HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/37b84844099e6b92/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/37b84844099e6b92/query.hhm DATE Mon Jan 9 20:57:36 2012 LENG 57 match states, 57 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.3 EVD 0.4671 2.3204 SEQ >ss_pred CCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEHHEEEEHHHHHCCCCCEEEEEEEC >ss_conf 988998866554699999999998765335400012210133201632001687749 >Consensus mniexlkxxaexxixxxixxkixelxkxtgkevsxixftarekmtglesydvkixxx >batch____ MNIEELKKQAETEIADFIAQKIAELNKNTGKEVSEIRFTAREKMTGLESYDVKIKIM >UniRef50_P77695(1-57:57) Protein gnsB n=89 Tax=Enterobacteriaceae RepID=GNSB_ECOLI E=5e-14 s/c=1.38 id=66% cov=102% MNIENLKTKAEADISEYITKKIIELKKKTGKEVTSIQFTAREKMTGLESYDVKINLI # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1260 0 0 N 2 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1260 0 0 I 3 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1260 0 0 E 4 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1260 0 0 E 5 * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1260 0 0 L 6 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1260 0 0 K 7 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1260 0 0 K 8 * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * 8 0 * * * * * * 1260 0 0 Q 9 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 9 0 * * * * * * 1260 0 0 A 10 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1260 0 0 E 11 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1260 0 0 T 12 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 12 0 * * * * * * 1260 0 0 E 13 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1260 0 0 I 14 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1260 0 0 A 15 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 15 0 * * * * * * 1260 0 0 D 16 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1260 0 0 F 17 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 17 0 * * * * * * 1260 0 0 I 18 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1260 0 0 A 19 1000 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * 19 0 * * * * * * 1260 0 0 Q 20 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 20 0 * * * * * * 1260 0 0 K 21 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1260 0 0 I 22 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1260 0 0 A 23 1000 * * * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1260 0 0 E 24 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1260 0 0 L 25 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1260 0 0 N 26 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1260 0 0 K 27 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1260 0 0 N 28 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1260 0 0 T 29 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 29 0 * * * * * * 1260 0 0 G 30 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1260 0 0 K 31 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1260 0 0 E 32 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1260 0 0 V 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 33 0 * * * * * * 1260 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * 34 0 * * * * * * 1260 0 0 E 35 * * * 1000 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 35 0 * * * * * * 1260 0 0 I 36 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1260 0 0 R 37 * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * 37 0 * * * * * * 1260 0 0 F 38 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1260 0 0 T 39 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 39 0 * * * * * * 1260 0 0 A 40 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1260 0 0 R 41 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 41 0 * * * * * * 1260 0 0 E 42 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1260 0 0 K 43 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1260 0 0 M 44 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1260 0 0 T 45 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 45 0 * * * * * * 1260 0 0 G 46 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1260 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1260 0 0 E 48 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1260 0 0 S 49 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 49 0 * * * * * * 1260 0 0 Y 50 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 50 0 * * * * * * 1260 0 0 D 51 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1260 0 0 V 52 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 52 0 * * * * * * 1260 0 0 K 53 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1260 0 0 I 54 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1260 0 0 K 55 * * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1260 0 0 I 56 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1260 0 0 M 57 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 57 0 * * 0 * * * 1260 0 0 //