Email l.a.kelley@imperial.ac.uk Description P76464 Date Wed Jan 25 15:21:08 GMT 2012 Unique Job ID 169b609148868c42

Secondary structure and disorder prediction

		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60
Sequence		M	D	T	Q	R	F	Q	S	Q	F	H	W	H	L	S	F	K	F	S	G	A	I	A	A	C	L	S	L	S	L	V	G	T	G	L	A	N	A	D	D	S	L	P	S	S	N	Y	A	P	P	A	G	G	T	F	F	L	L	A	D
Secondary structure
SS confidence
Disorder		?	?	?	?	?	?	?																								?	?	?	?	?		?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?		?								?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120
Sequence		S	S	F	S	S	S	E	E	A	K	V	R	L	E	A	P	G	R	D	Y	R	R	Y	Q	M	E	E	Y	G	G	V	D	V	R	L	Y	R	I	P	D	P	M	A	F	L	R	Q	Q	K	N	L	H	R	I	V	V	Q	P	Q	Y
Secondary structure
SS confidence
Disorder		?	?	?	?			?	?						?		?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?				?											?	?		?	?	?	?	?	?				?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180
Sequence		L	G	D	G	L	N	N	T	L	T	W	L	W	D	N	W	Y	G	K	S	R	R	V	M	Q	R	T	F	S	S	Q	S	R	Q	N	V	T	Q	A	L	P	E	L	Q	L	G	N	A	I	I	K	P	S	R	Y	V	Q	N	N	Q
Secondary structure
SS confidence
Disorder				?					?				?		?	?	?									?	?						?					?					?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Sequence		F	S	P	L	K	K	Y	P	L	V	K	Q	F	R	Y	P	L	W	Q	A	K	P	F	E	P	Q	Q	G	V	K	L	E	G	A	S	S	N	F	I	S	P	Q	P	G	N	I	Y	I	P	L	G	Q	Q	E	P	G	L	Y	L	V
Secondary structure
SS confidence
Disorder		?	?	?	?	?	?														?	?		?												?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Sequence		E	A	M	V	G	G	Y	R	A	T	T	V	V	F	V	S	D	T	V	A	L	S	K	V	S	G	K	E	L	L	V	W	T	A	G	K	K	Q	G	E	A	K	P	G	S	E	I	L	W	T	D	G	L	G	V	M	T	R	G	V
Secondary structure
SS confidence
Disorder																																									?														?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360
Sequence		T	D	D	S	G	T	L	Q	L	Q	H	I	S	P	E	R	S	Y	I	L	G	K	D	A	E	G	G	V	F	V	S	E	N	F	F	Y	E	S	E	I	Y	N	T	R	L	Y	I	F	T	D	R	P	L	Y	R	A	G	D	R	V
Secondary structure
SS confidence
Disorder																																		?	?	?	?	?	?		?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420
Sequence		D	V	K	V	I	G	R	E	F	H	D	P	L	H	S	S	P	I	V	S	A	P	A	K	L	S	V	L	D	A	N	G	S	L	L	Q	T	V	N	V	T	L	D	A	R	N	G	G	Q	G	S	F	R	L	P	E	N	A	V	A
Secondary structure
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Disorder												?	?	?	?	?	?	?	?	?	?																																				?	?	?	?	?
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		.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
Sequence		G	G	Y	E	L	R	L	A	Y	R	N	Q	V	Y	S	S	S	F	R	V	A	N	Y	I	K	P	H	F	E	I	G	L	A	L	A	K	K	E	F	K	T	G	E	A	V	S	G	K	L	Q	L	L	Y	P	D	G	E	P	V	K
Secondary structure
SS confidence
Disorder		?											?	?	?																					?	?	?	?	?	?	?
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		.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540
Sequence		N	A	R	V	Q	L	S	L	R	A	Q	Q	L	S	M	V	G	N	D	L	R	Y	A	G	R	F	P	V	S	L	E	G	S	E	T	V	S	D	A	S	G	H	V	A	L	N	L	P	A	A	D	K	P	S	R	Y	L	L	T	V
Secondary structure
SS confidence
Disorder												?		?	?	?							?										?																			?	?	?
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		.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600
Sequence		S	A	S	D	G	A	A	Y	R	V	T	T	T	K	E	I	L	I	E	R	G	L	A	H	Y	S	L	S	T	A	A	Q	Y	S	N	S	G	E	S	V	V	F	R	Y	A	A	L	E	S	S	K	Q	V	P	V	T	Y	E	W	L
Secondary structure
SS confidence
Disorder						?		?	?												?		?									?	?																				?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660
Sequence		R	L	E	D	R	T	S	H	S	G	E	L	P	S	G	G	K	S	F	T	V	N	F	A	K	P	G	N	Y	N	L	T	L	R	D	K	D	G	L	I	L	A	G	L	S	H	A	V	S	G	K	G	S	T	A	H	T	G	T	V
Secondary structure
SS confidence
Disorder									?	?				?			?																						?	?												?	?	?	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720
Sequence		D	I	V	A	D	K	T	L	Y	Q	P	G	E	T	A	K	M	L	I	T	F	P	E	P	I	D	E	A	L	L	T	L	E	R	D	R	V	E	Q	Q	S	L	L	S	H	P	A	N	W	L	T	L	Q	R	L	N	D	T	Q	Y
Secondary structure
SS confidence
Disorder								?																																																	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780
Sequence		E	A	R	V	P	V	S	N	S	F	A	P	N	I	T	F	S	V	L	Y	T	R	N	G	Q	Y	S	F	Q	N	A	G	I	K	V	A	V	P	Q	L	D	I	R	V	K	T	D	K	T	H	Y	Q	P	G	E	L	V	N	V	E
Secondary structure
SS confidence
Disorder																																								?							?	?				?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840
Sequence		L	T	S	S	L	K	G	K	P	V	S	A	Q	L	T	V	G	V	V	D	E	M	I	Y	A	L	Q	P	E	I	A	P	N	I	G	K	F	F	Y	P	L	G	R	N	N	V	R	T	S	S	S	L	S	F	I	S	Y	D	Q	A
Secondary structure
SS confidence
Disorder					?	?	?																																						?	?													?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900
Sequence		L	S	S	E	P	V	A	P	G	A	T	N	R	S	E	R	R	V	K	M	L	E	R	P	R	R	E	E	V	D	T	A	A	W	M	P	S	L	T	T	D	K	Q	G	K	A	Y	F	T	F	L	M	P	D	S	L	T	R	W	R
Secondary structure
SS confidence
Disorder		?	?	?	?	?		?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?												?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960
Sequence		I	T	A	R	G	M	N	G	D	G	L	V	G	Q	G	R	A	Y	L	R	S	E	K	N	L	Y	M	K	W	S	M	P	T	V	Y	R	V	G	D	K	P	A	A	G	L	F	I	F	S	Q	Q	D	N	E	P	V	A	L	V	T
Secondary structure
SS confidence
Disorder																							?	?	?								?																							?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020
Sequence		K	F	A	G	A	E	M	R	Q	T	L	T	L	H	K	G	A	N	Y	I	S	L	T	Q	N	I	Q	Q	S	G	L	L	S	A	E	L	Q	Q	N	G	Q	V	Q	D	S	I	S	T	K	L	S	F	V	D	N	S	W	P	V	E
Secondary structure
SS confidence
Disorder					?	?	?	?																			?			?												?	?											?	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080
Sequence		Q	Q	K	N	V	M	L	G	G	G	D	N	A	L	M	L	P	E	Q	A	S	N	I	R	L	Q	S	S	E	T	P	Q	E	I	F	R	N	N	L	D	A	L	V	D	E	P	W	G	G	V	I	N	T	G	S	R	L	I	P	L
Secondary structure
SS confidence
Disorder									?		?	?	?																			?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140
Sequence		S	L	A	W	R	S	L	A	D	H	Q	S	A	A	A	N	D	I	R	Q	M	I	Q	D	N	R	L	R	L	M	Q	L	A	G	P	G	A	R	F	T	W	W	G	E	D	G	N	G	D	A	F	L	T	A	W	A	W	Y	A	D
Secondary structure
SS confidence
Disorder										?	?	?	?	?	?																		?	?	?	?			?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200
Sequence		W	Q	A	S	Q	A	I	G	V	T	Q	Q	P	E	Y	W	Q	H	M	L	D	S	Y	A	E	Q	A	D	N	M	P	L	L	H	R	A	L	V	L	A	W	A	Q	E	M	N	L	P	C	K	T	L	L	K	G	L	D	E	A	I
Secondary structure
SS confidence
Disorder																												?	?	?	?	?	?							?
Disorder confidence
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Sequence		A	R	R	G	T	K	T	E	D	F	S	E	E	D	T	R	D	I	N	D	S	L	I	L	D	T	P	E	S	P	L	A	D	A	V	A	N	V	L	T	M	T	L	L	K	K	A	Q	L	K	S	T	V	M	P	Q	V	Q	Q	Y
Secondary structure
SS confidence
Disorder							?	?	?	?	?	?	?	?														?	?	?	?															?	?	?	?	?	?	?
Disorder confidence
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Sequence		A	W	D	K	A	A	N	S	N	Q	P	L	A	H	T	V	V	L	L	N	S	G	G	D	A	T	Q	T	A	A	I	L	S	G	L	T	A	E	Q	S	T	I	E	R	A	L	A	M	N	W	L	A	K	Y	M	A	T	M	P	P
Secondary structure
SS confidence
Disorder				?	?		?	?	?														?	?	?	?	?	?										?	?	?	?																		?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380
Sequence		V	V	L	P	A	P	A	G	A	W	A	K	H	K	L	T	G	G	G	E	D	W	R	W	V	G	Q	G	V	P	D	I	L	S	F	G	D	E	L	S	P	Q	N	V	Q	V	R	W	R	E	P	A	K	M	A	Q	Q	S	N	I
Secondary structure
SS confidence
Disorder		?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?							?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?										?	?	?	?	?	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440
Sequence		P	V	T	V	E	R	Q	L	Y	R	L	I	P	G	E	E	E	M	S	F	I	L	Q	P	V	T	S	N	E	I	D	S	D	A	L	Y	L	D	E	I	T	L	T	S	E	Q	D	A	V	L	R	Y	G	Q	V	E	V	P	L	P
Secondary structure
SS confidence
Disorder															?	?	?	?	?								?	?	?	?	?	?	?	?	?												?	?			?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500
Sequence		P	G	A	D	V	E	R	T	T	W	G	I	S	V	N	K	P	N	A	A	K	Q	Q	G	Q	L	L	E	K	A	R	N	E	M	G	E	L	A	Y	M	V	P	V	K	E	L	T	G	T	V	T	F	R	H	L	L	R	F	S	Q
Secondary structure
SS confidence
Disorder								?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?	?
Disorder confidence
		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.
Sequence		K	G	Q	F	V	L	P	P	A	R	Y	V	R	S	Y	A	P	A	Q	Q	S	V	A	A	G	S	E	W	T	G	M	Q	V	K
Secondary structure
SS confidence
Disorder																						?	?		?		?	?							?
Disorder confidence