HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/5f13aa333047d45c/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/5f13aa333047d45c/query.hhm DATE Sat Jan 7 20:57:57 2012 LENG 47 match states, 47 columns in multiple alignment FILT 1 out of 3 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.5050 3.6934 SEQ >ss_pred CCCHHHHHHHHHHCCEEEEECCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHCCC >ss_conf 94113478766424416776168820554334468888866420269 >Consensus mcgifskevlskhvdveyrfsaepyigascsnvsvlsmlclrakkti >batch____ MCGIFSKEVLSKHVDVEYRFSAEPYIGASCSNVSVLSMLCLRAKKTI # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 C 2 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 G 3 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 I 4 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 F 5 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 S 6 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 K 7 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 E 8 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 V 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 S 11 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 K 12 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 H 13 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 V 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 D 15 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 V 16 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 E 17 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 18 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 18 0 * * * * * * 1000 0 0 R 19 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 F 20 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 A 22 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 E 23 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 P 24 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 25 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 25 0 * * * * * * 1000 0 0 I 26 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 G 27 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 A 28 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 C 30 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 S 31 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 N 32 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 V 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 V 35 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 L 36 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 S 37 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 M 38 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 L 39 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 C 40 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 R 42 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 A 43 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 K 44 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 K 45 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 T 46 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 I 47 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 47 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //