HHsearch 1.5
NAME  batch____
FAM   
FILE  query
COM   //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/4b89a013447e4862/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/4b89a013447e4862/query.hhm 
DATE  Mon Jan 16 00:07:35 2012
LENG  34 match states, 34 columns in multiple alignment
FILT  2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100)
NEFF  1.2 
EVD   0.4820  1.7956 
SEQ
>ss_pred
CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCC
>ss_conf
9588999999999989999999999999985159
>Consensus
mndqmfietliixxsffxiaxxlvlsvlxxerxg
>batch____
MNDQMFVETLIITSSFFAIAVVLVLSVLLIERTG
>UniRef50_D2TUH6(1-34:34) Putative membrane protein n=1 Tax=Citrobacter rodentium ICC168 RepID=D2TUH6_CITRO  E=4e-06 s/c=1.55 id=71% cov=103%
MNDQMFIETLIIAFSFFTIAALLVLSVLILERSG
#
NULL   3706	5728	4211	4064	4839	3729	4763	4308	4069	3323	5509	4640	4464	4937	4285	4423	3815	3783	6325	4665	
HMM    A	C	D	E	F	G	H	I	K	L	M	N	P	Q	R	S	T	V	W	Y	
       M->M	M->I	M->D	I->M	I->I	D->M	D->D	Neff	Neff_I	Neff_D
       0	*	*	0	*	0	*	*	*	*	
M 1    *	*	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	1
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

N 2    *	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	2
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

D 3    *	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	3
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

Q 4    *	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	4
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

M 5    *	*	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	5
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

F 6    *	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	6
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

V 7    *	*	*	*	*	*	*	1000	*	*	*	*	*	*	*	*	*	1000	*	*	7
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

E 8    *	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	8
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

T 9    *	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	9
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

L 10   *	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	10
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

I 11   *	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	11
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

I 12   *	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	12
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

T 13   1000	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	1000	*	*	*	13
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

S 14   *	*	*	*	1000	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	1000	*	*	*	*	14
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

S 15   *	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	15
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

F 16   *	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	16
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

F 17   *	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	17
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

A 18   1000	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	1000	*	*	*	18
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

I 19   *	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	19
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

A 20   0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	20
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

V 21   1000	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	1000	*	*	21
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

V 22   *	*	*	*	*	*	*	*	*	1000	*	*	*	*	*	*	*	1000	*	*	22
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

L 23   *	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	23
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

V 24   *	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	24
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

L 25   *	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	25
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

S 26   *	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	26
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

V 27   *	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	27
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

L 28   *	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	28
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

L 29   *	*	*	*	*	*	*	1000	*	1000	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	29
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

I 30   *	*	*	*	*	*	*	1000	*	1000	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	30
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

E 31   *	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	31
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

R 32   *	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	32
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

T 33   *	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	1000	1000	*	*	*	33
       0	*	*	*	*	*	*	1201	0	0	

G 34   *	*	*	*	*	0	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	34
       0	*	*	0	*	*	*	1201	0	0	

//