Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 29 Aligned Residues 454 % Identity 14% Template c2vncB_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: B: PDB Molecule:glycogen operon protein glgx; PDBTitle: crystal structure of glycogen debranching enzyme trex from2 sulfolobus solfataricus Resolution 3.0 Å

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		39	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.								.	.	.	.	.	.	70			.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.												.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.								.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.								.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	R	K	K	H	W	D	E	S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	N	D	L	.	.	.	.	.	.	.	K	P	L	P	T	F	N	.	.	Q	F	Y	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	F
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.								.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.								.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	K	K	V	P	L	K	D	T	V	I	Y	E	V	H	V	K	G	F	T	K	L	R	L	D	L	P	E	N	I	R	G	T	Y	E	G	L	A	S	E	Q	M	I	S	Y	L	K	D	L	G	I	T	T	V	E	L	M	P	V	F	H	F	I	D	Q	R	F	L	T	D	K	G	L	T	N	Y	W	G	Y
Template Known Secondary structure		S	S					T	T	T													S	S			S	S		T	T	T	T	T	S					T	S	S										T										B		B								T	T	S					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.								.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Query Sequence		S	V	I	D	Y	H	Q	V	A	S	E	A	G	E	.	.	.	.	.	.	.	W	Q	D	I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	H	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	D	P	Q	T	D	L	S	A
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Template Sequence		D	P	I	N	F	F	S	P	E	C	R	Y	S	S	T	G	C	L	G	G	Q	V	L	S	F	K	K	M	V	N	E	L	H	N	A	G	I	E	V	I	I	D	V	V	Y	N	H	T	A	E	G	N	H	L	G	P	T	L	S	F	R	G	I	D	N	T	A	Y	Y	M	L	Q	P	D	N	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			B	S		S	S	S	B		G	G	G		T	T		S	S	S																	T										S			T	T		S	S	S		B		S	S						S	T	T	T	B				T	T		.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.
Query SS confidence																																																							.
Query Sequence		V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P	F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	C	Y	L	.	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E	P	G	T	S	C	I	H	L
Query Conservation																																																							.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.																				.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	R	Y	Y	L	D	F	T	G	T	G	N	T	L	N	L	S	H	P	R	V	I	Q	M	V	L	D	S	L	R	Y	W	V	T	E	M	H	V	D	G	F	R	F	D	L	A	A	A	L	A	R	E	L	.	.	.	.	Y	S	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S	S	S	S	S			B		T	T	S																	T	T								T	T									.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																						.	.	.	.
Template SS confidence
																						320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.					.	.	.
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	N	V	A	P	G	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	A	H	M	V	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	N	V	E	A	L	C	A	W	A	Q	N	L	T	L	P	S
Query Conservation
Alig confidence														.	.
Template Conservation														.	.
Template Sequence		N	M	L	N	T	F	F	I	A	L	Q	Q	.	.	D	P	I	L	S	Q	V	K	L	I	A	E	P	W	D	V	G	Q	G	G	Y	Q	V	G	N	F	P	Y	Q	W	A	E	W	N	G	K	Y	R	D	S	I	R	R	F	W	R	G	E	A	L	P	Y	S	E	I	A	N	R	L	L	G	S	P	D	I	N
Template Known Secondary structure		T												.	.	S	T	T	T	T	T	S										S	S	S	S				S				T	T						T	T									T	T		S				T	T								T		T	T
Template Predicted Secondary structure														.	.
Template SS confidence
		376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.			.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
		326	.	.	.	330			.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.
Query SS confidence							.	.
Query Sequence		S	N	T	T	W	.	.	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N	N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C	A
Query Conservation							.	.
Alig confidence							.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	K	T	P	F	A	S	I	N	Y	V	T	S	H	D	G	F	T	L	E	D	L	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	N	H	N	E	A	N	G	F	N	N	Q	D	G	M	N	E	N	Y	S	W	N	C	G	D	Q	N	V	V	I	C	R	E	K
Template Known Secondary structure				S	G	G	G					S			T	T	S		S	S	S	S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S	S	S	T	T	T	T			S		S											T	T	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	G	V	P	A	I	Y	I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H
Query Conservation
Alig confidence																													.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	K	R	N	F	M	I	T	L	L	V	S	Q	G	T	P	M	I	L	G	G	D	E	L	S	R	T	.	.	.	Q	R	G	N	N	N	A	F	C	Q	D	N	E	I	T	W	F	D	W	.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	D	E	R	K	S	K	F	L	E	F	V	K	K	M	I	Q	F	Y	R	A	H
Template Known Secondary structure			S	S							T	T	S	S	S						T	T	T	T	T	T			.	.	.		T	T		S			T	T			S	T	T	T	S				.	.	.	.	.	.	.	.	S			S	T	T	T	T	T												T	T
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		523	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.				550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.									.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.
		484	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.													.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.							.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	I	N	S	S	V	M	R	I	P	R	S	N	A	D	G	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I	T	N	L	H	G	R	D	L	I	S	E	V	D	I	.	.	.	.	.	.	L	G
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.																															.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.
Template Sequence		P	A	F	R	R	E	R	D	V	T	F	Y	T	L	E	G	R	E	V	D	E	K	T	W	S	S	P	T	Q	L	V	I	F	V	L	E	G	D	S	.	.	.	F	L	I	I	L	N	A	N	P	N	N	V	K	V	K	F	P	K	G	K	W	E	L	V	I	S	S	Y	L	R	E	I	K	P	E	E	G	E
Template Known Secondary structure		G	G	G	S	S									T	T	T					S	S	T	T	S			S												.	.	.									S	S					B			S	S			B							S	S				S
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.
Template SS confidence
		592	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630				.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.
		546	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	E	I	T	L	R	P	W	Q	V	M	W	I	K
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	E	L	E	I	E	G	R	T	A	L	V	Y	R
Template Known Secondary structure			B					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		701	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.