HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/265e65f9f3f7b14b/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/265e65f9f3f7b14b/query.hhm DATE Wed Jan 18 20:59:28 2012 LENG 56 match states, 56 columns in multiple alignment FILT 2 out of 4 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.2 EVD 0.4583 2.3369 SEQ >ss_pred CCCHHHHHHCCCEEECCCHHHCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCC >ss_conf 94225445428254325201008666810082033166887667889987641259 >Consensus mxtpxxrvxxxxixrvpxrrkrkpexkpsxxptlxxytaxlvdxkwlrlaarrxhx >batch____ MATPLIRVMNGHIYRVPNRRKRKPELKPSEIPTLLGYTASLVDKKWLRLAARRSHG >UniRef50_UPI00018263B3(1-56:56) prophage protein NinE n=1 Tax=Enterobacter cancerogenus ATCC 35316 RepID=UPI00018263B3 E=2e-15 s/c=1.49 id=67% cov=102% MSTPISRVITNEIFRVPARRKRKPEVKPSDTPTLKDYTARLVDQKWLRLAARRNHA # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1250 0 0 A 2 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 2 0 * * * * * * 1250 0 0 T 3 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 3 0 * * * * * * 1250 0 0 P 4 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1250 0 0 L 5 * * * * * * * 1000 * 1000 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1250 0 0 I 6 * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * * * 6 0 * * * * * * 1250 0 0 R 7 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 7 0 * * * * * * 1250 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1250 0 0 M 9 * * * * * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1250 0 0 N 10 * * * * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * 10 0 * * * * * * 1250 0 0 G 11 * * * * * 1000 * * * * * 1000 * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1250 0 0 H 12 * * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1250 0 0 I 13 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1250 0 0 Y 14 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 1000 14 0 * * * * * * 1250 0 0 R 15 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 15 0 * * * * * * 1250 0 0 V 16 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 16 0 * * * * * * 1250 0 0 P 17 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1250 0 0 N 18 1000 * * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1250 0 0 R 19 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 19 0 * * * * * * 1250 0 0 R 20 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 20 0 * * * * * * 1250 0 0 K 21 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1250 0 0 R 22 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 22 0 * * * * * * 1250 0 0 K 23 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1250 0 0 P 24 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1250 0 0 E 25 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1250 0 0 L 26 * * * * * * * * * 1000 * * * * * * * 1000 * * 26 0 * * * * * * 1250 0 0 K 27 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1250 0 0 P 28 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1250 0 0 S 29 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 29 0 * * * * * * 1250 0 0 E 30 * * 1000 1000 * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1250 0 0 I 31 * * * * * * * 1000 * * * * * * * * 1000 * * * 31 0 * * * * * * 1250 0 0 P 32 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1250 0 0 T 33 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 33 0 * * * * * * 1250 0 0 L 34 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1250 0 0 L 35 * * * * * * * * 1000 1000 * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1250 0 0 G 36 * * 1000 * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 36 0 * * * * * * 1250 0 0 Y 37 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 37 0 * * * * * * 1250 0 0 T 38 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 38 0 * * * * * * 1250 0 0 A 39 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1250 0 0 S 40 * * * * * * * * * * * * * * 1000 1000 * * * * 40 0 * * * * * * 1250 0 0 L 41 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1250 0 0 V 42 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 42 0 * * * * * * 1250 0 0 D 43 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1250 0 0 K 44 * * * * * * * * 1000 * * * * 1000 * * * * * * 44 0 * * * * * * 1250 0 0 K 45 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1250 0 0 W 46 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 46 0 * * * * * * 1250 0 0 L 47 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1250 0 0 R 48 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 48 0 * * * * * * 1250 0 0 L 49 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1250 0 0 A 50 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 50 0 * * * * * * 1250 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1250 0 0 R 52 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 52 0 * * * * * * 1250 0 0 R 53 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 53 0 * * * * * * 1250 0 0 S 54 * * * * * * * * * * * 1000 * * * 1000 * * * * 54 0 * * * * * * 1250 0 0 H 55 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1250 0 0 G 56 1000 * * * * 1000 * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * 0 * * * 1250 0 0 //