Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 21 Aligned Residues 435 % Identity 18% Template c2ya1A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative alkaline amylopullulanase; PDBTitle: product complex of a multi-modular glycogen-degrading2 pneumococcal virulence factor spua Resolution 2.25 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		38	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.										.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	R	R	K	K	H	W	D	E	S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	N	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	Y	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	I	H	N	F	K	T	R	E	D	A	V	I	Y	E	A	H	V	R	D	F	T	S	D	P	A	I	A	K	D	L	T	K	P	F	G	T	F	E	A	F	I	E	K	L	D	Y	L	K	D	L	G	V	T	H	I	Q	L	L	P	V	L	S	Y	Y	F	V	N	E	L	K	N	H	E	R	L	S	D	Y	A
Template Known Secondary structure				T	T		S	S	G	G	G															G	G	G	T	T	T		S	S		T	T	S						T	T								T		S					S			B		B	S	S		B	G	G	G	T	T	S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		578	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.
								95	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.									.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	D	D	G	F	S	V	I	D	Y	H	Q	V	A	S	E	A	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	W	Q	D	I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	H	P	G	F	E	D	F	F
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	S	N	S	N	Y	N	W	G	Y	D	P	Q	N	Y	F	S	L	T	G	M	Y	S	S	D	P	K	N	P	E	K	R	I	A	E	F	K	N	L	I	N	E	I	H	K	R	G	M	G	A	I	L	D	V	V	Y	N	H	T	A	K	V	D	L	F	E	D	L	.	.	.	.	.	.	.	E	P	N	Y	Y
Template Known Secondary structure		S	S	S		S				S		S	B	S		S	S	S	B		S	T	T		S		T	T		T	T															T	T	T									T	T			S							T	T	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		658	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.								.	.	.	.	730
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.
Query SS confidence																																																																		.
Query Sequence		I	A	V	D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P	F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	C	Y	L	.	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M
Query Conservation																																																																		.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	F	M	D	A	D	G	T	P	R	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	F	G	G	G	R	L	G	T	T	H	H	M	T	K	R	L	L	I	D	S	I	K	Y	L	V	D	T	Y	K	V	D	G	F	R	F	D	M	M	G	D	H
Template Known Secondary structure		B		B		T	T			B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T				B		T	T	S																										T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		731	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.								.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.																.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.																.
Query Sequence		W	K	E	P	G	T	S	C	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	N	V	A	P	G	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	A	H	.	.	.	.	.	.	.	M	V	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	.
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.																.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	A	S	I	E	E	A	Y	K	A	A	R	A	L	N	P	N	L	I	M	L	G	E	G	W	R	T	Y	A	G	D	E	N	M	P	T	K	A	A	D	Q	D	W	M	K	H	T	D	T	V	A	V	F	S	D	D	I	R	N	N	L	K	S	G	Y	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B																T	T									S					S	T	T					B	S	S	G	G	G	G	G	G		S	S	S												S			T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
															784	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850
									307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.							.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	Q	K	Q	N	V	E	A	L	C	A	W	A	Q	N	L	T	L	P	S	S	.	.	.	.	.	.	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	E	G	Q	P	A	F	I	T	G	G	K	R	D	V	N	T	I	F	K	N	L	I	A	Q	P	T	N	F	E	A	D	S	P	G	D	V	I	Q	Y	I	A	A	H	D	N	L	T	L	F	D	I	I	A	Q	S	I	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	T	T				T	T	T	T													T	T			S	S	S			S	S	G	G	G					S			S	S	S	S											T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		851	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	G	V	P	A	I	Y	I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	P	S	K	A	E	N	Y	A	E	I	H	R	R	L	R	L	G	N	L	M	V	L	T	A	Q	G	T	P	F	I	H	S	G	Q	E	Y	G	R	T	K	Q	F	R	N	P	A	Y	R	T	P	V	A	E	D	K	V	P	N	K	S	H	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	S																				T	S	S	S						T	T	T	T	T	T				B				G	G	G	S	S				T	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																		909	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.
																	438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.																																						.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.
Template Sequence		L	R	D	K	D	G	N	P	F	D	Y	P	Y	F	I	H	D	S	Y	D	S	S	D	A	V	N	K	F	D	W	T	K	A	.	.	T	D	G	K	A	Y	P	E	N	V	K	S	R	D	Y	M	K	G	L	I	A	L	R	Q	S	T	D	A	F	R	L	K	S	L	Q	D	I	K	D	R	V	H	L	I	T
Template Known Secondary structure					T	T	S										S			T	T														.	.			T	T	T																						G	G	G	S		S												S	S
Template Predicted Secondary structure																																			.	.
Template SS confidence
		973	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.			.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050
								495	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	D	T	I	N	S	S	V	M	R	I	P	R	S	N	A	D	G	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I	T	N	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	H	G	R	D	L	I	S	E	V	D	I	L	G	N	E	I	T	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	P	G	Q	N	G	V	E	K	E	D	V	V	I	G	Y	Q	I	T	A	P	N	G	D	I	Y	A	V	F	V	N	A	D	E	K	A	R	E	F	N	L	G	T	A	F	A	H	L	R	N	A	E	V	L	A	D	E	N	Q	A	G	P	V	G	I	A	N	P	K	G	L	E	W	T	E	K	G	L	K	L
Template Known Secondary structure			T	T	S	T	T			S			S									T	T	S										S	S	S							T	T	T	T	G	G	G	G	G							S	S		B		S	S			S	S		S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1051	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130
		551	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	P	W	Q	V	M	W	I	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	A	L	T	A	T	V	L	R
Template Known Secondary structure			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1131	.	.	.	.	.	.	.	.