Job Description P33916 Confidence 99.61% Date Thu Jan 5 11:52:44 GMT 2012 Rank 72 Aligned Residues 387 % Identity 17% Template c3cmvG_ PDB info PDB header:recombination Chain: G: PDB Molecule:protein reca; PDBTitle: mechanism of homologous recombination from the reca-2 ssdna/dsdna structures Resolution 4.30 Å

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		29	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	L	Q	I	E	A	G	E	T	L	A	L	V	G	E	S	G	S	G	K	S	V	T	A	L	S	I	L	R	L	L	P	S	P	P	V	E	Y	L	S	G	D	I	R	F	H	G	E	S	L	L	H	A	S	D	Q	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.
Template Sequence		A	G	G	L	P	M	G	R	I	V	E	I	Y	G	P	E	S	S	G	K	T	T	L	T	L	Q	V	I	A	A	A	Q	R	E	G	.	.	.	.	K	T	C	A	F	I	D	A	E	H	A	L	D	P	I	Y	A	R	K	L	G	V	D	I	D	N	L	L	C	S	Q	P	D	T	G	E	Q	A	L	E	I
Template Known Secondary structure		S	S	S			T	T	S							S	T	T	S	S														T	T	T	.	.	.	.								S	S												T			G	G	G							S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.
Template SS confidence
		1053	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.					.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.
			86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.																					.	.	140	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	L	R	G	V	R	G	N	K	I	A	M	I	F	Q	E	P	M	V	S	L	N	P	L	H	T	L	E	K	Q	L	Y	E	V	L	S	L	H	R	G	M	R	R	E	A	A	R	G	E	I	L	N	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	R	V	G	I	R
Query Conservation		.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	D	A	L	A	R	S	G	A	V	D	V	I	V	V	D	S	V	A	A	L	T	P	K	A	E	I	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	L	A	A	R	M	M	S	Q	A	M	R	K	L	A	G	N	L	K	Q	S	N	T	L	L	I	F	I	N	Q	G	G	N	A	L	K	F	Y	A	S	V
Template Known Secondary structure							T	T	S	S									G	G	G									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T																T	T	T											T	T						S
Template Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1129	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.												.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.
		145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.			.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.
Query SS confidence																																	.	.
Query Sequence		Q	A	A	K	R	L	T	D	Y	P	H	Q	L	S	G	G	E	R	Q	R	V	M	I	A	M	A	L	L	T	R	P	.	.	E	L	L	I	A	D	E	P	T	T	A	L	D	V	S	V	Q	A	Q	I	L	Q	L	L	R	E	L	Q	G	E	L	N	M	G	M	L	F	I	T	H	N	L	S	I	V	R	K
Query Conservation																																	.	.
Alig confidence				.	.																												.	.											.																		.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.																																								.																		.	.	.	.	.
Template Sequence		R	L	.	.	D	I	R	R	I	G	A	V	K	E	G	E	N	V	V	G	S	E	T	R	V	K	V	V	K	N	K	I	A	A	P	F	K	Q	A	E	F	Q	I	.	L	Y	G	E	G	I	N	F	Y	G	E	L	V	D	L	G	V	.	.	.	.	.	K	E	K	L	I	E	K	A	G	A	W	Y	S	Y
Template Known Secondary structure				.	.											T	T															S	S	S		T	T								.		T	T	T														.	.	.	.	.		T	T	S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure				.	.																																								.																		.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1222	.			.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.		.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.						1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.
		223	.	.	.	.	.	.	230							.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	H	R	V	A	V	M	.	.	.	.	.	.	Q	N	G	R	C	V	E	Q	N	Y	A	A	T	L	F	A	S	P	T	H	P	Y	T	Q	K	L	L	N	S	E	P	S	G	D	P	V	P	L	P	E	P	A	S	T	L	L	D	V	E	Q	L	Q	V	A	F	P	I	R	K	G	I	L	K	R	I	V
Query Conservation										.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.								.	.	.	.	.	.																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	K	G	E	K	I	G	Q	G	K	A	N	A	T	A	W	L	K	D	N	P	E	T	A	K	E	I	E	K	K	V	R	E	L	L	L	K	Q	K	A	L	A	A	A	L	G	Q	I	E	K	Q	F	G	K	G	S	I	M	R	L	G	E	D	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	T	T															T	T	S																																S	S	T	T					T	T				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.																																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
			1294	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.													.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	H	N	V	V	V	K	N	I	S	F	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	A	G	E	T	L	G	L	V	G	E	S	G	S	G	K	S	T	T	G	L	A	L	L	R	L	I	N	S	Q	G	S	I	I	F	D	G	Q	P	L	Q	N	L	N	R	R	Q	L	L	P	I	R	H	R	I
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	S	M	D	V	E	T	I	S	T	G	S	L	S	L	D	I	A	L	G	A	G	G	L	P	M	G	R	I	V	E	I	Y	G	P	E	S	S	G	K	T	T	L	T	L	Q	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	A	Q	R	E	G	K
Template Known Secondary structure		.	.										S									S	S	S	S			T	T	S							S	T	T	S	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				2034	.	.	.	.	.	2040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2080																								.	.	.	.	.	.	.	.
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	V	V	F	Q	D	P	N	S	S	L	N	P	R	L	N	V	L	Q	I	I	E	E	G	L	R	V	H	Q	P	T	L	S	A	A	Q	R	E	Q	Q	V	I	A	V	M	H	E	V	G	L	D	P	E	T	R	H	R	Y	P	A	E	F	S	G	G	Q	R	Q	R	I	A	I	A	R	A	L	I	L	K	P
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template Sequence		T	C	A	F	I	D	A	E	H	A	L	D	P	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	A	R	K	L	G	V	D	I	D	N	L	.	L	C	S	Q	P	D	T	G	E	Q	A	L	E	I	C	D	A	L	A	R	S	G	A	V
Template Known Secondary structure								S	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T			G	G	G		.						S														T	T	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.
Template SS confidence
		2089	2090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2100	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	2110	.	.	.	.		.	.	.	.	.	2120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2130	.	.	.	.	.	.	.	.
		445	.	.	.	.	450	.	.	.	.									.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	L	I	I	L	D	E	P	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	D	K	T	V	Q	A	Q	I	L	T	L	L	K	S	L	Q	Q	K	H	Q	L	A	Y	L	F	I	S	H	D	L	H	V	V	R	A	L	C	H	Q	V	I	I	L	R	Q	G	E	V	V	E	Q	G	P	C
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	V	I	V	V	D	S	V	A	A	L	T	P	K	A	E	I	E	G	L	A	A	R	M	M	S	Q	A	M	R	K	L	A	G	N	L	K	Q	S	N	T	L	L	I	F	I	N	Q	G	G	N	A	L	K	F	Y	A	S	V	R	L	D	I	R	R	I	G	A	V	K	E	G	E	N
Template Known Secondary structure									G	G	G																		T										T	T	T											T	T																			S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		2139	2140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	2210	.	.