HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/c51c91935c960550/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/c51c91935c960550/query.hhm DATE Sun Jan 8 20:22:22 2012 LENG 76 match states, 76 columns in multiple alignment FILT 1 out of 3 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4627 1.9357 SEQ >ss_pred CHHHHHHHHHHHHHHHCCCHHCCCCCCEEEEEECCHHHHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHCCC >ss_conf 9046889999998765130211667640688712104753001668899988876776887665641158410289 >Consensus mftkalsvvlltcalfsgqlmaghkghefvwvknvdhqlrheadsdelravaeesaeglrehfywqksrkpeagqr >batch____ MFTKALSVVLLTCALFSGQLMAGHKGHEFVWVKNVDHQLRHEADSDELRAVAEESAEGLREHFYWQKSRKPEAGQR # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 F 2 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 K 4 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 A 5 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 S 7 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 V 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 C 13 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 A 14 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 F 16 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 S 17 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 G 18 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 19 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 M 21 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 A 22 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 G 23 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 H 24 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 K 25 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 H 27 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 F 29 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 V 30 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 W 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 V 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 K 33 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 N 34 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 V 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 D 36 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 H 37 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 38 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 L 39 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 R 40 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 H 41 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 A 43 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 D 44 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 S 45 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 D 46 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 E 47 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 L 48 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 R 49 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 A 50 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 V 51 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 A 52 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 E 53 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 E 54 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 S 55 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 A 56 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 E 57 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 G 58 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 R 60 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 E 61 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 H 62 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 F 63 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 64 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 64 0 * * * * * * 1000 0 0 W 65 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 66 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 K 67 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 S 68 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 R 69 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 K 70 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 P 71 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 E 72 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 A 73 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 G 74 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 75 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 R 76 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 76 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //