HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/81b37e9b43cc0e1e/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/81b37e9b43cc0e1e/query.hhm DATE Thu Jan 12 07:49:51 2012 LENG 72 match states, 72 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.1 EVD 0.4780 2.8470 SEQ >ss_pred CCCCCCCHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCEEECCC >ss_conf 987635201122102111454203441100135546735656766655433332100125478885045139 >Consensus mtnpixxnnxsqsxniaxatgdevvsldkhixtsatdtdqiqafivstwmaxfqndmysxdnpispyyxxew >batch____ MTNPIGINNLSQSSNIANATGDEVVSLDKHINTSATDTDQIQAFIVSTWMAPFQNDMYSEDNPISPYYKIEW >UniRef50_B7NW00(15-86:86) Putative uncharacterized protein ygeI n=2 Tax=Escherichia coli RepID=B7NW00_ECO7I E=1e-27 s/c=1.72 id=85% cov=101% MTNPINMNNFSQSLNIATATGDEVVSLDKHITTSATDTDQIQAFIVSTWMASFQNDMYSKDNPISPYYELEW # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1101 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 2 0 * * * * * * 1101 0 0 N 3 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1101 0 0 P 4 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1101 0 0 I 5 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1101 0 0 G 6 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1101 0 0 I 7 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1101 0 0 N 8 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1101 0 0 N 9 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1101 0 0 L 10 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1101 0 0 S 11 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 11 0 * * * * * * 1101 0 0 Q 12 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 12 0 * * * * * * 1101 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1101 0 0 S 14 * * * * * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * 14 0 * * * * * * 1101 0 0 N 15 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1101 0 0 I 16 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1101 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1101 0 0 N 18 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 18 0 * * * * * * 1101 0 0 A 19 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1101 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1101 0 0 G 21 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1101 0 0 D 22 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1101 0 0 E 23 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1101 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1101 0 0 V 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 25 0 * * * * * * 1101 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 26 0 * * * * * * 1101 0 0 L 27 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1101 0 0 D 28 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1101 0 0 K 29 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1101 0 0 H 30 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1101 0 0 I 31 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1101 0 0 N 32 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 32 0 * * * * * * 1101 0 0 T 33 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 33 0 * * * * * * 1101 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 34 0 * * * * * * 1101 0 0 A 35 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1101 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 36 0 * * * * * * 1101 0 0 D 37 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1101 0 0 T 38 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 38 0 * * * * * * 1101 0 0 D 39 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1101 0 0 Q 40 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 40 0 * * * * * * 1101 0 0 I 41 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1101 0 0 Q 42 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 42 0 * * * * * * 1101 0 0 A 43 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1101 0 0 F 44 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1101 0 0 I 45 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1101 0 0 V 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 46 0 * * * * * * 1101 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 47 0 * * * * * * 1101 0 0 T 48 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 48 0 * * * * * * 1101 0 0 W 49 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 49 0 * * * * * * 1101 0 0 M 50 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1101 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1101 0 0 P 52 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 52 0 * * * * * * 1101 0 0 F 53 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1101 0 0 Q 54 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 54 0 * * * * * * 1101 0 0 N 55 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1101 0 0 D 56 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1101 0 0 M 57 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1101 0 0 Y 58 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 58 0 * * * * * * 1101 0 0 S 59 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 59 0 * * * * * * 1101 0 0 E 60 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1101 0 0 D 61 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1101 0 0 N 62 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1101 0 0 P 63 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1101 0 0 I 64 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1101 0 0 S 65 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 65 0 * * * * * * 1101 0 0 P 66 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1101 0 0 Y 67 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 67 0 * * * * * * 1101 0 0 Y 68 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 68 0 * * * * * * 1101 0 0 K 69 * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1101 0 0 I 70 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1101 0 0 E 71 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1101 0 0 W 72 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 72 0 * * 0 * * * 1101 0 0 //