HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/460ca850ba7440ca/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/460ca850ba7440ca/query.hhm DATE Wed Jan 18 09:47:15 2012 LENG 92 match states, 92 columns in multiple alignment FILT 1 out of 3 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4683 1.9130 SEQ >ss_pred CCCCEEEEEECCHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCEEEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCC >ss_conf 96411210111535888988876400102665565300077000355467776206677524554530046530688789870146886689 >Consensus mkrnlikvvkmkpyfaalmlsvsvlpayagplgtadkadlpqsnvsspmmaqslrqpdlqpistdrktecfrlytpdrkpgvncvpdgstgh >batch____ MKRNLIKVVKMKPYFAALMLSVSVLPAYAGPLGTADKADLPQSNVSSPMMAQSLRQPDLQPISTDRKTECFRLYTPDRKPGVNCVPDGSTGH # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 N 4 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 I 6 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 K 7 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 V 9 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 K 10 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 M 11 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 K 12 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 P 13 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 14 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 14 0 * * * * * * 1000 0 0 F 15 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 A 16 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 A 17 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 L 18 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 M 19 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 L 20 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 V 22 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 S 23 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 L 25 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 P 26 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 A 27 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 28 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 28 0 * * * * * * 1000 0 0 A 29 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 G 30 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 P 31 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 L 32 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 G 33 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 T 34 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 A 35 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 D 36 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 K 37 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 A 38 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 D 39 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 P 41 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 42 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 S 43 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 N 44 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 V 45 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 S 46 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 S 47 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 P 48 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 M 49 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 M 50 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 52 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 S 53 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 L 54 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 R 55 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 56 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 P 57 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 D 58 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 L 59 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 60 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 P 61 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 I 62 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 S 63 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 T 64 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 D 65 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 R 66 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 K 67 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 T 68 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 E 69 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 C 70 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 F 71 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 R 72 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 L 73 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 74 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 74 0 * * * * * * 1000 0 0 T 75 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 P 76 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 D 77 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 R 78 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 K 79 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 P 80 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 G 81 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 V 82 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 N 83 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 C 84 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 V 85 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 P 86 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 D 87 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 G 88 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 S 89 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 T 90 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 G 91 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 H 92 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //