Job Description P76041 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:17:40 GMT 2012 Rank 77 Aligned Residues 397 % Identity 15% Template c1bagA_ PDB info PDB header:alpha-amylase Chain: A: PDB Molecule:alpha-1,4-glucan-4-glucanohydrolase; PDBTitle: alpha-amylase from bacillus subtilis complexed with2 maltopentaose Resolution 2.50 Å

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		40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.												.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	K	K	H	W	D	E	S	D	V	V	L	I	T	Y	A	D	Q	F	H	S	N	D	L	K	P	L	P	T	F	N	Q	F	Y	H	Q	W	L	Q	S	I	F	S	H	V	H	L	L	P	F	Y	P	W	S	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	F	S	V	I	D	Y	H	Q	V	A	S
Query Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.										.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	A	P	S	I	.	K	S	G	T	I	L	H	A	W	.	.	.	.	.	.	.	.	N	W	S	F	N	T	L	K	H	N	M	K	D	I	H	D	A	G	Y	T	A	I	Q	T	S	P	I	N	Q	V	K	E	G	N	Q	G	D	K	S	M	S	N	W	Y	W	L	Y	Q	P	T	S	Y	Q	I	G	N	R
Template Known Secondary structure				S	S	G	.	G	G	S						T	.	.	.	.	.	.	.	.	T	B								T							T	T		S					S								T	G	G	G				G	G	G	G	G	G	G	G										T
Template Predicted Secondary structure							.										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.		.	.	.	10	.	.	.	.	.									.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.
		109	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.						.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.
Query Sequence		E	A	G	E	W	Q	D	I	Q	Q	L	G	E	C	S	H	.	.	.	.	.	L	M	F	D	F	V	C	N	H	M	S	A	K	S	E	W	F	K	N	Y	L	Q	Q	H	P	G	F	E	D	F	F	I	A	V	D	P	Q	T	D	L	S	A	V	T	R	P	R	A	L	P	L	L	T	P	F	Q	M	R	D
Query Conservation																		.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.																								.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																														.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	L	G	T	E	Q	E	F	K	E	M	C	A	A	A	E	E	Y	G	I	K	V	I	V	D	A	V	I	N	H	T	T	F	D	Y	A	A	I	S	N	E	V	K	S	.	.	.	I	P	N	W	T	H	G	N	T	Q	I	K	N	W	S	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T															T	T	T										S	B			S		G	G	G	S						T	.	.	.	S	T	T							B				T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																														.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		73	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.				.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	S	T	R	H	L	W	T	T	F	S	D	D	Q	I	D	L	N	Y	R	S	P	E	V	L	L	A	M	V	D	V	L	L	C	Y	L	A	K	G	A	E	Y	V	R	L	D	A	V	G	F	M	W	K	E	P	G	T	S	C	I	H	L	E	K	T	H	L	I	I	K	L	L	R	S	I	I	D	N	V	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation		.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Sequence		.	.	.	W	D	V	T	Q	N	S	L	L	G	L	Y	D	W	N	T	Q	N	T	Q	V	Q	S	Y	L	K	R	F	L	E	R	A	L	N	D	G	A	D	G	F	R	F	D	A	A	K	H	I	E	L	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	S	Y	G	S	Q	F	W	P	N	I	T	N	.	T
Template Known Secondary structure		.	.	.						S	B	S	T	T						T	T																			T							T	T	G	G	G	S			T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	G	G			S						T		.	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template SS confidence
					134	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.										.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.		200
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	G	T	V	I	I	T	E	T	N	V	P	H	K	D	N	I	A	Y	F	G	A	G	D	D	E	A	H	M	V	Y	Q	F	S	L	P	P	L	V	L	H	A	V	Q	K	Q	N	V	E	A	L	C	A	W	A	Q	N	L	T	L	P	S	S	N	T	T	W	F	N	F	L	A	S	H	D	G	I	G	L	N
Query Conservation
Alig confidence																																																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	A	E	F	Q	Y	G	Q	I	L	Q	D	S	A	S	R	D	A	A	Y	A	N	Y	M	D	V	T	A	S	N	Y	G	H	S	I	R	S	A	L	K	N	R	N	L	G	V	S	N	.	.	.	.	.	.	I	S	H	Y	A	S	D	V	S	A	D	K	L	V	T	W	V	E	S	H	D	T	Y	A	N	D
Template Known Secondary structure		S		S									S	T	T	S						T	T	T	S																		T				T	T	T	.	.	.	.	.	.	T	T	S		S	S	S	S		G	G	G					S								S	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		201	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.							.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.		.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.
Query SS confidence																																																																											.
Query Sequence		P	L	R	G	L	L	P	E	S	E	I	L	E	L	V	E	A	L	Q	Q	E	G	A	L	V	N	W	K	N	N	P	D	G	T	R	S	P	Y	E	I	N	V	T	Y	M	D	A	L	S	R	R	E	S	S	D	E	E	R	C	A	R	F	I	L	A	H	A	I	L	L	S	F	P	.	G	V	P	A	I	Y
Query Conservation																																																																											.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	E	E	S	T	W	M	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	D	I	R	L	G	W	A	V	I	A	S	R	S	G	S	T	P	L	F	F
Template Known Secondary structure		T		T	T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		275	.	.	.	.	280	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	Q	S	I	L	G	S	R	N	D	Y	A	G	V	E	K	L	G	Y	N	R	A	I	N	R	K	K	Y	H	S	K	E	I	T	R	E	L	N	D	E	A	T	L	R	H	A	V	Y	H	E	L	S	R	L	I	T	L	R	R	S	H	N	E	F	H	P	D	N	N	F	T	I	D	T	I	N	S	S	V	M
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	R	P	E	G	G	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	R	F	P	G	K	S	Q	I	G	D	R	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	F	E	D	Q	A	I	T	A	V	N	R	F	H	N	V	M	A	G	Q	P	E	E	L	S	N	P	N	G	N	N	Q	I
Template Known Secondary structure					T	T		B	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	B	S			S	S	S		T	B	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G														T	T	T								G	G	G		T	T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		305	.	.	.	.	310	.	.										.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.															.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.
		503	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530					.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.					.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.																	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.																	.	.	.	.
Query Sequence		R	I	P	R	S	N	A	D	G	N	C	L	T	G	L	F	N	V	S	K	N	I	Q	H	V	N	I	T	.	.	.	.	N	L	H	G	R	D	L	I	S	E	V	D	I	L	G	N	.	.	.	.	E	I	T	L	R	P	W	Q	V	M	W	I	K
Query Conservation																														.	.	.	.																	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.																					.	.	.	.																	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.
Template Sequence		F	M	N	Q	R	.	.	.	G	S	H	G	V	V	L	A	N	A	G	S	S	S	V	S	I	N	T	A	T	K	L	P	D	G	R	Y	D	N	K	A	G	A	G	S	F	Q	V	N	D	G	K	L	T	G	T	I	N	A	R	S	V	A	V	L	Y
Template Known Secondary structure							.	.	.	T	T	T								S	S	S									S	S		S						S	S	S	S							S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.
Template SS confidence
		362	.	.	.	.				.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.