HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/88ba61a4c260c5bb/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/88ba61a4c260c5bb/query.hhm DATE Sat Jan 7 18:38:44 2012 LENG 66 match states, 66 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.4595 2.6869 SEQ >ss_pred CEEEECCCEEEEEHHCCCCCEEHHHCCCEEECCCEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHCC >ss_conf 904301423420002663201011054313404000005874532211466677532114654049 >Consensus mxiisxxxamxixxqhpxsrxfxxctgkyxwhgsxxxytgrxvxdixgvlavxaerrxxxadrmld >batch____ MRIISKRRAMTIYRQHPESRIFRYCTGKYQWHGSVCHYTGRDVPDITGVLAVYAERRRTAADRMLD >UniRef50_P64523(1-60:73) Uncharacterized protein yeeT n=144 Tax=Enterobacteriaceae RepID=YEET_ECO57 E=5e-23 s/c=1.80 id=61% cov=92% MKIITRGEAMRIHQQHPTSRLFPFCTGKYRWHGSAEAYTGREVQDIPGVLAVFAERRKDS------ # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1304 0 0 R 2 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 2 0 * * * * * * 1304 0 0 I 3 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1304 0 0 I 4 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1304 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 5 0 * * * * * * 1304 0 0 K 6 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 6 0 * * * * * * 1304 0 0 R 7 * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * * * 7 0 * * * * * * 1304 0 0 R 8 * * * 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * 8 0 * * * * * * 1304 0 0 A 9 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1304 0 0 M 10 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1304 0 0 T 11 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * 11 0 * * * * * * 1304 0 0 I 12 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1304 0 0 Y 13 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 13 0 * * * * * * 1304 0 0 R 14 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 14 0 * * * * * * 1304 0 0 Q 15 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 15 0 * * * * * * 1304 0 0 H 16 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1304 0 0 P 17 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1304 0 0 E 18 * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 18 0 * * * * * * 1304 0 0 S 19 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 19 0 * * * * * * 1304 0 0 R 20 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 20 0 * * * * * * 1304 0 0 I 21 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1304 0 0 F 22 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1304 0 0 R 23 * * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * 23 0 * * * * * * 1304 0 0 Y 24 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 24 0 * * * * * * 1304 0 0 C 25 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1304 0 0 T 26 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 26 0 * * * * * * 1304 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1304 0 0 K 28 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1304 0 0 Y 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 29 0 * * * * * * 1304 0 0 Q 30 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 30 0 * * * * * * 1304 0 0 W 31 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 31 0 * * * * * * 1304 0 0 H 32 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1304 0 0 G 33 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1304 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 34 0 * * * * * * 1304 0 0 V 35 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 35 0 * * * * * * 1304 0 0 C 36 * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1304 0 0 H 37 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1304 0 0 Y 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 38 0 * * * * * * 1304 0 0 T 39 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 39 0 * * * * * * 1304 0 0 G 40 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1304 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * * * * * 1304 0 0 D 42 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1304 0 0 V 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 43 0 * * * * * * 1304 0 0 P 44 * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * 44 0 * * * * * * 1304 0 0 D 45 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1304 0 0 I 46 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1304 0 0 T 47 * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * 47 0 * * * * * * 1304 0 0 G 48 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1304 0 0 V 49 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 49 0 * * * * * * 1304 0 0 L 50 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1304 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1304 0 0 V 52 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 52 0 * * * * * * 1304 0 0 Y 53 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 53 0 * * * * * * 1304 0 0 A 54 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1304 0 0 E 55 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1304 0 0 R 56 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 56 0 * * * * * * 1304 0 0 R 57 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 57 0 * * * * * * 1304 0 0 R 58 * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * 58 0 * * * * * * 1304 0 0 T 59 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 59 0 * * * * * * 1304 0 0 A 60 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 60 0 * * * * * * 1304 0 0 A 61 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 D 62 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 R 63 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 M 64 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 L 65 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 D 66 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //