Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 86 Aligned Residues 375 % Identity 18% Template c1mwoA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase; PDBTitle: crystal structure analysis of the hyperthermostable2 pyrocoocus woesei alpha-amylase Resolution 2.20 Å

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		46	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.				.	.	.	.	.	100	.	.	.	.										.	.	.	.	.	110	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	N	D	L	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	Y	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	S	.	.	.	D	D	G	F	S	V	I	D	Y	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	V	A	S	E	A	G	E	W
Query Conservation																																																			.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.																														.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.
Template Sequence		E	G	G	V	I	M	Q	A	F	Y	W	D	V	P	G	G	G	I	W	.	W	D	H	I	R	S	K	I	P	E	W	Y	E	A	G	I	S	A	I	W	L	P	P	P	S	K	G	M	S	G	G	Y	S	M	G	Y	D	P	Y	D	Y	F	D	L	G	E	Y	Y	Q	K	G	T	V	E	T	R	F	G	S	K
Template Known Secondary structure		G	T									T	T				S	S			.															T										S			T	T	G	G	G			S	S	S				T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																					.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.		.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
		114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	D	I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	H	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P	F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H
Query Conservation													.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	E	L	V	R	L	I	Q	T	A	H	A	Y	G	I	K	V	I	A	D	V	V	I	N	H	R	A	G	G	D	L	E	W	N	P	.	.	.	.	.	.	.	F	V	G	D	Y	T	W	T	D	F	S	K	V	A	S	G	K	Y	T	A	.	.	.	.	.	.	N	Y	L	D	F	H	P	N	E	L	H	C
Template Known Secondary structure														T	T										S	B										T	.	.	.	.	.	.	.	T	T	T								T	T		T	T		S	S			.	.	.	.	.	.		G	G	G	B	S	S	S	S	S		S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		87	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.								.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.							.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.					.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.
Query Sequence		L	W	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	.	.	.	.	V	D	V	L	L	C	Y	L	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E	P	G	T	S	C	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	N	V	A	P
Query Conservation																									.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Sequence		C	D	E	G	T	F	G	G	F	P	D	I	C	H	H	K	E	W	D	Q	Y	W	L	W	K	S	N	E	S	Y	A	A	Y	L	R	S	I	G	F	D	G	W	R	F	D	Y	V	K	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	A	W	V	V	R	D	W	L	N	W	W	G	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				S				T	T			B	B		T	T	S								T	S	S	T	T	S								T	T							T	T	G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.
Template SS confidence
		154	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.														.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
		265	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.			.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
Predicted Secondary structure																																																												.	.
Query SS confidence																																																												.	.
Query Sequence		G	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	A	H	M	V	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	N	V	E	A	L	C	A	W	A	Q	N	L	T	.	.	L	P	S	S	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L
Query Conservation																																																												.	.
Alig confidence		.																				.	.																																					.	.
Template Conservation		.																				.	.
Template Sequence		.	G	W	A	V	G	E	Y	W	D	T	N	V	D	A	L	L	S	W	A	.	.	Y	E	S	G	A	K	V	F	D	F	P	L	Y	Y	K	M	D	E	A	F	D	N	N	N	I	P	A	L	V	Y	A	L	Q	N	G	Q	T	V	V	S	R	D	P	F	K	A	V	T	F	V	A	N	H	D	T	D	I	I
Template Known Secondary structure		.										S										.	.				T																	T	T	T											T	T		S						T	T	S					S			S	S
Template Predicted Secondary structure		.																				.	.
Template SS confidence
			217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.			.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N	N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	G	V	P	A	I	Y
Query Conservation
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	K	Y	P	A	Y	A	F	I	L	T	Y	E	G	Q	P	V	I	F
Template Known Secondary structure		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												S	S	S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		294																																																													.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	T	I	N	S	S	V	M
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.													.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.													.
Template Sequence		Y	R	D	F	E	E	W	L	N	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	L	I	N	L	I	W	I	H	D	H	.	.	.	L	A	G	G	S	T	T	I	V	Y	Y	D	.	N	D	E	L
Template Known Secondary structure							T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	T			S									.	S	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.													.
Template SS confidence
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.				.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.		.	.	350	.
		503	.	.	.	.		.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530					.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.																								.	.	.	.
Query SS confidence							.																								.	.	.	.
Query Sequence		R	I	P	R	S	.	N	A	D	G	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I	T	.	.	.	.	N	L	H	G	R	D	L	I	S	E	V	D	I	L	G	N	E	I	T	L	R	P	W	Q	V	M
Query Conservation							.																								.	.	.	.
Alig confidence							.																								.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	F	V	R	N	G	D	S	R	R	P	G	L	I	T	Y	I	N	L	S	P	N	W	V	G	R	W	V	Y	V	P	K	F	A	G	A	C	I	H	E	Y	T	G	N	L	G	G	W	V	D	K	R	V	D	S	S	G	W	V
Template Known Secondary structure									S	S											S	S	S									G	G	G	T	T						S	S		T	T	S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		352	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410