Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 17 Aligned Residues 431 % Identity 18% Template c2d0gA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase i; PDBTitle: crystal structure of thermoactinomyces vulgaris r-47 alpha-2 amylase 1 (tvai) mutant d356n/e396q complexed with p5, a3 pullulan model oligosaccharide Resolution 2.60 Å

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		37	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.																																								.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	Q	R	R	K	K	H	W	D	E	S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	N	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	Y	H	Q	W	L
Query Conservation																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	N	F	K	T	P	D	W	L	K	N	G	V	M	Y	Q	I	F	P	D	R	F	Y	N	G	D	S	S	N	D	V	Q	T	G	S	Y	T	Y	N	G	T	P	T	E	K	K	A	W	G	S	S	V	Y	A	D	P	G	Y	D	N	S	L	V	F	F	G	G	D	L	A	G	I	D	Q	K	L	G	Y	I	K
Template Known Secondary structure		T	T																	G	G	G	T			S		G	G	G				T	T	S		B	S	S	S		B						T	T	S			S			T	T	S		G	G	G													T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		122	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
		78		.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.										.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	.	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	S	D	D	G	F	S	V	I	D	Y	H	Q	V	A	S	E	A	G	E	W	Q	D	I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q
Query Conservation			.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		K	T	L	G	A	N	I	L	Y	L	N	P	I	F	K	A	P	T	N	H	K	Y	D	T	Q	D	Y	M	A	V	D	P	A	F	G	D	N	S	T	L	Q	T	L	I	N	D	I	H	S	T	A	N	G	P	K	G	Y	L	I	L	D	G	V	F	N	H	T	G	D	S	H	P	W	F	D	K	Y	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	T								S						S	S	S	S			S		S							T	T	T																S	S	S	S	S											S	B			T	T	S	T	T	T		T	T	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.
		148	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.			.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.						.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.													.	.	.	.	.				.
Query SS confidence																																																											.	.													.	.	.	.	.				.
Query Sequence		H	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P	F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	.	.	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	.	.	.	.	.	C	Y	L	.
Query Conservation																																																											.	.													.	.	.	.	.				.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.													.	.	.	.	.				.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	N	F	S	S	Q	G	A	Y	E	S	Q	S	S	P	W	Y	N	Y	Y	T	F	Y	T	W	P	D	S	Y	A	S	F	L	G	F	N	S	L	P	K	L	N	Y	G	N	S	G	S	A	V	R	G	V	I	Y	N	N	S	N	S	V	A	K	T	Y	L	N	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	S	S			T	T	T		T	T		T	T	G	G	G	B					T	T	T						T	T						B	B				S	T	T								T	T	S	T	T	S							S	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E	P	G	T	S	C	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	N	V	A	P	G	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	A	H	M	V	Y	Q	F	S	L	P
Query Conservation
Alig confidence																							.	.																																							.	.	.	.
Template Conservation																							.	.																																							.	.	.	.
Template Sequence		P	Y	S	V	D	G	W	R	L	N	A	A	Q	Y	V	D	A	N	G	N	N	.	.	G	S	D	V	T	N	H	Q	I	W	S	E	F	R	N	A	V	K	G	V	N	S	N	A	A	I	I	G	Q	Y	W	G	N	A	N	P	W	T	.	.	.	.	A	Q	G	N	Q	W	D	A	A	T	N	F	D	G	F
Template Known Secondary structure		T	T								T	T	G	G	G			S	T	T			.	.		S	S																			T	T								S	S			G	G	G	T	.	.	.	.	T	T	S	S	S		S			B		T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																							.	.																																							.	.	.	.
Template SS confidence
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.			.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.					.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.											310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330				.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Query Sequence		P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	V	E	A	L	C	A	W	A	Q	N	L	T	L	P	S	S	N	T	T	W	.	.	.	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	Q	P	V	S	E	W	I	T	G	K	D	Y	Q	N	N	S	A	S	I	S	T	T	Q	F	D	S	W	L	R	G	T	R	A	N	Y	P	T	N	V	Q	Q	S	M	M	N	F	L	S	N	H	D	I	T	R	F	A	T	R	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											S	B		T	T	S		B																	T	T	S						T	T					S			T	T	S							T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		421	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	V	N	W	K	N	N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	G	V	P	A	I	Y	I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	L	W	K	T	Y	L	A	L	I	F	Q	M	T	Y	V	G	T	P	T	I	Y	Y	G	D	E	Y	G	M	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	A	D	P	D	N
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T													T	T	S	S	S						T	T	T	T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.			S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																			482	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.										.	.	.	.	.	.	.
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.		.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																						.
Query SS confidence																																																						.
Query Sequence		R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	T	I	N	.	S	S	V	M	R	I	P	R	S	N	A	D	G	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q
Query Conservation																																																						.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.																																					.											.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Template Sequence		R	R	S	F	D	W	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	A	T	P	S	N	S	A	V	A	L	T	Q	K	L	I	T	I	R	N	Q	Y	P	A	L	R	T	G	S	F	M	T	L	I	T	D	D	T	N	K	I	Y	S	Y	G	R	F	D	.	N	V	N	R	I	A	V	V	L	N	N	D	S	V	S	H
Template Known Secondary structure		S					T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	T	T	S																						S									T	T	T	T									.	S	S										S	S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Template SS confidence
		520	.	.	.	.	.	.	.									.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.		.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590
		526	.	.	.	530	.	.	.									.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.					.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.
Query Sequence		H	V	N	I	T	N	L	H	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	D	L	I	S	E	V	D	I	L	G	N	E	.	.	.	.	I	T	L	R	P	W	Q	V	M	W	I
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	V	N	V	P	V	W	Q	L	S	M	P	N	G	S	T	V	T	D	K	I	T	G	H	S	Y	T	V	Q	N	G	M	V	T	V	A	V	D	G	H	Y	G	A	V	L
Template Known Secondary structure							G	G	G	G	T			T	T						T	T	T							B	T	T	B							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		591	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.