HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/d126d65668c00c54/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/d126d65668c00c54/query.hhm DATE Tue Jan 17 15:00:46 2012 LENG 68 match states, 68 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.4575 1.8280 SEQ >ss_pred CHHHHHHCCCHHCHHHHHHHHHHHHHCCCCCHHHHHHHHHHHHCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHCCC >ss_conf 91565303511131123987642331175671466776766412877876559999999999973189 >Consensus xxfirqglgialxpeltlkxiaxelcsvpleptfyrqisllakekpvegsplfllqmcxeqlvxxgkx >batch____ MNFIRQGLGIALQPELTLKSIAGELCSVPLEPTFYRQISLLAKEKPVEGSPLFLLQMCMEQLVAIGKI >UniRef50_B1LLJ0(125-299:299) Transcriptional regulator, LysR family n=48 Tax=Enterobacteriaceae RepID=B1LLJ0_ECOSM E=3e-97 s/c=0.66 id=86% cov=101% ISFIRQGLGIALLPELTLKTIADELCSVPLEPTFYRQISLLAKEKPVEGSPLFLLQMCTEQLVESGKF # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1096 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 2 0 * * * * * * 1096 0 0 F 3 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1096 0 0 I 4 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1096 0 0 R 5 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 5 0 * * * * * * 1096 0 0 Q 6 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 6 0 * * * * * * 1096 0 0 G 7 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1096 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1096 0 0 G 9 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1096 0 0 I 10 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1096 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1096 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1096 0 0 Q 13 * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * 13 0 * * * * * * 1096 0 0 P 14 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1096 0 0 E 15 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1096 0 0 L 16 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1096 0 0 T 17 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 17 0 * * * * * * 1096 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1096 0 0 K 19 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1096 0 0 S 20 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 20 0 * * * * * * 1096 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1096 0 0 A 22 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1096 0 0 G 23 * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1096 0 0 E 24 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1096 0 0 L 25 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1096 0 0 C 26 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1096 0 0 S 27 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 27 0 * * * * * * 1096 0 0 V 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 28 0 * * * * * * 1096 0 0 P 29 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1096 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1096 0 0 E 31 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1096 0 0 P 32 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1096 0 0 T 33 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 33 0 * * * * * * 1096 0 0 F 34 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1096 0 0 Y 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 35 0 * * * * * * 1096 0 0 R 36 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 36 0 * * * * * * 1096 0 0 Q 37 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 37 0 * * * * * * 1096 0 0 I 38 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1096 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1096 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1096 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1096 0 0 A 42 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1096 0 0 K 43 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1096 0 0 E 44 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1096 0 0 K 45 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1096 0 0 P 46 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1096 0 0 V 47 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 47 0 * * * * * * 1096 0 0 E 48 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1096 0 0 G 49 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1096 0 0 S 50 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 50 0 * * * * * * 1096 0 0 P 51 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1096 0 0 L 52 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1096 0 0 F 53 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1096 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1096 0 0 L 55 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1096 0 0 Q 56 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 56 0 * * * * * * 1096 0 0 M 57 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1096 0 0 C 58 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1096 0 0 M 59 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * 59 0 * * * * * * 1096 0 0 E 60 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1096 0 0 Q 61 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 61 0 * * * * * * 1096 0 0 L 62 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1096 0 0 V 63 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 63 0 * * * * * * 1096 0 0 A 64 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1096 0 0 I 65 * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * 65 0 * * * * * * 1096 0 0 G 66 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1096 0 0 K 67 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1096 0 0 I 68 * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * 0 * * * 1096 0 0 //