Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 75 Aligned Residues 411 % Identity 15% Template c1ud8A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:amylase; PDBTitle: crystal structure of amyk38 with lithium ion Resolution 2.88 Å

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		47	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.			.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.										.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	N	D	L	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	Y	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	.	.	S	D	D	G	F	S	V	I	D	Y	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	V	A	S	E	A	G	E	W	Q	D
Query Conservation																																																	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.																																		.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.
Template Sequence		N	G	T	M	M	Q	Y	Y	E	W	H	L	E	.	N	D	G	Q	H	W	N	R	L	H	D	D	A	A	A	L	S	D	A	G	I	T	A	I	W	I	P	P	A	Y	K	G	N	S	Q	A	D	V	G	Y	G	A	Y	D	L	Y	D	L	G	E	F	N	Q	K	G	T	V	R	T	K	Y	G	T	K	A	Q
Template Known Secondary structure											T	T			.	S	S	S																	T										S			S	S	T	T			S	S	S				T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure															.
Template SS confidence
		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.		.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		116	.	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.			.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.													.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.													.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	.	.	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	D
Query Conservation											.	.	.	.	.													.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.													.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	E	R	A	I	G	S	L	K	S	N	D	I	N	V	Y	G	D	V	V	M	N	H	K	M	G	A	D	F	T	E	A	V	Q	A	V	Q	V	N	P	T	N	R	W	Q	D	I	S	G	A	Y	T	I	D	A	W	T	G	F	D	F	S	G	R	N	N	A	Y	S	D	F	K	W	R	W	F	H	F	N	G
Template Known Secondary structure												T	T										S						S												T	T							S											B			G	G	G	T	T	S	S					B		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.
Query SS confidence																																																														.
Query Sequence		P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P	F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	C	Y	L	.	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E	P
Query Conservation																																																														.
Alig confidence																																					.	.																								.																.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.																																								.	.	.	.
Template Sequence		V	D	W	D	Q	R	Y	Q	E	N	H	I	F	R	F	A	N	T	N	W	N	W	R	V	D	E	E	N	G	N	Y	D	Y	L	L	.	.	G	S	N	I	D	F	S	H	P	E	V	Q	D	E	L	K	D	W	G	S	W	F	T	D	E	L	D	L	D	G	Y	R	L	D	A	I	K	H	I	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T	T	T								T	T					S	S				T	T	S						S	.	.	S					T	T	S																			T		S					T	T	T	T	S	S	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																					.	.																																								.	.	.	.
Template SS confidence
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.			.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260		.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.
Query SS confidence																								.
Query Sequence		G	T	S	C	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	.	N	V	A	P	G	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	A	H	M	V	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	N	V	E	A	L	C	A	W
Query Conservation																								.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	W	Y	T	S	D	W	V	R	H	Q	R	N	E	A	D	Q	D	L	F	V	V	G	E	Y	W	K	D	D	V	G	A	L	E	F	Y	L	D	E	M	N	W	E	M	S	L	F	D	V	P	L	N	Y	N	F	Y	R	A	S	Q	Q	G	G	S	Y	D	M	R	N	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																	S	S											S													T	S		S																			S	S	S		G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
											237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
		318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Q	N	L	T	L	P	S	S	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N	N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	G	S	L	V	E	A	H	P	M	H	A	V	T	F	V	D	N	H	D	T	Q	P	G	E	S	L	E	S	W	V	A	D	W	F	K	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S	T	T							T	T	S				B	S			T	T	T	S	T	T	S	T	T						T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	G	V	P	A	I	Y	I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	Y	A	T	I	L	T	R	E	G	G	Y	P	N	V	F	Y	G	D	Y	Y	G	I	P	N	D	N	I	S	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	D	M	I	D	E	L	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.									S	S	S	S										T		B	G	G	G	T	B			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.	380	.	.	.	.	.
		478	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.					.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530					.	.	.	.	.	.	.	.			.	540	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.																			.	.	.	.									.	.									.
Query SS confidence																																					.	.	.	.																			.	.	.	.									.	.									.
Query Sequence		T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	T	I	N	S	S	V	M	R	I	P	R	S	N	A	D	G	N	.	.	.	.	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I	T	.	.	.	.	N	L	H	G	R	D	L	I	.	.	S	E	V	D	I	L	G	N	.
Query Conservation																																					.	.	.	.																			.	.	.	.									.	.									.
Alig confidence										.	.	.											.														.	.	.	.																			.	.	.	.									.	.									.
Template Conservation										.	.	.											.
Template Sequence		D	A	R	Q	N	Y	A	Y	.	.	.	G	T	Q	H	D	Y	F	D	H	W	.	D	V	V	G	W	T	R	E	G	S	S	S	R	P	N	S	G	L	A	T	I	M	S	N	G	P	G	G	S	K	W	M	Y	V	G	R	Q	N	A	G	Q	T	W	T	D	L	T	G	N	N	G	A	S	V	T	I	N	G
Template Known Secondary structure							T			.	.	.	S						T	T	S	S	.	S										T	T	S	T	T									S	S	S										G	G	G	T	T						T	T	S	S									T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.											.
Template SS confidence
		386	.	.	.	390	.	.	.				.	.	.	.	.	.	400	.	.	.		.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.
						547	.	.	550	.	.	.	.	.		.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.										.
Query SS confidence		.	.	.	.										.
Query Sequence		.	.	.	.	E	I	T	L	R	P	W	Q	V	.	M	W	I	K
Query Conservation		.	.	.	.										.
Alig confidence		.	.	.	.										.
Template Conservation
Template Sequence		D	G	W	G	E	F	F	T	N	G	G	S	V	S	V	Y	V	N
Template Known Secondary structure		T	S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.