Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 83 Aligned Residues 399 % Identity 15% Template c1jd7A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: crystal structure analysis of the mutant k300r of2 pseudoalteromonas haloplanctis alpha-amylase Resolution 2.25 Å

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		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.		.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.					.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.
Predicted Secondary structure												.																								.	.	.	.																													.	.	.	.	.
Query SS confidence												.																								.	.	.	.																													.	.	.	.	.
Query Sequence		K	P	L	P	T	F	N	Q	F	Y	.	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	S	D	D	.	.	.	.	G	F	S	V	I	D	Y	H	Q	V	A	S	E	A	G	E	W	Q	D	I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H
Query Conservation												.																								.	.	.	.																													.	.	.	.	.
Alig confidence												.																								.	.	.	.								.																					.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.
Template Sequence		W	N	W	Q	D	V	A	Q	E	C	E	Q	Y	L	G	P	K	G	Y	A	A	V	Q	V	S	P	P	N	E	H	I	T	G	S	Q	W	W	T	R	Y	Q	P	V	S	Y	.	E	L	Q	S	R	G	G	N	R	A	Q	F	I	D	M	V	N	R	C	S	A	A	G	V	D	I	Y	V	D	T	L	I	N	H
Template Known Secondary structure														T					T										S		B	B		S	S	S	G	G	G	G	G	S	B	S		S	.	S	S		B	T	T	B															T	T										S
Template Predicted Secondary structure																																															.
Template SS confidence
		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.		.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		134	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.		.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.
Predicted Secondary structure															.
Query SS confidence															.
Query Sequence		M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	.	Q	H	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P	F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V
Query Conservation															.
Alig confidence															.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	A	A	G	S	G	T	G	T	A	G	N	S	F	G	N	K	S	F	P	I	Y	S	P	Q	D	F	H	E	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	T	I	N	N	S	D	Y	G	N	D	R	Y	R	V	Q	N	C	E	L	V	G	L	A	D	L	D	T	A	S	N	Y	V	Q	N	T	I	A
Template Known Secondary structure				S	S				B	T	T	S				B	T	T	B		S	S			G	G	G	B				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		B																S	B	B	T	T	B			B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.													120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	V	L	L	C	Y	L	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E	P	G	T	S	C	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	N	V	A	P	G	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	A	H	M
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template Sequence		A	Y	I	N	D	L	Q	A	I	G	V	K	G	F	R	F	D	A	S	K	H	V	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	D	I	Q	S	L	M	A	K	V	N	G	S	P	V	V	F	Q	E	V	I	D	Q	G	G	E	A	V	G	A	S	.	.	E	Y	L	S	T	G	L
Template Known Secondary structure											T								T	G	G	G	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								T	T	S		S												S	S		S	S		G	G	.	.	G	G	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.
Template SS confidence
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.			.	.	.	.	.	.	.
		293	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	N	V	E	A	L	C	A	W	A	Q	N	L	T	L	P	S	S	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N
Query Conservation
Alig confidence																										.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	T	E	F	K	Y	S	T	E	L	G	N	T	F	R	N	G	S	L	A	W	L	S	N	.	F	G	E	G	W	G	F	M	P	S	S	S	A	V	V	F	V	D	N	H	D	N	Q	R	G	H	G	G	A	G	N	V	I	T	F	E	D	G	R	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																		S		G	G	G	G	G	G	.		S	G	G	G	T				G	G	G					S			T	T	G	G	G	T	S	S			T	T	S			G	G	G	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.		.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.
		373	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.		.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure																																														.
Query SS confidence																																														.
Query Sequence		N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	.	G	V	P	A	I	Y	I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H
Query Conservation																																														.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																																		.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	L	A	N	V	F	M	L	A	Y	P	Y	G	Y	P	R	V	M	S	S	Y	D	F	H	G	D	T	D	A	G	G	P	N	V	P	V	H	N	N	G	N	L	E	C	F	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											S			S								B			T	T		T	T					S	S		S			T	T				B	S	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	.
Template SS confidence
																																		284	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
Predicted Secondary structure																																																																																	.
Query SS confidence																																																																																	.
Query Sequence		S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	T	I	N	S	S	V	M	R	I	P	R	S	N	A	D	G	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I	T	.
Query Conservation																																																																																	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.																.									.	.	.	.																					.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.																.									.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	N	W	K	C	E	H	R	W	S	Y	I	A	G	G	V	D	F	R	N	.	N	T	A	D	N	W	A	V	T	N	W	W	D	N	T	.	N	N	Q	I	S	F	G	R	.	.	.	.	G	S	S	G	H	M	A	I	N	K	E	D	S	T	L	T	A	T	V	Q	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	B			G	G	G	S												.	T	T	T	T											S	.	S	S							.	.	.	.	G	G	G								S	S	S		B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.																.									.	.	.	.
Template SS confidence
											330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350		.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.		.	.	.	.	370	.	.	.					.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.
					531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	N	L	H	G	R	D	L	I	S	E	V	D	I	L	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	I	T	L	R	P	W	Q	V	M	W	I
Query Conservation		.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	M	A	S	G	Q	Y	C	N	V	L	K	G	E	L	S	A	D	A	K	S	C	S	G	E	V	I	T	V	N	S	D	G	T	I	N	L	N	I	G	A	W	D	A	M	A	I
Template Known Secondary structure			S		S						T	T	T			B		T	T	S	S		B	S	S							T	T	S						B		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		395	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.