HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/8967569d1820012e/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/8967569d1820012e/query.hhm DATE Mon Jan 16 17:30:00 2012 LENG 59 match states, 59 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4187 -0.0274 SEQ >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCHHHHCCCCCCCCEEEECHHHHCCCCCC >ss_conf 92366799999999999999999999997315032136357783234317672300159 >Consensus mirkywwlvvfavxvflfdxllxqwxexxxtexdkcrnmxsvnplxlvncxxlxfqdrm >batch____ MIRKYWWLVVFAVFVFLFDTLLMQWIELLATETDKCRNMNSVNPLKLVNCDELNFQDRM >UniRef50_D2TNB8(1-54:54) Predicted membrane protein yhdu n=1 Tax=Citrobacter rodentium ICC168 RepID=D2TNB8_CITRO E=3e-17 s/c=1.66 id=75% cov=93% MIRKYWWLVVFAVTVFLFDALLFQWLETITTESDKCRNMDSVNPLRLVNCADLK----- # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1182 0 0 I 2 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1182 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1182 0 0 K 4 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1182 0 0 Y 5 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 5 0 * * * * * * 1182 0 0 W 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 6 0 * * * * * * 1182 0 0 W 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 7 0 * * * * * * 1182 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1182 0 0 V 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 9 0 * * * * * * 1182 0 0 V 10 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 10 0 * * * * * * 1182 0 0 F 11 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1182 0 0 A 12 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1182 0 0 V 13 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 13 0 * * * * * * 1182 0 0 F 14 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 14 0 * * * * * * 1182 0 0 V 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 15 0 * * * * * * 1182 0 0 F 16 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1182 0 0 L 17 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1182 0 0 F 18 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1182 0 0 D 19 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1182 0 0 T 20 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 20 0 * * * * * * 1182 0 0 L 21 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1182 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1182 0 0 M 23 * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1182 0 0 Q 24 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 24 0 * * * * * * 1182 0 0 W 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 25 0 * * * * * * 1182 0 0 I 26 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1182 0 0 E 27 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1182 0 0 L 28 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 1000 * * * 28 0 * * * * * * 1182 0 0 L 29 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1182 0 0 A 30 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 30 0 * * * * * * 1182 0 0 T 31 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 31 0 * * * * * * 1182 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1182 0 0 T 33 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 33 0 * * * * * * 1182 0 0 D 34 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1182 0 0 K 35 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1182 0 0 C 36 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1182 0 0 R 37 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 37 0 * * * * * * 1182 0 0 N 38 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1182 0 0 M 39 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1182 0 0 N 40 * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1182 0 0 S 41 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 41 0 * * * * * * 1182 0 0 V 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 42 0 * * * * * * 1182 0 0 N 43 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1182 0 0 P 44 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1182 0 0 L 45 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1182 0 0 K 46 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 46 0 * * * * * * 1182 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1182 0 0 V 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 48 0 * * * * * * 1182 0 0 N 49 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1182 0 0 C 50 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1182 0 0 D 51 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1182 0 0 E 52 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1182 0 0 L 53 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1182 0 0 N 54 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1182 0 0 F 55 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 56 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 D 57 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 R 58 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 M 59 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 59 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //