HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/8cb9b0e02ad48417/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/8cb9b0e02ad48417/query.hhm DATE Sat Jan 14 19:17:58 2012 LENG 62 match states, 62 columns in multiple alignment FILT 1 out of 3 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4241 0.7204 SEQ >ss_pred CCCCCEEEEEECCCCCCCEEEEEEEECCCCCEEEEEECCCCEEEEEECCCCCCCCEEEEECC >ss_conf 94342389960788768728999603277629999813770589997167752525786239 >Consensus mkvndrvtvktdggprrpgvvlaveefsegtmylvsledyplgiwffneaghqdgifvekae >batch____ MKVNDRVTVKTDGGPRRPGVVLAVEEFSEGTMYLVSLEDYPLGIWFFNEAGHQDGIFVEKAE # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 V 3 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 N 4 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 D 5 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 R 6 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 V 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 T 8 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 V 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 K 10 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 T 11 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 D 12 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 G 13 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 G 14 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 P 15 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 R 16 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 R 17 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 P 18 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 G 19 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 V 20 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 V 21 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 A 23 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 E 25 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 E 26 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 F 27 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 S 28 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 E 29 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 G 30 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 T 31 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 M 32 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 33 0 * * * * * * 1000 0 0 L 34 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 V 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 S 36 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 L 37 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 E 38 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 D 39 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 40 0 * * * * * * 1000 0 0 P 41 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 L 42 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 G 43 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 I 44 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 W 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 F 46 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 F 47 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 N 48 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 E 49 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 A 50 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 G 51 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 H 52 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 53 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 D 54 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 G 55 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 I 56 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 F 57 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 V 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 E 59 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 K 60 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 A 61 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 E 62 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //