Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 53 Aligned Residues 500 % Identity 16% Template c2x4bA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:limit dextrinase; PDBTitle: barley limit dextrinase in complex with beta-cyclodextrin Resolution 2.10 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.									.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.								.	.	.	.	.	.	70	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.										.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.										.
Query Sequence		L	D	E	I	Y	G	G	T	F	T	A	T	H	L	Q	K	L	V	T	R	L	E	S	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	R	L	I	T	Q	R	R	K	K	H	W	D	E	S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	N	D	L	.	.	.	.	.	.	.	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	.
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.										.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.														.																			.	.	.	.	.	.	.										.
Template Conservation																																														.
Template Sequence		A	G	D	P	Y	A	R	S	L	S	A	N	G	A	R	T	W	L	V	D	I	N	N	E	T	L	K	P	A	S	W	D	E	L	A	D	E	K	P	K	L	D	S	F	.	S	D	I	T	I	Y	E	L	H	I	R	D	F	S	A	H	D	G	T	V	D	S	D	S	R	G	G	F	R	A	F	A	Y	Q	A
Template Known Secondary structure					T	T		S		B	S	G	G	G	S	S						T	T		G	G	G	S		T	T	G	G	G					S				S		G	.	G	G														T		T	T	S		T	T	T	T	T	S	G	G	G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure																																														.
Template SS confidence
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.		.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
								73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.																																								.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	Y	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	G	F	S	V	I	D	Y	H	Q	V	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	A	G	M	E	H	L	R	K	L	S	D	A	G	L	T	H	V	H	L	L	P	S	F	H	F	A	G	V	D	D	I	K	S	N	W	K	F	V	D	E	C	E	L	A	T	F	P	P	G	S	D	M	Q	Q	A	A	V	V	A	I	Q	E	E	D	P	Y	N	W	G	Y	N	P	V	L	W	G	V	P	K
Template Known Secondary structure		S													T													S	S	S		S		G	G	G										T	T	S		T	T		S										T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
		108	.	110	.	.								.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Query Sequence		S	E	A	G	E	.	.	.	.	.	.	.	W	Q	D	I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	H	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																												.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	S	Y	A	S	D	P	D	G	P	S	R	I	I	E	Y	R	Q	M	V	Q	A	L	N	R	I	G	L	R	V	V	M	D	V	V	Y	N	H	L	D	S	S	G	P	C	G	I	S	S	V	L	D	K	I	V	P	.	G	Y	Y	V	R	R	D	T	N	G	Q	I	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	G	S	S		S	S	S	T																T	T										S	B		S			S	S		S	T	T							S	T	.	T	T	S	B		B		T	T	S		B			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																										.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.		.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
		176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.
Query SS confidence																																														.
Query Sequence		L	T	P	F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	C	Y	L	.	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E	P	G	T	S	C	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L
Query Conservation																																														.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	A	M	N	N	T	A	S	E	H	F	M	V	D	R	L	I	V	D	D	L	L	N	W	A	V	N	Y	K	V	D	G	F	R	F	D	L	M	G	H	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	K	R	T	M	M	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S	S	B	B		T	T	S																		S								T	T	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																				437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.														.	480	.	.	.	.	.
		255	.	.	.	.	260	.	.	.	.									.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.							.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	R	S	I	I	D	N	V	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	A	H	M	V	.	.	.	.	.	.	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	S	A	L	Q	S	L	T	T	D	A	H	G	V	D	G	S	K	I	Y	L	Y	G	E	G	W	D	F	A	E	V	A	R	N	Q	R	G	I	N	G	S	Q	L	N	M	S	G	T	G	I	G	S	F	N	D	R	I	R	D	A	I	N	G	G	N	P	F	G	N	P	L	Q	Q	G	F	N	T	G	L
Template Known Secondary structure								T							S	S		G	G	G											G	G	G	G	G	G	T	T	S	S	B			T	T	T	T	T	T	T	T															S		T	T	S		T	T				T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		486	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.
																	311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	E	A	L	C	A	W	A	Q	N	L	T	L	P	S	S	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N	N	P	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.
Template Sequence		F	L	E	P	N	G	F	Y	Q	G	N	E	A	D	T	R	R	S	L	A	T	Y	A	D	Q	I	Q	I	G	L	A	G	N	L	R	D	Y	V	L	I	S	H	T	.	.	.	G	E	A	K	K	G	S	E	I	H	T	F	D	G	L	P	V	G	Y	T	A	S	P	I	E	T	I	N	Y	V	S	A	H	D
Template Known Secondary structure		T	T	S			S	S																								B	T		B	S	S						T	T	.	.	.	S					T	T	T	S	B		T	T	S		B	S			B	S	S	G	G	G					S			S	S
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.
Template SS confidence
		566	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.				.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								430	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	G	V	P	A	I	Y	I	Q	S	I	L	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	N	D
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.
Template Sequence		N	E	T	L	F	D	V	I	.	.	.	.	.	S	V	K	T	P	M	I	L	S	V	D	E	R	C	R	I	N	H	L	A	S	S	M	M	A	L	S	Q	G	I	P	F	F	H	A	G	D	E	I	L	R	S	K	S	I	D	R	D	S	Y	N	S	G	D	W	F	N	K	L	D	F	T	Y	E	T	N	N
Template Known Secondary structure		S								.	.	.	.	.				S		T	T	S																		T	S	B	S						T	T	G	G	G	T				T	T		S		G	G	G	S									T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		643	.	.	.	.	.	.	650						.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.											.	.	.	.	500	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	I	N	S	S	V	M
Query Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	G	V	G	L	P	P	S	E	K	N	E	D	N	W	P	L	M	K	P	R	L	E	N	P	S	F	K	P	A	K	G	H	I	L	A	A	L	D	S	F	V	D	I	L	K	I	R	Y	S	S	P	L	F	R	L	S	T	A	N	D	I	K	Q	R	V	R	F	H	N	T	G	P	S	L	V	P	G	V	I
Template Known Secondary structure			S	S									G	G	G											G	G	G	S																					T	T		G	G	G	G			S												S		S	T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		718	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.
		503	.	.	.	.	.	.	510	.													.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.																.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	I	P	R	S	N	A	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I	T	N	L	H	G	R	D	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	V	D	I	L	G	N	E	I	T	L	R	P	W	Q	V
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	M	G	I	E	D	A	R	G	E	S	P	E	M	A	Q	L	D	T	N	F	S	Y	V	V	T	V	F	N	V	C	P	H	E	V	S	M	D	I	P	A	L	A	S	M	G	F	E	L	H	P	V	Q	V	N	S	S	D	T	L	V	R	K	S	A	Y	E	A	A	T	G	R	F	T	V	P	G	R	T	V
Template Known Secondary structure										S	S	S		S	S					S	S											S	S	S							G	G	G		S	S										T		S		T	T	G	G	G					T	T	T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		798	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.
		556	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	W	I
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		S	V	F
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		878	.	880