HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/7aab9e1326277242/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/7aab9e1326277242/query.hhm DATE Tue Jan 17 15:33:16 2012 LENG 78 match states, 78 columns in multiple alignment FILT 1 out of 3 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.5181 3.5135 SEQ >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCEEEEEEEEEECCCCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCEEEEEEEECCCCCEEEEEEC >ss_conf 950465699997535320258884367876553012378323677898887530766136788995288623566659 >Consensus mfkksvlfatllsgvmafstnaddkiilkhisvssvsasptvledtiadiarkynasswkvtsmridnnstatavlyk >batch____ MFKKSVLFATLLSGVMAFSTNADDKIILKHISVSSVSASPTVLEDTIADIARKYNASSWKVTSMRIDNNSTATAVLYK # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 F 2 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 K 3 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 K 4 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 S 5 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 V 6 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 L 7 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 F 8 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 A 9 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 T 10 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 L 11 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 G 14 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 V 15 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 M 16 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 F 18 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 S 19 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 T 20 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 N 21 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 A 22 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 D 23 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 D 24 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 K 25 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 I 26 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 I 27 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 L 28 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 K 29 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 H 30 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 I 31 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 S 32 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 V 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 S 35 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 S 37 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 P 40 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 T 41 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 V 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 L 43 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 E 44 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 D 45 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 T 46 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 I 47 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 A 48 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 D 49 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 I 50 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 K 53 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 54 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 54 0 * * * * * * 1000 0 0 N 55 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 A 56 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 S 57 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 S 58 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 W 59 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 K 60 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 V 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 T 62 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 S 63 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 M 64 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 R 65 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 I 66 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 D 67 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 N 68 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 N 69 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 S 70 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 T 71 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 A 72 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 T 73 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 A 74 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 V 75 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 L 76 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 77 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 77 0 * * * * * * 1000 0 0 K 78 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 78 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //