HHsearch 1.5 NAME batch____ FAM FILE query COM //bmm/www/servers/phyre2/HH/hhmake -i /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/0089d57f4183545d/query.a3m -o /bmm/www/servers/phyre2/public_html/phyre2_output/0089d57f4183545d/query.hhm DATE Sun Jan 15 18:02:22 2012 LENG 46 match states, 46 columns in multiple alignment FILT 1 out of 3 sequences passed filter (-id 90 -cov 0 -qid 0 -qsc -20.00 -diff 100) NEFF 1.0 EVD 0.5440 4.8190 SEQ >ss_pred CCHHHHHHHHHEEECHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCEEEEEEEEECC >ss_conf 9525430011101016562344421378997532107898976329 >Consensus mtkvrncvldalsinvnniislvvgtfpqdptvsktaviltiltat >batch____ MTKVRNCVLDALSINVNNIISLVVGTFPQDPTVSKTAVILTILTAT # NULL 3706 5728 4211 4064 4839 3729 4763 4308 4069 3323 5509 4640 4464 4937 4285 4423 3815 3783 6325 4665 HMM A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y M->M M->I M->D I->M I->I D->M D->D Neff Neff_I Neff_D 0 * * 0 * 0 * * * * M 1 * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * 1 0 * * * * * * 1000 0 0 T 2 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 2 0 * * * * * * 1000 0 0 K 3 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 3 0 * * * * * * 1000 0 0 V 4 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 4 0 * * * * * * 1000 0 0 R 5 * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * 5 0 * * * * * * 1000 0 0 N 6 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 6 0 * * * * * * 1000 0 0 C 7 * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * 7 0 * * * * * * 1000 0 0 V 8 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 8 0 * * * * * * 1000 0 0 L 9 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 9 0 * * * * * * 1000 0 0 D 10 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 10 0 * * * * * * 1000 0 0 A 11 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 11 0 * * * * * * 1000 0 0 L 12 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 12 0 * * * * * * 1000 0 0 S 13 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 13 0 * * * * * * 1000 0 0 I 14 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 14 0 * * * * * * 1000 0 0 N 15 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 15 0 * * * * * * 1000 0 0 V 16 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 16 0 * * * * * * 1000 0 0 N 17 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 17 0 * * * * * * 1000 0 0 N 18 * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * 18 0 * * * * * * 1000 0 0 I 19 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 19 0 * * * * * * 1000 0 0 I 20 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 20 0 * * * * * * 1000 0 0 S 21 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 21 0 * * * * * * 1000 0 0 L 22 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 22 0 * * * * * * 1000 0 0 V 23 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 23 0 * * * * * * 1000 0 0 V 24 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 24 0 * * * * * * 1000 0 0 G 25 * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * 25 0 * * * * * * 1000 0 0 T 26 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 26 0 * * * * * * 1000 0 0 F 27 * * * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * 27 0 * * * * * * 1000 0 0 P 28 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 28 0 * * * * * * 1000 0 0 Q 29 * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * 29 0 * * * * * * 1000 0 0 D 30 * * 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * 30 0 * * * * * * 1000 0 0 P 31 * * * * * * * * * * * * 0 * * * * * * * 31 0 * * * * * * 1000 0 0 T 32 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 32 0 * * * * * * 1000 0 0 V 33 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 33 0 * * * * * * 1000 0 0 S 34 * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * * 34 0 * * * * * * 1000 0 0 K 35 * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * 35 0 * * * * * * 1000 0 0 T 36 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 36 0 * * * * * * 1000 0 0 A 37 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 37 0 * * * * * * 1000 0 0 V 38 * * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * 38 0 * * * * * * 1000 0 0 I 39 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 39 0 * * * * * * 1000 0 0 L 40 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 40 0 * * * * * * 1000 0 0 T 41 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 41 0 * * * * * * 1000 0 0 I 42 * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * * * 42 0 * * * * * * 1000 0 0 L 43 * * * * * * * * * 0 * * * * * * * * * * 43 0 * * * * * * 1000 0 0 T 44 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 44 0 * * * * * * 1000 0 0 A 45 0 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 45 0 * * * * * * 1000 0 0 T 46 * * * * * * * * * * * * * * * * 0 * * * 46 0 * * 0 * * * 1000 0 0 //