HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/0c21d6039901476d/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/0c21d6039901476d/query.hhm DATE Sat Jan 7 01:24:23 2012 LENG 111 match states, 111 columns in multiple alignment FILT 1 out of 3 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.4463 1.5013 SEQ >ss_pred CEEEEEECCCCEEEECCCEEEECCCCEEEECCCCCCCCHHHHHHHHCCCCCCCEEEEEHHHHHHHCCCEEEEEEHHHCCCCCCCCHHHHHHHHHCHHHHH HHCCCCCCCCC >ss_conf 9046331036200003550353265215403774444121101233044753202220898765404145100545502440276566566543315776 30012356889 >Consensus mqlmlfnlfspalklntglailspgafevhsdgidvdnelfhypikkaytpynihtykteevvnqmnikvknmtldeinntycnndyynqaireepidll drsfsssswpf >batch____ MQLMLFNLFSPALKLNTGLAILSPGAFEVHSDGIDVDNELFHYPIKKAYTPYNIHTYKTEEVVNQMNIKVKNMTLDEINNTYCNNDYYNQAIREEPIDLL DRSFSSSSWPF # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 2 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 L 3 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 M 4 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 L 5 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 F 6 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 N 7 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 L 8 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 F 9 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 S 10 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 P 11 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 A 12 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 L 13 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 K 14 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 L 15 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 N 16 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 T 17 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 G 18 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 L 19 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 A 20 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 I 21 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 S 23 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 P 24 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 A 26 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 F 27 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 E 28 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 V 29 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 H 30 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 S 31 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 D 32 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 G 33 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 I 34 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 D 35 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 V 36 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 D 37 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 N 38 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 E 39 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 F 41 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 H 42 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 43 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 43 0 * * * * * * 1000 0 0 P 44 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 I 45 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 K 46 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 46 0 * * * * * * 1000 0 0 K 47 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 47 0 * * * * * * 1000 0 0 A 48 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 48 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 49 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 49 0 * * * * * * 1000 0 0 T 50 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 50 0 * * * * * * 1000 0 0 P 51 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 51 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 52 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 52 0 * * * * * * 1000 0 0 N 53 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 53 0 * * * * * * 1000 0 0 I 54 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 54 0 * * * * * * 1000 0 0 H 55 * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * 55 0 * * * * * * 1000 0 0 T 56 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 56 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 57 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 57 0 * * * * * * 1000 0 0 K 58 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 58 0 * * * * * * 1000 0 0 T 59 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 59 0 * * * * * * 1000 0 0 E 60 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 60 0 * * * * * * 1000 0 0 E 61 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 61 0 * * * * * * 1000 0 0 V 62 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 62 0 * * * * * * 1000 0 0 V 63 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 63 0 * * * * * * 1000 0 0 N 64 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 64 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 65 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 65 0 * * * * * * 1000 0 0 M 66 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 66 0 * * * * * * 1000 0 0 N 67 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 67 0 * * * * * * 1000 0 0 I 68 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 68 0 * * * * * * 1000 0 0 K 69 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 69 0 * * * * * * 1000 0 0 V 70 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 70 0 * * * * * * 1000 0 0 K 71 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 71 0 * * * * * * 1000 0 0 N 72 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 72 0 * * * * * * 1000 0 0 M 73 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 73 0 * * * * * * 1000 0 0 T 74 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 74 0 * * * * * * 1000 0 0 L 75 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 75 0 * * * * * * 1000 0 0 D 76 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 76 0 * * * * * * 1000 0 0 E 77 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 77 0 * * * * * * 1000 0 0 I 78 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 78 0 * * * * * * 1000 0 0 N 79 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 79 0 * * * * * * 1000 0 0 N 80 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 80 0 * * * * * * 1000 0 0 T 81 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 81 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 82 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 82 0 * * * * * * 1000 0 0 C 83 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 83 0 * * * * * * 1000 0 0 N 84 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 84 0 * * * * * * 1000 0 0 N 85 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 85 0 * * * * * * 1000 0 0 D 86 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 86 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 87 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 87 0 * * * * * * 1000 0 0 Y 88 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 88 0 * * * * * * 1000 0 0 N 89 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 89 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 90 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 90 0 * * * * * * 1000 0 0 A 91 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 91 0 * * * * * * 1000 0 0 I 92 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 92 0 * * * * * * 1000 0 0 R 93 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 93 0 * * * * * * 1000 0 0 E 94 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 94 0 * * * * * * 1000 0 0 E 95 * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * 95 0 * * * * * * 1000 0 0 P 96 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 96 0 * * * * * * 1000 0 0 I 97 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 97 0 * * * * * * 1000 0 0 D 98 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 98 0 * * * * * * 1000 0 0 L 99 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 99 0 * * * * * * 1000 0 0 L 100 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 100 0 * * * * * * 1000 0 0 D 101 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 101 0 * * * * * * 1000 0 0 R 102 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 102 0 * * * * * * 1000 0 0 S 103 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 103 0 * * * * * * 1000 0 0 F 104 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 104 0 * * * * * * 1000 0 0 S 105 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 105 0 * * * * * * 1000 0 0 S 106 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 106 0 * * * * * * 1000 0 0 S 107 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 107 0 * * * * * * 1000 0 0 S 108 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 108 0 * * * * * * 1000 0 0 W 109 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * 109 0 * * * * * * 1000 0 0 P 110 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 110 0 * * * * * * 1000 0 0 F 111 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 111 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //