HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/5086476c64857c08/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/5086476c64857c08/query.hhm DATE Mon Jan 9 23:14:56 2012 LENG 70 match states, 70 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4302 0.5146 SEQ >ss_pred CCCCHHHHCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCHHHCCC >ss_conf 9764201011257899999999998688875012356021359999999999986688421643221059 >Consensus mxlxxkirrdwhxyaxaxglifixngvigllgfeakgwqtyavglvtwiixfwxagxiirrrxeexxxax >batch____ MNLPVKIRRDWHYYAFAIGLIFILNGVVGLLGFEAKGWQTYAVGLVTWVISFWLAGLIIRRRDEETENAQ >UniRef50_A7MLV4(14-83:84) Putative uncharacterized protein n=32 Tax=Enterobacteriaceae RepID=A7MLV4_ENTS8 E=1e-25 s/c=1.67 id=75% cov=101% MQLSAKIRRDWHFYAVALGLIFIMNGVIGLLGFEAKGWQTYAVGLVTWIICFWIAGFIIRRRPEESNAAE # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1183 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1183 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1183 0 0 P 4 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * 4 0 * * * * * * 1183 0 0 V 5 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * 5 0 * * * * * * 1183 0 0 K 6 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1183 0 0 I 7 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1183 0 0 R 8 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 8 0 * * * * * * 1183 0 0 R 9 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 9 0 * * * * * * 1183 0 0 D 10 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1183 0 0 W 11 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 11 0 * * * * * * 1183 0 0 H 12 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1183 0 0 Y 13 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 13 0 * * * * * * 1183 0 0 Y 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 14 0 * * * * * * 1183 0 0 A 15 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1183 0 0 F 16 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 1000 * * 16 0 * * * * * * 1183 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1183 0 0 I 18 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1183 0 0 G 19 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1183 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1183 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1183 0 0 F 22 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1183 0 0 I 23 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1183 0 0 L 24 * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1183 0 0 N 25 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1183 0 0 G 26 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1183 0 0 V 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 27 0 * * * * * * 1183 0 0 V 28 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 28 0 * * * * * * 1183 0 0 G 29 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1183 0 0 L 30 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1183 0 0 L 31 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1183 0 0 G 32 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1183 0 0 F 33 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1183 0 0 E 34 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1183 0 0 A 35 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1183 0 0 K 36 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1183 0 0 G 37 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1183 0 0 W 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 38 0 * * * * * * 1183 0 0 Q 39 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 39 0 * * * * * * 1183 0 0 T 40 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 40 0 * * * * * * 1183 0 0 Y 41 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 41 0 * * * * * * 1183 0 0 A 42 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1183 0 0 V 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 43 0 * * * * * * 1183 0 0 G 44 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1183 0 0 L 45 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1183 0 0 V 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 46 0 * * * * * * 1183 0 0 T 47 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 47 0 * * * * * * 1183 0 0 W 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 48 0 * * * * * * 1183 0 0 V 49 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * 49 0 * * * * * * 1183 0 0 I 50 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1183 0 0 S 51 * 1000 * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 51 0 * * * * * * 1183 0 0 F 52 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1183 0 0 W 53 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 53 0 * * * * * * 1183 0 0 L 54 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1183 0 0 A 55 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1183 0 0 G 56 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1183 0 0 L 57 * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1183 0 0 I 58 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1183 0 0 I 59 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1183 0 0 R 60 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 60 0 * * * * * * 1183 0 0 R 61 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 61 0 * * * * * * 1183 0 0 R 62 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 62 0 * * * * * * 1183 0 0 D 63 * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1183 0 0 E 64 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1183 0 0 E 65 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1183 0 0 T 66 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 66 0 * * * * * * 1183 0 0 E 67 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1183 0 0 N 68 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1183 0 0 A 69 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1183 0 0 Q 70 * * * 1000 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * 70 0 * * 0 * * * 1183 0 0 //