HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/44f06355961278d6/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/44f06355961278d6/query.hhm DATE Tue Jan 17 15:45:53 2012 LENG 196 match states, 196 columns in multiple alignment FILT 1 out of 3 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4490 0.1024 SEQ >ss_pred CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEEECCCCCCCEEEEEHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHHHCCCCCEEEE CCEEEEEEEEECCCCCCCCHHHCCCCCCHHHHHHCCCCHHCCCCCCEEEHHHHHCCCCCCCCCCCEEEEEEEEEECCEEEEECCCCCCCCCCCCCC >ss_conf 9532444558899889987678870668999998887887642058822245022314887753057520000242111158999999731045650320 103577531101111220010025877066887608702118852001035440889740146731332101111002456426411146322259 >Consensus mtaltpfsaaptgppspaprskpcpstliaawvrkmrvswleskcdtpfannlsfissgssssssftlastacrnsclcsssiffqvlrrncssnccsis nvdislsafsfnrfetsskmarynlpcprsllailsppkccnspaiscqlrrccsgcpsidlnsslristlerrvlpfslwvsnrakfancsslqc >batch____ MTALTPFSAAPTGPPSPAPRSKPCPSTLIAAWVRKMRVSWLESKCDTPFANNLSFISSGSSSSSSFTLASTACRNSCLCSSSIFFQVLRRNCSSNCCSIS NVDISLSAFSFNRFETSSKMARYNLPCPRSLLAILSPPKCCNSPAISCQLRRCCSGCPSIDLNSSLRISTLERRVLPFSLWVSNRAKFANCSSLQC # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 A 3 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 T 5 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 P 6 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 F 7 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 S 8 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 A 9 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 P 11 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 T 12 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 G 13 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 P 14 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 P 15 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 S 16 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 P 17 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 P 19 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 R 20 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 K 22 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 P 23 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 C 24 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 P 25 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 S 26 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 T 27 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 L 28 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 I 29 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 A 30 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 A 31 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 W 32 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 V 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 R 34 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 K 35 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 M 36 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 R 37 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 S 39 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 W 40 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 S 43 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 K 44 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 C 45 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 D 46 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 T 47 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 P 48 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 F 49 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 A 50 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 N 51 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 N 52 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 L 53 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 S 54 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 F 55 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 I 56 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 S 57 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 S 58 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 G 59 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 S 60 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 S 61 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 S 62 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 S 63 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 S 64 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 S 65 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 F 66 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 T 67 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 L 68 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 A 69 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 S 70 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 T 71 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 A 72 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 C 73 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 R 74 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 N 75 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 S 76 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 C 77 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 L 78 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 C 79 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 S 80 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 S 81 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 S 82 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 82 0 * * * * * * 1000 0 0 I 83 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 F 84 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 F 85 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 86 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 V 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 87 0 * * * * * * 1000 0 0 L 88 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 88 0 * * * * * * 1000 0 0 R 89 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 R 90 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 N 91 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 C 92 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 S 93 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 S 94 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 N 95 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 C 96 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 C 97 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 S 98 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 I 99 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 S 100 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 N 101 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 V 102 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 D 103 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 I 104 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 S 105 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 L 106 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 S 107 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 A 108 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 F 109 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 S 110 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 F 111 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * * * * * 1000 0 0 N 112 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 112 0 * * * * * * 