HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/c691a432ba458a37/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/c691a432ba458a37/query.hhm DATE Thu Jan 12 04:53:44 2012 LENG 77 match states, 77 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.4145 -0.0345 SEQ >ss_pred CCCCCCCHHCCCCCCCEEEHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCC >ss_conf 98630000030129953241238999986439875379999999986678864557999999999962221013579 >Consensus mkskdtlxwxpaqlpxvxiilgxavxxvxkqgrpintrtllxyxxxxxxkxxxxdxkxxxqtaixvlxdnqxxngxm >batch____ MKSKDTLKWFPAQLPEVRIILGDAVVEVAKQGRPINTRTLLDYIEGNIKKKSWLDNKELLQTAISVLKDNQNLNGKM >UniRef50_B5Y2P1(19-94:95) Putative uncharacterized protein n=2 Tax=Enterobacteriaceae RepID=B5Y2P1_KLEP3 E=3e-27 s/c=1.61 id=62% cov=100% MKSKDTLDWYPAQLPPVKIILGEAVLAVGKQGRPINTRTLLEYLQVMQDKQKRRDDKIAMQTAINVLRDNQRINGR- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1291 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1291 0 0 S 3 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 3 0 * * * * * * 1291 0 0 K 4 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1291 0 0 D 5 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1291 0 0 T 6 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 6 0 * * * * * * 1291 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1291 0 0 K 8 * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1291 0 0 W 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 9 0 * * * * * * 1291 0 0 F 10 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 10 0 * * * * * * 1291 0 0 P 11 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1291 0 0 A 12 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1291 0 0 Q 13 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 13 0 * * * * * * 1291 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1291 0 0 P 15 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1291 0 0 E 16 * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1291 0 0 V 17 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 17 0 * * * * * * 1291 0 0 R 18 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 18 0 * * * * * * 1291 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1291 0 0 I 20 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1291 0 0 L 21 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1291 0 0 G 22 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1291 0 0 D 23 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1291 0 0 A 24 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1291 0 0 V 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 25 0 * * * * * * 1291 0 0 V 26 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 26 0 * * * * * * 1291 0 0 E 27 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1291 0 0 V 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 28 0 * * * * * * 1291 0 0 A 29 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1291 0 0 K 30 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1291 0 0 Q 31 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 31 0 * * * * * * 1291 0 0 G 32 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1291 0 0 R 33 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 33 0 * * * * * * 1291 0 0 P 34 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1291 0 0 I 35 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1291 0 0 N 36 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1291 0 0 T 37 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 37 0 * * * * * * 1291 0 0 R 38 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 38 0 * * * * * * 1291 0 0 T 39 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 39 0 * * * * * * 1291 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1291 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1291 0 0 D 42 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1291 0 0 Y 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 43 0 * * * * * * 1291 0 0 I 44 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1291 0 0 E 45 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1291 0 0 G 46 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * 46 0 * * * * * * 1291 0 0 N 47 * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1291 0 0 I 48 * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * 48 0 * * * * * * 1291 0 0 K 49 * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1291 0 0 K 50 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1291 0 0 K 51 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 51 0 * * * * * * 1291 0 0 S 52 * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * * 52 0 * * * * * * 1291 0 0 W 53 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * 53 0 * * * * * * 1291 0 0 L 54 * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * 54 0 * * * * * * 1291 0 0 D 55 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1291 0 0 N 56 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1291 0 0 K 57 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1291 0 0 E 58 * * * 1000 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1291 0 0 L 59 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1291 0 0 L 60 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1291 0 0 Q 61 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 61 0 * * * * * * 1291 0 0 T 62 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 62 0 * * * * * * 1291 0 0 A 63 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1291 0 0 I 64 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1291 0 0 S 65 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 65 0 * * * * * * 1291 0 0 V 66 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 66 0 * * * * * * 1291 0 0 L 67 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1291 0 0 K 68 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 68 0 * * * * * * 1291 0 0 D 69 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1291 0 0 N 70 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1291 0 0 Q 71 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 71 0 * * * * * * 1291 0 0 N 72 * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * 72 0 * * * * * * 1291 0 0 L 73 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1291 0 0 N 74 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1291 0 0 G 75 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1291 0 0 K 76 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 76 0 * * * * * * 1291 0 0 M 77 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 77 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //