Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 32 Aligned Residues 469 % Identity 13% Template c1bf2A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:isoamylase; PDBTitle: structure of pseudomonas isoamylase Resolution 2.00 Å

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		39	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.								.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.															.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	R	K	K	H	W	D	E	S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	N	D	L	.	.	.	.	.	.	.	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	Y	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	G
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	K	P	T	R	A	Q	K	D	D	V	I	Y	E	V	H	V	R	G	F	T	E	Q	D	T	S	I	P	A	Q	Y	R	G	T	Y	Y	G	A	G	L	K	A	S	Y	L	A	S	L	G	V	T	A	V	E	F	L	P	V	Q	E	T	Q	N	D	A	N	D	V	V	P	N	S	D	A	N	Q	N	Y	W	G
Template Known Secondary structure								G	G	G													T	T		T	T	S		G	G	G	T	T	S							T								T							S			B		B	S		T	T	T	T	S	S	T	T			T	T				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.								.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.								.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	S	V	I	D	Y	H	Q	V	A	S	E	A	G	E	.	.	.	.	.	.	.	W	Q	D	I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	H	P	G	F	.	.	.	.	.	.	.	E	D	F	F	I	A	V
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	M	T	E	N	Y	F	S	P	D	R	R	Y	A	Y	N	K	A	A	G	G	P	T	A	E	F	Q	A	M	V	Q	A	F	H	N	A	G	I	K	V	Y	M	D	V	V	Y	N	H	T	A	E	G	G	T	W	T	S	S	D	P	T	T	A	T	I	Y	S	W	R	G	L	D	N	A	T	Y	Y	E	L	T
Template Known Secondary structure				B	S		S	S		B		G	G	G		S			S	T	T																T	T										S	S		T	T		S	B	S	S	S	S		S	S		B	B		S	S										B		B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		159	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.
Query SS confidence																																																															.
Query Sequence		D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P	F	Q	M	R	D	H	S	T	R	H	L	W	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	C	Y	L	.	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E
Query Conservation																																																															.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	N	Q	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Y	D	N	T	G	I	G	A	N	F	N	T	Y	N	T	V	A	Q	N	L	I	V	D	S	L	A	Y	W	A	N	T	M	G	V	D	G	F	R	F	D	L	A	S	V	L	G	N	S
Template Known Secondary structure		T	T	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B			S	S	S	S	S			B		T	T	S																	T	S								T	T	G	G	G	G	G	B
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		330	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.
		238	.	240	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	G	T	S	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	N	V	A	P	G	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	A	H	M	V	Y	Q	F	S	L	P
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		C	L	N	G	A	Y	T	A	S	A	P	N	C	P	N	G	G	Y	N	F	D	A	A	D	S	N	V	A	I	N	R	I	L	R	E	F	T	V	R	P	A	A	G	G	S	G	L	D	L	F	A	E	P	W	A	I	G	G	N	S	Y	Q	L	G	G	F	P	Q	G	W	S	E	W	N	G	L	F	R	D	S
Template Known Secondary structure			S	S	S	S			T	T	S	T	T		T	T		S			B		T	T		T	T	S									S		B			T	T			S	S	B									S	S	T	T				T	T		S		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		384	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.
		300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.									.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	N	V	E	A	L	C	A	W	A	Q	N	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	L	P	S	S	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N	P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	Q	A	Q	N	E	L	G	S	M	T	I	Y	V	T	Q	D	A	N	D	F	S	G	S	S	N	L	F	Q	S	S	G	R	S	P	W	N	S	I	N	F	I	D	V	H	D	G	M	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	D	V	Y	S	C	N	G	A	N	N	S	Q	A
Template Known Secondary structure									B	T	T	B												T	T						G	G	G	T			G	G	G					S			S	S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		464	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.																.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	G	V	P	A	I	Y	I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H
Query Conservation
Alig confidence																																																													.	.	.
Template Conservation																																																													.	.	.
Template Sequence		W	P	Y	G	P	S	D	G	G	T	S	T	N	Y	S	W	D	Q	G	M	S	A	G	T	G	A	A	V	D	Q	R	R	A	A	R	T	G	M	A	F	E	M	L	S	A	G	T	P	L	M	Q	G	G	D	E	Y	L	R	T	.	.	.	L	Q	C	N	N	N	A	Y	N	L	D	S	S	A	N	W	L	T
Template Known Secondary structure		T	T	S								S							T	T	T	T	T	T	S																				S	S	S						T	T	G	G	G	T			.	.	.		T	T		S			T	T			S	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																													.	.	.
Template SS confidence
		529	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.				.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.
		452	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.				.	510
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Query Sequence		S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	I	N	S	S	V	M	R	I	P	R	S	N	.	.	.	A	D
Query Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	S	W	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	D	Q	S	N	F	Y	T	F	A	Q	R	L	I	A	F	R	K	A	H	P	A	L	R	P	S	S	W	Y	S	G	S	Q	L	T	W	Y	Q	P	S	G	A	V	A	D	S	N	Y	W	N	N	T	S	N	Y	A	I	A	Y	A	I	N	G	P	S	L	G	D
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.																						G	G	G	S		S	S				T	T	T						T	T	S	S	B							T		T	T										G	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		606	.	.									.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.
		511	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530					.	.	.	.	.	.	.	.																			.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I	T	.	.	.	.	N	L	H	G	R	D	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	V	D	I	L	G	N	E	I	T	L	R	P	W	Q	V	M	W	I	K
Query Conservation																						.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																						.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	N	S	I	Y	V	A	Y	N	G	W	S	S	S	V	T	F	T	L	P	A	P	P	S	G	T	Q	W	Y	R	V	T	D	T	C	D	W	N	D	G	A	S	T	F	V	A	P	G	S	E	T	L	I	G	G	A	G	T	T	Y	G	Q	C	G	Q	S	L	L	L	L	I
Template Known Secondary structure		S	S									S	S	S										S	S	S	S									S	G	G	G		S	T	T	S	B			T	T							S	T	T							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		678	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.