1000 0 0 R 113 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 113 0 * * * * * * 1000 0 0 F 114 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 114 0 * * * * * * 1000 0 0 E 115 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 115 0 * * * * * * 1000 0 0 T 116 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 116 0 * * * * * * 1000 0 0 S 117 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 117 0 * * * * * * 1000 0 0 S 118 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 118 0 * * * * * * 1000 0 0 K 119 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 119 0 * * * * * * 1000 0 0 M 120 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 120 0 * * * * * * 1000 0 0 A 121 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 121 0 * * * * * * 1000 0 0 R 122 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 122 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 123 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 123 0 * * * * * * 1000 0 0 N 124 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 124 0 * * * * * * 1000 0 0 L 125 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 125 0 * * * * * * 1000 0 0 P 126 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 126 0 * * * * * * 1000 0 0 C 127 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 127 0 * * * * * * 1000 0 0 P 128 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 128 0 * * * * * * 1000 0 0 R 129 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 129 0 * * * * * * 1000 0 0 S 130 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 130 0 * * * * * * 1000 0 0 L 131 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 131 0 * * * * * * 1000 0 0 L 132 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 132 0 * * * * * * 1000 0 0 A 133 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 133 0 * * * * * * 1000 0 0 I 134 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 134 0 * * * * * * 1000 0 0 L 135 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 135 0 * * * * * * 1000 0 0 S 136 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 136 0 * * * * * * 1000 0 0 P 137 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 137 0 * * * * * * 1000 0 0 P 138 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 138 0 * * * * * * 1000 0 0 K 139 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 139 0 * * * * * * 1000 0 0 C 140 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 140 0 * * * * * * 1000 0 0 C 141 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 141 0 * * * * * * 1000 0 0 N 142 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 142 0 * * * * * * 1000 0 0 S 143 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 143 0 * * * * * * 1000 0 0 P 144 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 144 0 * * * * * * 1000 0 0 A 145 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 145 0 * * * * * * 1000 0 0 I 146 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 146 0 * * * * * * 1000 0 0 S 147 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 147 0 * * * * * * 1000 0 0 C 148 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 148 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 149 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 149 0 * * * * * * 1000 0 0 L 150 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 150 0 * * * * * * 1000 0 0 R 151 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 151 0 * * * * * * 1000 0 0 R 152 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 152 0 * * * * * * 1000 0 0 C 153 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 153 0 * * * * * * 1000 0 0 C 154 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 154 0 * * * * * * 1000 0 0 S 155 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 155 0 * * * * * * 1000 0 0 G 156 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 156 0 * * * * * * 1000 0 0 C 157 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 157 0 * * * * * * 1000 0 0 P 158 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 158 0 * * * * * * 1000 0 0 S 159 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 159 0 * * * * * * 1000 0 0 I 160 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 160 0 * * * * * * 1000 0 0 D 161 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 161 0 * * * * * * 1000 0 0 L 162 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 162 0 * * * * * * 1000 0 0 N 163 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 163 0 * * * * * * 1000 0 0 S 164 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 164 0 * * * * * * 1000 0 0 S 165 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 165 0 * * * * * * 1000 0 0 L 166 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 166 0 * * * * * * 1000 0 0 R 167 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 167 0 * * * * * * 1000 0 0 I 168 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 168 0 * * * * * * 1000 0 0 S 169 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 169 0 * * * * * * 1000 0 0 T 170 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 170 0 * * * * * * 1000 0 0 L 171 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 171 0 * * * * * * 1000 0 0 E 172 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 172 0 * * * * * * 1000 0 0 R 173 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 173 0 * * * * * * 1000 0 0 R 174 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 174 0 * * * * * * 1000 0 0 V 175 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 175 0 * * * * * * 1000 0 0 L 176 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 176 0 * * * * * * 1000 0 0 P 177 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 177 0 * * * * * * 1000 0 0 F 178 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 178 0 * * * * * * 1000 0 0 S 179 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 179 0 * * * * * * 1000 0 0 L 180 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 180 0 * * * * * * 1000 0 0 W 181 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 181 0 * * * * * * 1000 0 0 V 182 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 182 0 * * * * * * 1000 0 0 S 183 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 183 0 * * * * * * 1000 0 0 N 184 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 184 0 * * * * * * 1000 0 0 R 185 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 185 0 * * * * * * 1000 0 0 A 186 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 186 0 * * * * * * 1000 0 0 K 187 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 187 0 * * * * * * 1000 0 0 F 188 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 188 0 * * * * * * 1000 0 0 A 189 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 189 0 * * * * * * 1000 0 0 N 190 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 190 0 * * * * * * 1000 0 0 C 191 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 191 0 * * * * * * 1000 0 0 S 192 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 192 0 * * * * * * 1000 0 0 S 193 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 193 0 * * * * * * 1000 0 0 L 194 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 194 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 195 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 195 0 * * * * * * 1000 0 0 C 196 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 196 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //