence																																			.													.																						.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	P	P	A	C	E	R	Y	V	F	K	H	P	R	P	P	K	P	D	A	P	R	I	Y	E	A	H	V	G	M	S	G	E	E	P	E	V	S	T	Y	R	E	F	A	D	N	V	L	P	R	I	R	A	N	N	Y	N	T	V	Q	L	M	A	I	M	E	H	S	Y	Y	A	S	F	G	Y	H	V	T	N	F
Template Known Secondary structure					G	G	G	S					S							S	S								S	T	T		S	S	S	S	S											T							T	T								S					S		G	G	G	T	T		S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.
Query Sequence		H	Q	V	A	S	E	A	G	E	W	Q	D	I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	H	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P
Query Conservation																							.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	A	V	S	S	R	S	G	T	P	E	D	L	K	Y	L	V	D	K	A	H	S	L	G	L	R	V	L	M	D	V	V	H	S	H	A	S	N	N	V	T	D	G	L	N	G	Y	D	V	G	Q	N	T	H	E	S	Y	F	H	T	G	D	R	G	Y	H	K	L	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						G	G	G																T	T										S						T	T	T	S	G	G	G	G		S	S			G	G	G	S	S	B			G	G	G	G			T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.														.
Predicted Secondary structure																																											.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	C	Y	L	.	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E	P	G	T	S	C	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H
Query Conservation																																											.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	S	R	L	F	N	Y	A	N	W	E	V	L	R	F	L	L	S	N	L	R	Y	W	M	D	E	F	M	F	D	G	F	R	F	D	G	V	T	S	M	L	Y	H	H	H	G	I	N	K	G	F	T	G	N	Y	K	E	Y	F	S	L	D	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T				B		T	T	S																					S					T	T						B	T	T	T	T	T	T					S						S	S	T	T	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.			310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.
Query SS confidence																																																																			.	.
Query Sequence		L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	N	V	A	P	G	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	A	H	M	V	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	.	.	N	V	E	A	L	C	A	W	A	Q	N	L	T
Query Conservation																																																																			.	.
Alig confidence																																																																			.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	V	D	A	I	V	Y	M	M	L	A	N	H	L	M	H	K	L	L	P	E	A	T	I	V	A	E	D	V	S	G	M	P	V	L	C	R	P	V	D	E	G	G	V	G	F	D	F	R	L	A	M	A	I	P	D	R	W	I	D	Y	L	K	N	K	E	D	R	K	W	S	M	S	E	I	V	Q	T	L	T
Template Known Secondary structure																					T	T								S	S			T	T	T	T	S		G	G	G	T	S				S					T	T														G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
		323	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	P	S	S	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N	N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C
Query Conservation
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	R	R	Y	T	E	K	C	I	A	Y	A	E	S	H	D	D	K	T	I	A	F	L	L	M	D	K	E	M	Y	T	G	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	L	Q	P	A	S	P	T	I	N	R	G	I
Template Known Secondary structure			S		T	T	S				B		S														G	G	G					T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		403	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.		420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
Predicted Secondary structure																			.
Query SS confidence																			.
Query Sequence		A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	G	V	P	.	A	I	Y	I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R
Query Conservation																			.
Alig confidence																			.											.																											.	.	.	.
Template Conservation																														.																											.	.	.	.
Template Sequence		A	L	Q	K	M	I	H	F	I	T	M	A	L	G	G	D	G	Y	L	N	F	M	G	N	E	F	G	H	.	P	E	W	I	D	F	P	R	E	G	N	N	W	S	Y	D	K	C	R	R	Q	W	S	L	V	D	.	.	.	.	T	D	H	L	R	Y	K	Y	M	N	A	F	D	Q	A	M	N	A	L	E	E
Template Known Secondary structure																	S	S					T	T	G	G	G	T		.		S							G	G	G	T	S			T	T	S	S								.	.	.	.		T	T	B	S
Template Predicted Secondary structure																														.																											.	.	.	.
Template SS confidence
		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.		.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.					.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500		.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530						.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.																															.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.																															.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	T	I	N	S	S	.	V	M	R	I	P	R	S	N	A	D	G	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I	T	.	.	.	.	.	N	L	H	G	R	D	L	I	S	E	V	D	I	L	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																					.																															.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.							.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.
Template Sequence		E	F	S	F	L	S	S	S	K	Q	I	V	S	D	M	N	E	K	D	K	V	I	V	F	E	R	.	.	.	.	.	G	D	L	V	F	V	F	N	F	H	P	N	K	T	Y	K	G	Y	K	V	G	C	D	L	P	G	K	Y	R	V	A	L	D	S	D	A	L	V	F	G	G	H	G	R	V	G	H	D	V
Template Known Secondary structure					G	G	G											T	T	T	T							.	.	.	.	.	T	T									S	S											S	S		S								T	T	S	G	G	G	T					S		S	S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.
Template SS confidence
		580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.						.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.
																	547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	T	L	R	P	W	Q	V	M	W	I	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	H	F	T	S	P	E	G	M	N	R	P	N	S	F	K	V	L	S	P	P	R	T	C	V	A	Y	Y
Template Known Secondary structure													S									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		655	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.