HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/191042b61964e377/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/191042b61964e377/query.hhm DATE Sun Jan 15 05:48:27 2012 LENG 73 match states, 73 columns in multiple alignment FILT 1 out of 3 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4484 1.6540 SEQ >ss_pred CCCCHHHHHHHHHHHCCCCCCCCEEEECCCCCEEEECCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHHHHHHEEEEECC >ss_conf 9601128999998630026786100464786588402210265333300000001113556432201013229 >Consensus mkrlipvalltallagcahdspcvpvyddqgrlvhtntcmkgttqdnwetagaiaggaaavagltmgiialsk >batch____ MKRLIPVALLTALLAGCAHDSPCVPVYDDQGRLVHTNTCMKGTTQDNWETAGAIAGGAAAVAGLTMGIIALSK # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 K 2 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 R 3 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 L 4 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 I 5 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 P 6 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 V 7 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 A 8 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 L 9 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 L 10 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 T 11 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 A 12 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 L 14 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 A 15 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 G 16 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 C 17 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 A 18 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 H 19 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 D 20 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 P 22 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 C 23 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 P 25 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 V 26 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 27 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 27 0 * * * * * * 1000 0 0 D 28 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 D 29 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 30 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 G 31 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 R 32 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 L 33 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 V 34 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 H 35 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 N 37 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 T 38 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 C 39 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 M 40 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 K 41 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 G 42 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 T 43 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 T 44 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 45 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 D 46 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 N 47 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 W 48 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 E 49 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 49 0 * * * * * * 1000 0 0 T 50 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 A 51 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 G 52 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 52 0 * * * * * * 1000 0 0 A 53 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 I 54 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 A 55 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 G 56 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 G 57 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 57 0 * * * * * * 1000 0 0 A 58 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 A 59 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 A 60 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 V 61 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 A 62 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 G 63 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 L 64 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 T 65 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 M 66 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 G 67 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 I 68 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 I 69 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 A 70 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 L 71 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 S 72 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 K 73 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 73 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //